二代下机文件在Integrative Genomics Viewer中实现reads可视化的流程

完成STR的靶向测序后，如何确定目的片段是否被扩增，是否真正被测序？可以使用IGV实现测序下机文件的可视化来验祥兄厅证。

运行环境：macOS 12

工具：conda，bwa，Samtools，IGV Software

文件：参考序列fa，下机文件fq

*** 作流程：

1. 给参考序列建索引谨隐：工具 bwa，语句：bwa index xxx.fa

例：给21号染色体参考序列建立索引：

语句： bwa index chr21.fa

完成该语句后，产生5个索引文件：chr21.fa.bwt，chr21.fa.amb，chr21.fa.ann，chr21.fa.pac，chr21.fa.sa， 警惕：在后续分析中，参考序列必须与索引文件在同一path下 。

2. 将下机文件fq转变为sam格式（Sequence Alignment/Map），即将测序片段与参考序列mapping的文件：工具：bwa，语句：bwa mem -t N xxx.fa xxx.fq >xxx.sam

例：将下机文件75_S42_L001_R1_001.fastq转为sam格式，只看chr21序列：

语句： bwa mem -t 8 chr21.fa 75_S42_L001_R1_001.fastq >75_chr21_R1.sam

警惕：参考序列为fa格式，其余索引文件不需要出现在语句中，只需在同一path下。

3. 简便方法：直接用IGV查看sam文件：

Step 1：打开Tools-Run igvtools，Command选Sort，input建好的sam文件，直接运行。

Step 2：Command选择Index，input文件为Step 1输出文件，

输出文件为：75_chr21_R1.sorted.sam.sai，可视为75_chr21_R1.sorted.sam的索引文件。

Step 3：将75_chr21_R1.sorted.sam拖入IGV工作页面，选择参考基因组与染色体，输入位置，大功告成。

4. 不简便方法：

工具：samtools

Step 1：sam文件转为bam文件：语句：samtools view -b xxx.sam xxx.bam

Step 2：bam文件转为sort文件：语句：samtools sort xxx.bam xxx.sort

Step 3：给sort文件建索引，使用fqidx语句，尘桥完成。

你可以用三种方法前行握查看：

第一种：推荐你使用NTFS

Reader

for

DOS

下载地址:

http://www.onlinedown.net/soft/10162.htm

它可以在DOS中查看、复制NTFS分区中的文件。

第二种：你还可以下载

http://download2.lsoft.net/NtfsFloppySetup.exe

用它可以制作能够访问NTFS分区的启动软盘，

第三种：你可以下载：

http://download2.lsoft.net/boot-cd-iso.zip

它可制作相慧庆应的启动光盘。带行

然而，你如果非要只转换的话，你可以用xp或2000盘安装文件启动进行安装，然后在安装提示你更改文件格式的时候你就把它改成fat32，再格式化一下就退出来。

然后你进入dos，读出来的就是fat32格式的盘符了。

windows 2000/xp提供了分区格式转换工厅者具“convert.exe”。convert.exe是windows 2000附带的一个dos命令行程序，通过这个工具可以直接在不破坏fat文件系统的前提下，将fat转换为ntfs。它的用法很简单，先在windows 2000环境下切换到dos命令行窗口，在提示符下键入：d:＼>convert 需要洞伏肢转换的盘符 /fs:ntfs。如系统e盘原来为fat16/32，现在 需要转换为ntfs，可使用如下格式：d:＼>convert e: /fs:ntfs。所有的转换将在系统重新启动后完纳世成。

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