HT29、HT29-MTX、Caco-2细胞株区别？

白血病分为急性非淋巴细胞白血病（ANLL）及急性淋巴细胞白血病（ALL）。

④ M4型（急性粒－单核细胞白血病）：粒系、单核细胞系增生，红系、巨核细胞系增生受抑。根据粒系、单核细胞系形态不同，又分四种类型：M4a：原始和早幼粒细胞增生为主，单核细胞系≥20％（非红系细胞）。M4b：原、幼单核细胞增生为主，原粒和早幼粒细胞>20％（非红系细胞）。M4c：原始细胞即具粒细胞系，又具单核细胞系形态特征者>30％（非红系细胞）。M4Eo：除具上述特点外，还有粗大而圆的嗜酸颗粒及着色较深的嗜碱颗粒，占5％～30％（非红系细胞）。

辅助检查

血红蛋白和血小板数减少。白细胞总数多少不一，一般在20．0～50．0×109/L，少数高于100×109或低于10．0×109/L。半数以上的病人周围血象中见到大量(有时高达90％)异常原始白细胞。血细胞化学染色方法可确定急性白血病的类型，约45％的病例有染色体异常，其中包括单倍体、超二倍体和各种标记染色体。骨髓增生活跃，明显活跃或极度活跃，以白血病细胞为主。骨髓中原始细胞＞6％为可疑，超过30％诊断较肯定，原始细胞+早(幼)细胞≥50％可确诊。全骨髓中，红系及巨核细胞高度减少。在血象和骨髓象不足以证实急性白血病时，可应用淋巴结穿刺液涂片和特异性皮损印片检查找到相应的白血病细结合病理印片，有助于诊断。血液生化检查：①末端脱氧核苷转移酶(TDT)：在ALL时活性增高，而在ANLL中无活性。②碱性磷酸酶(AKP)：在ALL时明显，AML明显降低。②乳酸脱氢酶(LDH)：ALL时明显增高。另外血清尿酸浓度增高，尿内尿酸排泄量增多，在用细胞毒药物治疗时更甚。

治疗措施

1治疗原则：总的治疗原则是消灭白血病细胞群体和控制白血病细胞的大量增生，解除因白血病细胞浸润而引起的各种临床表现。

2支持治疗

（1）注意休息：高热、严重贫血或有明显出血时，应卧床休息。进食高热量、高蛋白食物，维持水、电解质平衡。

（2）感染的防治：严重的感染是主要的死亡原因，因此防治感染甚为重要。病区中应设置“无菌”病室或区域，以便将中性粒细胞计数低或进行化疗的人隔离。注意口腔、鼻咽部、肛门周围皮肤卫生，防止粘膜溃疡、糜烂、出血，一旦出现要及时地对症处理。食物和食具应先灭菌。口服不吸收的抗生素如庆大毒素、粘菌素和抗霉菌如制霉菌素、万古霉素等以杀灭或减少肠道的细菌和霉菌。对已存在感染的患者，治疗前作细菌培养及药敏试验，以便选择有效抗生素治疗。一般说来，真菌感染可用制霉菌素、克霉唑、咪康唑等；病毒感染可选择Ara-c、病毒唑。粒细减少引起感染时可给予白细胞、血浆静脉输入以对症治疗。

(3)纠正贫血：显著贫血者可酌情输注红细胞或新鲜全血；自身免疫性贫血可用肾上腺皮质激素，丙酸睾丸酮或蛋白同化激素等。

(4)控制出血：对白血病采取化疗，使该病得到缓解是纠正出血最有效的方法。但化疗缓解前易发生血小板减少而出血，可口服安络血预防之。有严重的出血时可用肾上腺皮质激素，输全血或血小板。急性白血病(尤其是早粒)，易并发DIC，一经确诊要迅速用肝素治疗，当DIC合并纤维蛋白溶解时，在肝素治疗的同时，给予抗纤维蛋白溶解药(如对羧基苄胺、止血芳酸等)。必要时可输注新鲜血或血浆。

