安徽农大茶树基因组数据库使用方法

安徽农大茶树基因组数据库使用方法

安徽农大茶树基因组数据库是安徽农业大学植物遗传育种教育部重点实验室构建的一个用于存储学术研究和茶树遗传育种的基因组数据库，用户可以通过登录和注册进入数据库，在数据库中搜索基因组片段、种群信息、基因表达、可视化分析等内容，为茶树基因组学研究提供技术支持。

基因间的相互作用又称上位性或基因间互作，考虑两个基因位点A-a和B-b,上位性有四种类型,即纯合基因型间的上位性、A位点纯合基因型和B位点杂合基因型间的上位性（用ad表示）、A位点杂合基因型和B位点纯合基因型间的上位性（用da表示）以及杂合基因型间的上位性（用dd表示）

从代谢系统或基因的调控角度就比较好理解这个问题：任何基因的表达都需要一个表达系统，系统间的因子之间都存在着相互的作用。上游或下游因子的表达与否，剂量都会对当前基因有一定的反馈调控作用。

NR是一个数据库，是NCBI中蛋白质数据库，集合了许多其他数据库中的蛋白质的注释信息。差异基因注释简单来说就是把有表达差异的Unigene的物种、分子功能、生物学途径等等信息通过从数据库中比对，得到的结果。

Pathway功能分析及显著性判断

对差异表达基因进行Pathway功能分析，并计算Pvalue进行显著性判断，Pvalue越小，表明该pathway变化越显著，并可对每条Pathway通路图进行展示，同时在相应的位置标注差异表达基因。

2 Pathway中基因相关性分析

根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计，绘制基因共相关点线图，进而得到不同pathway上基因的关联情况。在分析工具上点击“cell differentiation”，在“Term Information”中描述了细胞分化术语的基本信息，包括树形及与父结点、子节点关系。

对于未知基因名的序列，可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”，进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件，检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例，“High Scoring Gene Products”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。

BioGPS是一个基于网络的生物信息学工具，可用于交互式数据挖掘和高效数据可视化。它包含了大量的基因表达数据，具有超过180种典型的主要哺乳动物和其他物种的基因表达数据，可让用户快速找到组织及细胞器官特异性表达的基因。要找出组织、器官特异性表达基因，首先要进入BioGPS平台的基因搜索框，输入感兴趣的基因名称或ID号，然后点击"搜索"，得到基因相关信息，包括基因的组织及器官特异性的表达模式、相应的表达谱，以及组织分布的热图等。

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