进化论最大的缺陷是超自然现象。在达尔文的《物种起源》当中,他提出了一个理论,认为有机体和器官都是在不断的发展的。并且还提供了一个测试来检验这个理论是一个伪理论:“如果我们可以证明任何复杂器官的存在,他们可能不是经过无数连续的细微修正形成的,我的理论绝对会崩溃。”
而从21世纪经过对细胞和分子生物学的不断深入研究发现,每一个细胞都不能通过达尔文的测试。因为每一个器官要想发挥功效,要依赖于复杂的生物结构。即使是生物大分子本身也具有不能逐渐增加的复杂性。
后来在1851年,他的女儿安妮去世之后,达尔文的信仰就减少了,并且比较倾向怀疑主义了。当他被问及他的宗教取向时,他指出他从来不是无神论,但不可知论是对他的心思更准确的描述。达尔文在自传里亦曾表示,福音书的真确性存疑,他也没有充足证据相信基督教是神的教义。
1951年的时候,一份美国报章第一次发表的作者不详的文章《The Lady Hope Story》,作者提出达尔文老年在病榻时再度信奉基督教,却被达尔文的子孙及历史学家否认。他的女儿表示,达尔文并未再信奉基督教,这只是那些创造论的拥护者为了宣传创造论而使用的一些手段而已。
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