(5)高尿酸血症的防治：对白细胞计数很高的病人在进行化疗时，可因大量白细胞被破坏、分解，使血尿酸增高，有时引起尿路被尿酸结石所梗阻，所以要特别注意尿量，并查尿沉渣和测定尿酸浓度，在治疗上除鼓励病人多饮水外，要给予嘌呤醇10mg／kg·d，分三次口服，连续5～6天；当血尿酸＞59um01／L时需要大量输液和碱化尿液。

3化学治疗：化疗是治疗急性白血病的主要手段，可分为缓解诱导和维持治疗两个阶段，其间可增加强化治疗、巩固治疗和中枢神经预防治疗等。缓解诱导是大剂量多种药物联用的强烈化疗，以求迅速大量杀伤白血病细胞，控制病情，达到完全缓解，为以后的治疗打好基础。所谓完全缓解，是指白血病的症状，体征完全消失，血象和骨髓象基本上恢复正常，急性白血病末治疗时，体内白血病细胞的数量估计为5×1010～13；，经治疗而达到缓解标准时体内仍有相当数量的白血病细胞，估计在108～109以下，且在髓外某些隐蔽之处仍可有白血病细胞的浸润。维持治疗量一系列的小剂量较缓和的治疗方案进行较长时间的延续治疗，目的在于巩固由缓解诱导所获得的完全缓解，并使病人长期地维持这种“无病”状态而生存，最后达到治愈。巩固治疗是在维持治疗以后。维持治疗以前，在病人许可的情况，再重复缓解诱导方案。强化治疗是在维持治疗的几个疗程中间再重复原缓解诱导的方案。中枢神经预防性治疗宜在诱导治疗出现缓解后立即进行，以避免和减少中枢神经系统白血病发生，一个完整的治疗方案应遵循上述原则进行。

(1)急性淋巴细胞白血病的治疗

①缓解诱导治疗：治疗ALL常用的化疗方案是VP方案，以VP方案为基础再与DRN(柔红霉素)，ADM(阿霉素)，Ara-c，L-ASP(左旋门冬酰胺酶)和6-MP等药物组成许多有效的多药联用方案。儿童初治病例CR(完全缓解)率可达90％～95％；成人亦可达80％～90％。多药联用方案主要用于难治和复发病例的治疗，常用方案见表。

表 急性淋巴细胞白血病的缓解诱导方案

化疗方案 剂量 用药方法

VP方案 VCR 2mg 静注，第1天 每周一次

PDN 60mg 分次口服，第1－7天

DVP方案 DRN 1mg/kg 静注，第1天，每周1次 4～6周为一疗程

VCR 15mg/m2 静注，第1天，每周一次

PDN 40mg/m2 口服，第1～8天

POMP方案 PDN 60mg/d 分次口服 5天为一疗程

VCR 2mg 静注，第1天

MTX 30mg 静注，第2、5天

6-MP 100mg 口服

VDCP方案 DRN 40mg/m2·d 静注，第1、2、3、15、16、17天 三周为一疗程

VCR 2mg 静注，第1、8、15、21天

CTX 04-08/m2 静注，第1、15天

PDN 40-60mg/m2·d 口服，第1－14天后，减量

DVP+ASP方案 VCR 2mg 静注，第1天，每周1次 第15天作骨髓检查，如仍有白血病细胞再用DRN50mg/m2，4周为一疗程

DRN 50mg/m2 静注，第1、2、3天

PDN 60mg/m2 分次口服，第1－28天

L-ASP 600u/m2 静注，第17－28天

注：VP、DVP方案适用于儿童病例。

②维持治疗：凡用上述方案达到CR后，应继续用原方案巩固疗效。用VP和VDP方案者，应再继续2～3周；用POMP方案者可再用两个疗程。缓解期间用6-MPl00mg／d，连续口服7天，继之给CTX400mg静注；间歇7天再给MTXl5mg，静注或口服，第1、5、9天；间歇3天后依次重复上述治疗。

