生物信息学中的常用的核酸二级数据库有哪些

生物信息学中的常用的核酸二级数据库有哪些,第1张

常用的有microRNA数据miRBase

PDB、NDB数据库,tRNA数据库,以及你想要的其他种类的RNA数据库。

其中PDB、NDB数据库比较权威,可靠性较高,也比较全面

因为GEO是基因表达综合数据库,RNA是实现遗传信息在蛋白质中的表达。

从GEO数据库获取GSE79973数据集,该数据集包含胃癌疾病与正常样本的表达谱数据,筛选出其中差异表达的lncRNA。

下载GSE62254和GSE15459数据集以及对应的临床数据,通过GSE62254数据集来构建一个临床预测模型,识别出与预后显著相关的lncRNA,通过GSE15459数据集对模型进行验证。

进一步的通过多因素分析来研究ACJJ分期、性别、年龄和样本的风险分数与临床预后的关系。最后通过ssGSEA来发现样本的高低风险组之间通路富集的差异情况。


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