NCBI+blast如何查大于100条序列

NCBI BLAST程序可以在命令行中使用，通过输入FASTA格式的序列文件和指定相应参数来进行序列比对和分析。对于需要处理大于100条序列的情况，可以将这些序列保存在一个FASTA文件中，并在命令行中指定该文件路径即可。

例如，假设有一个包含1000条序列的FASTA文件，文件路径为/path/to/sequencesfasta，则可以使用以下命令运行NCBI BLAST：

blastn -query /path/to/sequencesfasta -db nt -out resulttxt -outfmt 6

其中，-query参数指定输入的FASTA文件路径，-db参数指定比对使用的数据库，-out参数指定输出结果的文件路径，-outfmt参数指定输出结果的格式。

注意，处理大量序列需要较长时间和较高的计算资源，建议在高性能计算机上进行 *** 作，并使用合适的参数进行优化。

blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较；Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系；Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用；Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用

蛋白质数据库介绍

蛋白质数据库

1 PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，包含超过142,000条蛋白质序列(至99年9月)，其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引，以及数据库内部条目之间的索引，这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶－底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库，每周可以得到更新部分。

PSD数据库有几个辅助数据库，如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务：基于文本的交互式检索；标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。

PIR和PSD的网址是：>

1、首先输入基因的完整学名,找到与基因相关的cDNA序列在这一cRNA序列的解说信息里,就已经有各外显子的分节

2、将该cDNA输入Blast进行序列比对,就可以找到其每一个外显子所对应的染色体位置,这些信息就显示了所有的外显子处于外显子两端的序列就是内含子

3、如你需要完整的基因序列,需要在blast中选择others这个数据库,然后查找相关的Bac质粒中含有你完整基因的文件,在其中找到你所需的信息

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

在NCBI上分为多种，常用的有N-BLAST(核苷酸序列比对检索)和P-BLAST(蛋白比对检索)。此外还有primer Blast等。

BLAST对一条或多条序列(可以是任何形式的序列)在一个或多个核酸或蛋白序列库中进行比对。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。所查询的序列和调用的数据库则可 以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也可以是蛋白序列到蛋白库中作查询,反之亦然。

先到：

>

在数据库中匹配不到序列的原因可能有：

1、BLAST参数设置不正确：在这种情况下，您可能需要调整BLAST参数，例如比对阈值，匹配长度等。

2、引物为含有同源臂的重组引物：这类引物包含有目的基因序列和载体序列的部分，使得在数据库中无法检索到这类复合的序列，可以逐步减少复制的序列长度进行BLAST。

3、NCBI数据库中没有目标基因的序列：这种可能性较小，您可搜索其他数据库或更新数据库中的序列。

PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建profile，然后用新的profile再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空位的BLAST搜索数据库，将获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法，能寻找蛋白质序列中的隐含模式，有研究表明这种方法可以有效的找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白，甚至可以与一些结构比对方法，如threading相媲美。PSI-BLAST服务可以在NCBI的BLAST主页上找到，还可以从NCBI的FTP服务器上PSI-BLAST的独立程序。

您好，答案已经给出，请您浏览一遍

有什么不懂的地方欢迎回复我！

如果满意请及时点击回答按钮

或者客户端的朋友在右上角评价点满意

您的，

是我答题的动力

也同时给您带来知识和财富值

以上就是关于NCBI+blast如何查大于100条序列全部的内容，包括:NCBI+blast如何查大于100条序列、什么是blast序列数据库检索的假阳性结果和假阴性结果、蛋白序列、结构数据库常用的有哪些等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！