③复发的治疗：可继续使用VP方案或Ara-C5-10mg，每日1次静注，共4次，或DRNlmg／kg·d，静注，共4天。

(2)急性非淋巴细胞性白血病的治疗

①缓解诱导：治疗方案见表30-3。

化疗方案 剂量 用药方法

DA方案 DRN 30～40mg/M2·d 静注，第1～3天 间隔1～2周重复

Arc-c 100～160mg/M2 分次口服，第1～7天

VPP方案 VCR 2mg 静注，第1天 间隔1～2周重复治疗

Ara-C 100～150mg 静注，第1、5天

DRN 30mg 静注，第1、2天

COAP方案 CTX 200mg 静注，第1、3、5天 每隔1周重复治疗

VCR 2mg 静注，第1天

Ara-c 100～150mg 静滴，共4天

PDN 200mg/d 分次口服

HOP方案 VCR 2mg 静注，第1天 间隔1～2周重复

HRT 2～4mg 静滴，3小时滴完；第2、7天

PDN 40mg/d 分次口服，第1～8天

注：VPP方案可以ADM代之DRN，剂量为20mg同，静注，第1、2天

②维持治疗：一般以MTXl5mg肌注或口服，6-MPl00mg／d，CTX200mg／m2口服，每周1次，长期维持，并在维持治疗开始后的l／2、1、2、4、7、16个月加用原诱导方案巩固、强化，16个月后每半年1次，至少2～4年。

(3)小儿ALL治疗方案

①缓解诱导：(VP方案及变换) 1)VCR2．0mg／m2／周，连用4周。2)PDN60mg／m2／日。3)或者加ADM20mg／m2，第14、15天。

②中枢神经系统白血病预防治疗：MTXl2mg／m2(大剂量：30mg／m2)鞘内注射，每2周一次，连用3周；另外加用24Gy(2400rad)头盖照射。

③缓解期维持治疗：

方案l——⑥6-MP75mg／m2，连续口服。⑥VCR2．0mg／m2第l天每4周l周期。①PDNl20mg／m2／d连用5天

方案2——＠MTXl50mg／m2静注，每2周与下述之药交替。⑥VCR2．0mg／m2l天。②PDN120mg／m2／d连用5天，每2周与MTX交替。①6-MPl00mg／m2／d×5天方案3——⑧MTXl75～225mg／m2静注，每2周与下述之药交替。⑥VCR2．0mg／m2第1天，每2周与MTX交替。②PDN120mg／m2／d连用5天。①6-MPl25～175mg／m2／d×5天。

(4)小儿ANLL的化疗

VAPA方案是一种多药强化的序贯式综合治疗程序，经历14个月的治疗，不包括有CNS预防治疗，对小儿ANLL治疗效果，尤其是长时期的缓解确有较大改善，VAPA方案组织及用法如下：

治疗程序Ⅰ——ADM45mg／m2／日，静脉注射，第1天5Ara-C200mg／m2／日，静脉注射，第1～5天。上药每3～4周为1周期，共4个周期。

治疗程序Ⅱ——ADM30mg／m2／日，静脉注射，第1天；Ara-C150mg／m2／日，静脉注射，第l～5天；上药每4周为一周期，共4个周期。

治疗程序Ⅲ——vcRl．5mg／m2／d静脉注射，第l天；Me-PDN800mg／m2／日，静脉注射，第l～5天；

6－MP500mg／m2／日，静脉注射，第1～5天；MTX7．5mg／m2／日，静脉注射，第1～5天；上药每3周为一周期，共4个周期。

治疗程序Ⅳ——Ara-C200mg／m2／日，静脉注射，第l～5天，每3～4周为一周期，共4个周期。

4．中枢神经系统(CNS)白血病的防治

CNS白血病和脑膜白血病都可治疗，首选药物以MTX做鞘内注射，但多数预后不佳，因此要强调CNS的预防治疗。一般是MTX0．25～0．5mg／kg／次或42mg／m2／次(极量20．0mg)鞘内注射直至症状缓解。其后再于6～8周间以同药同剂量鞘内注射以防止复发。亦可放射治疗，如60Co颅脑照射，脊髓照射。

5．放射治疗

(1)脾脏照射：脾肿大，疼痛，不能手术者。照射量1000～2000cGy／3～10次，3至12天。

(2)硬膜外浸润压迫脊髓：照射野上下均超出病灶区2个椎体，照射量为300～400cGy／次，照射3次后，改为200cGy／次，照射15次。

(3)中枢神经系统照射：主要用于病部白细胞计数增高，T细胞型，血小板减少，淋巴结及脾脏肿大明显者。①预防性照射，经化疗症状缓解后开始照射，全颅采用两侧野对穿照射，照射量为1800～2200cGy。②治疗性照射：联合化疗，全颅照射1800cGy。③复发治疗：行中枢性照射，颅部2000～2500cGy，骨髓1000～1250cGy。

