怎样从生物大分子数据库PDB批量下载pdb文件

点击download selected 后，应该是又出来一个网页，分成三部分：Structure Download，FASTA File Download，RCSB PDB File Download Services。你是你是想下载structure，你可以在Download Type处，选择PDB Format 就行了，然后再下载。

不知道对你有没有帮助。

这个要看你怎么用这些数据。

里面的确有300~400个样本医院数据。这些样本医院数据能在一定范围内对于某些领域的产品有很好代表性，但是另外一些产品领域的代表性可能就很差。

历史数据是否能代表未来N年的走势，这个就是一个很大的疑问。

1，打开PDB网站，直接输入Pseudomonas lipase ，点击搜索，可以得到20个3D结构，其中包含下面的这个“2LIP”，但是PDB数据库并没有Pseudomonas fluorescens lipase这个结构，应该是没有收录这个蛋白的3D结构，或者是没有相关文献，或者是文献正在版权中。。。

2，使用软件pymol 版本099在PDB网站上搜索到了“2LIP”的3D结构。2LIP在PDB网站上是PSEUDOMONAS LIPASE OPEN CONFORMATION ，也并不是Pseudomonas fluorescens lipase。

3，你可以先去>

你直接在PBD主页上的pbd ID or text 里输入你的蛋白ID，也就是1SA1和1SA0，就能查到你要的蛋白质了。蛋白ID旁边有个Download Files，点击后选择你要下载的文件格式即可下载。

蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_百度百科。其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护的SDSPB等。

美国研究人员称，以便制造出ns2-3蛋白酶的抑制物。因此，这种蛋白被酶切为包括ns 2-3蛋白酶在内的几种蛋白，该蛋白结构的详细研究有助于活性部位小分子抑制物的研 究。 charlesrice的研究发现ns2-3蛋白酶催化区的晶体结构是由两种相同蛋白构成的二聚 体，该酶的活性部位分别由这两个蛋白的部分氨基酸组成，他们已经确定了一种丙型肝炎病毒蛋白质--ns2-3蛋白酶的晶体结 构科学家发现一种丙型肝炎病毒蛋白酶的活性位点 全世界大约有一亿七千万人受丙型肝炎的影响。研究人员称，该蛋白质晶体结构的确定有助于新型抗病毒药物的设计研究，因为实验证明该蛋白酶对病 毒复制非常重要，ns2-3二聚体 的浓度及其二聚体形式可能是病毒复制周期的限制因素，肝炎往往导致肝硬化化和肝 癌。洛克菲勒大学的charl -esrice及其同事称。该研究的详细文章发表在《自然》杂志上，丙型肝炎病毒基因组编码一种多聚蛋白

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