这几个网站怎么使用?

这四个网站功能各异，每一个的用法都可以讲上一天。具体的用法要你自己去网站上去摸索，到文献中去寻找，另外要根据你自己的目的去探索。

这四个网站分别对应的功能是：直系同源基因数据库、基因组数据库、Tigre的直系同源基因数据库（真核生物）和基因本体数据库。

从总体上讲，这些网站的用法有：数据浏览、FTP数据下载和自己编写程序分析数据。

如果你的研究和直系同源基因相关，应该使用1，3

如果和基因的功能注释相关应该使用4，

如果关系测序基因组情况应该去Ensembl，比较全。

我的感觉1、2、4这三个数据库用的比较多，对3不甚了解。

用COG数据库下的COGNITOR程序进行

下载地址：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html

可以进行：

1，蛋白的注解。COG的一个蛋白成员的已知功能（以及二维或三维结构）可以直接应用到COG的其他成员上去。然而，这里也要警告，因为有些COG含有paralogs，它们的功能并非对应与那些已知蛋白。

2，种系发生图谱。这给出在一个特定的COG中一个给定物种是否存在某些蛋白。系统使用，这些图谱可以用来确定在一个物种中是否一个特定的代谢途径。

3，多重对齐。每一个COG页面包括了一个链接到COG成员的一个多重对齐，那可以被用来确定保守序列残基和分析成员蛋白的进化关系。

为什么转录组测序都选用cog功能注释而不是kog

苯环是4个不饱和度，加成反应是不饱和度减少的反应，但苯与溴在三溴化铁催化下反应前后都是4个不饱和度

是苯环上的3个氢原子被换了下来，所以称取代

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