(4)全射量髓消除：800cGy／次，用3天。

另外，对髓外局部病灶可局部照射，非姑息治疗。放疗应联合使用大剂量肾上腺皮质激素，也可同时使用MTX＋Ara-C+氢化考的松椎管内注射。

6．免疫治疗：本病虽行长时间的巩固强化治疗，但体内仍残留一定数量的白血病细胞，用化疗不能达到将其彻底消灭的目的，依靠人体的免疫可能消灭这些残留的白血病细胞。近年来，免疫治疗已逐渐被临床应用，常用的药物有BCG、TF、IFN等。

7．骨髓移植，对ANLL疗效较好。①同基因骨髓移植，供者为同卵孪生子。②同种异基因骨髓移植，供者为患者的兄弟姐妹。③自体骨髓移植，不需选择供者，易推广。

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创建以下目录

目前我碰到的有这几种情况；

三个文件指的是“barcodestsv","featurestsv","matrixmtx";

这个情况就比较好处理了，barcodestsv就是cell id，featurestsv就是gene id，matrixmtx就是计数counts矩阵

单个csv矩阵读入

多个csv矩阵读入

单个txt矩阵读入

多个txt矩阵读入

其实就是用R读取excel文件，把xslx转化成csv再读取

找到一个解释Seurat中所有函数的网站，比R自带的要清楚很多 rdrr

1readMM():

input:"xxmtx"

备注：readMM is the function of Matrix packages, it changes the standard matrix into sparse matrixOf note,featurestsv and barcodestsv should be library first, and then combine sparse matrix、featurestsv and barcodestsv form a counts matrix with cell id and gene id（详见step1情况一）

2read10X():

input:"raw_feature_bc_matrix"(files from CellRanger output)

备注：read10X id the function of Seurat,its input from CellRanger output(10X genomics data的专用软件Cell Ranger的output会有一个out目录，"raw_feature_bc_matrix"在该目录中)

再完成21已经创建好了Seurat对象以后，快速查看元数据以了解其大概；

接着，需要把多个seurat对象合并成一个，这样比较方便我们同时为每个样品进行质控，且方便我们更容易地比较所有样本的数据质量，用merge()函数执行该 *** 作；

通常根据以下四个指标筛选：

1计算mitoRatio

主要是利用的Seurat的PercentageFeatureSet()功能，这个函数将使用一个模式(pattern)搜索基因标识符，对于每一列（细胞），它将选取特征基因的计数之和，除以所有基因的计数之和

2计算log10GenesPerUMI （option）

GenesPerUMI = nFeature_RNA / nCount_RNA

这个指标代表的意思是 “单位read counts的gene数目的比例” 反映的是数据的复杂度；常用于评估ctrl和stim基因的整体复杂性

细胞水平的过滤, 主要是用subset()函数过滤

在我们的数据中，会有许多基因的计数为零。这些基因会显著降低一个细胞的平均表达量，因此我们将从数据中删除它们。

主要删除两类基因，

（1）删除所有细胞中零表达的基因；

（2）如果一个基因只在少数几个细胞中表达，那么它的意义并不是特别大，因为它仍然会把没有表达它的其他所有细胞的平均表达量降下来。对于我们的数据，我们选择只保留在10个或更多细胞中表达的基因。

在进行过滤后，建议回过头来再看看指标，确保你的数据符合你的预期，对下游分析有好处。

我们将保存筛选后的细胞对象用于聚类 (clustering) 和标记识别 (marker identification)，将过滤以后的Seurat数据创建为RData对象

这些细胞模型是目前最好的体外吸收模型之一，是阐明药物吸收机制的有力工具。它作为药物吸收研究的快速筛选工具，可在细胞水平上提供药物分子透过小肠黏膜的吸收、分布、代谢、转运以及毒性的综合信息，已成为研究药物吸收机制和药物相互作用的重要工具

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