如何打开.mtx数据

是Viewpoint的一种格式文件，很少见。用Deep Exploration转换打开就可以吧。Deep Exploration的介绍：Deep Exploration 是Right Hemisphere出品的一款功能强大的3D文件转换大师,秤砣许可以导入预览VRML的wrl、vrml格式文件，Viewpoint的mtx、 vpp格式文件；可以转换导出Shockwave 3D文件（w3d格式）、VRML 场景世界文件（wrl、vrml）、Viewpoint媒体全部的文件格式（mts、mtz、html、mtx、vpp）、WildTangent加密的文件（wsad）；通过安装Anark爱好者们自己纳物创作的Deep Exploration插件，可以导出Anark Studio V1.5.2版最新开发提供的amx格式三维交换文件在计算机或网络中收缩、快速浏览，转化，优化和发布你所有的2D、3D、动画、视频和音频资源的工具。还提供高质量的3D对象和场景透视图，帮助你创建互动的3D内容和基于web的动画。还可以通过Deep Exploration 模块来实现特定的转换、制作和发布功能。下载地址：VPP也是一种网络资源平台，基于P2P技术的以文件共享和交换为主的联络工具，他们都具有文件交流、通讯聊天的功能，交换特色更突出，你滚陵知道你是从哪里下的文件，也可以控制别人在你这里的下载，通过VPP，你更容易找到一些有共同爱好洞备液的朋友，和他们交流，甚至交流珍藏里的文件。另外,虚机团上产品团购,超级便宜

  做过10xGenomics单细胞转录组的人都知道cellranger的标准输出是三个文件（barcodes.tsv genes.tsv matrix.mtx），激早由这三个文件组成表达矩阵，其实这么做的原因就是为了节省空间以及加快导入速度，matrix是一种十分有效的数据存储方式，一般可以通过Matrix::readMM读取matrix矩阵，一直以来，我以为cellranger输出的matrix.mtx矩阵与其他的矩阵没有区别的，但是最近在做另外的一个软件kallistobustools比对的时候发现有点弊册不对劲，由于其输出结果也是三个矩阵，但是有个前缀，我想着对Seurat的Read10X的函明卜雀数进行改写一下，增加前缀、后缀的参数就可以了，结果改完了以后，始终报如下的错误：

  开始以为是我的输入文件的问题，我检查了genes.tsv文件，发现kallistobustools只有一列，因此我有添加了一列，结果还发现报错，然后想看看matrix.mtx文件，发现其行数和列数也能对上，怎么就不对呢？这个问题弄了很久，后面实在没法了，就一行一行的运行，后面发现在给矩阵列名的时候有问题。

  既然这里报错了，那就看看这两个文件的区别，后我通过dim(data)，发现行列数目对不上，我这才去认真的检测两个matrix.mtx的区别。

  通过上面的检查，发现是行和列不一致造成的报错，但是我试了一下cellranger标准的输出结果，结果没有任何报错，那么现在出现报错，那么就只能是matrix.mtx有问题了。下面弄了一个标准的10x的cellranger输出的matrix.mtx文件进行测试：

  这个就完全没有报错，然后再仔细对比一下cellranger输出的matrix.mtx和kallistobustools输出的matrix.mtx，注意看一下图片：

  下面是对Seurat::Read10X函数进行改写，支持了三个矩阵的前缀、后缀参数，比如三个文件如下所示：

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