统计学意义(p值)ZT
结果的统计学意义是结果真实程度(能够代表总体)的一种估计方法。专业上,p值为结果可信程度的一个递减指标,p值越大,我们越不能认为样本中变量的关联是总体中各变量关联的可靠指标。p值是将观察结果认为有效即具有总体代表性的犯错概率。如p=005提示样本中变量关联有5%的可能是由于偶然性造成的。即假设总体中任意变量间均无关联,我们重复类似实验,会发现约20个实验中有一个实验,我们所研究的变量关联将等于或强于我们的实验结果。(这并不是说如果变量间存在关联,我们可得到5%或95%次数的相同结果,当总体中的变量存在关联,重复研究和发现关联的可能性与设计的统计学效力有关。)在许多研究领域,005的p值通常被认为是可接受错误的边界水平。
在最后结论中判断什么样的显著性水平具有统计学意义,不可避免地带有武断性。换句话说,认为结果无效而被拒绝接受的水平的选择具有武断性。实践中,最后的决定通常依赖于数据集比较和分析过程中结果是先验性还是仅仅为均数之间的两两>比较,依赖于总体数据集里结论一致的支持性证据的数量,依赖于以往该研究领域的惯例。通常,许多的科学领域中产生p值的结果≤005被认为是统计学意义的边界线,但是这显著性水平还包含了相当高的犯错可能性。结果005≥p>001被认为是具有统计学意义,而001≥p≥0001被认为具有高度统计学意义。但要注意这种分类仅仅是研究基础上非正规的判断常规。
所有的检验统计都是正态分布的吗并不完全如此,但大多数检验都直接或间接与之有关,可以从正态分布中推导出来,如t检验、f检验或卡方检验。这些检验一般都要求:所分析变量在总体中呈正态分布,即满足所谓的正态假设。许多观察变量的确是呈正态分布的,这也是正态分布是现实世界的基本特征的原因。当人们用在正态分布基础上建立的检验分析非正态分布变量的数据时问题就产生了,(参阅非参数和方差分析的正态性检验)。这种条件下有两种方法:一是用替代的非参数检验(即无分布性检验),但这种方法不方便,因为从它所提供的结论形式看,这种方法统计效率低下、不灵活。另一种方法是:当确定样本量足够大的情况下,通常还是可以使用基于正态分布前提下的检验。后一种方法是基于一个相当重要的原则产生的,该原则对正态方程基础上的总体检验有极其重要的作用。即,随着样本量的增加,样本分布形状趋于正态,即使所研究的变量分布并不呈正态。
以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表,中文的暂时没有这种数据库吧,下面第一个基本就够用的了:
(1) miRbase:众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。
(2) starBase:一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
(3) Tarbase:一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
(4) miRecords:一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。
(5) targetScan:
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。
(6) PicTar:基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件,假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。
(7) PITA:基于靶位点的可接性(target-site
accessibility)和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址:
(8) RNA22:基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。
(9) miRanda和microRNAorg:是著名的Memorial
Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。
(10) MicroCosm:EMBL-EBI的Enright
实验室开发的microRNA靶标数据库。
(11) miRTarBase:整合实验证实的microRNA靶标的数据库。
(12) miRGator
v20:整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。
(13) MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。
(14) miRDB:
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。
(15) RNAhybrid:一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。
(16) miRGen:microRNA基因和microRNA靶标数据库。
(17) Targetfinder:
使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。
(18) miRU, psRNATarget:
一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。
(19) CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。
(20) Target-align:一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。
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