第一:Vim Editor
Vim是一个类似于Vi的文本编辑器,不过在Vi的基础上增加了很多新的特性,Vim普遍被推崇为Vi编辑器中最好的一个,事实上真正的劲敌来自Emacs的不同变体。1999年Emacs被选为Linux
world文本编辑分类的优胜者,Vim稳居第二。但在2000年Vim赢得了Slashdot
Beanie的最佳开放源代码文本编辑器大奖,又将Emacs推至第二,不过Vim和Emacs同样都是非常优秀的文本编辑器。
第二:Emacs
Emacs即Editor
MACroS,中文名宏编辑器,是一种文本编辑器,在程序员和其他以技术工作为主的计算机用户中广受欢迎。Emacs是一种强大的文本编辑器,最初由Richard
Stallman(理查德·马修·斯托曼)于1975年在MIT协同Guy Steele共同完成。
第三:Notepad++
Notepad++是一款非常有特色的编辑器,开源软件,可免费使用。内置支持多达27种语法高亮度显示,还支持自定义语言。
Notepad++是Windows *** 作系统下的一套非常有特色的自由软件的纯文本编辑器,有完整的中文化接口及支持多国语言编写的功能。它的功能比Windows中的Notepad强大,除了可以用来制作一般的纯文字说明文件,也十分适合当作编写电脑程序的编辑器。Notepad++不仅有语法高亮度显示,还有语法折叠功能,并且支持宏以及扩充基本功能的外挂模组。
第四:PNEdit
PNEdit是一个类似于Vi的功能多样、用户可定制的文本编辑器,在vi的基础上改进和增加了很多特性。图形界面设计简洁方便让编辑窗口设置更加容易,快捷键和命令行 *** 作方式使得文本编辑的速度和效率有所提高,内嵌的多个应用插件扩展了文本编辑功能。
第五:TextMate
TextMate是Mac平台下著名的编辑器,适合程序员使用,与BBedit一起并称苹果机上的emacs和vim,可以定制许多贴心的使用功能。TextMate的Bundles是TextMate的一个亮点,可以有效的提高开发效率。包括DHH在内的Rails核心开发者一直都使用TextMate进行开发,原因就是他们主要都在使用Mac
OS系统,并且TextMate具备出色的界面、强大的宏定义,以及可下载和编辑的宏定义包,这些都帮助开发者将编码的效率提升到最高。
cat命令用于查看纯文本文件(较短的):$ cat [选项] 文件
以下是cat命令常用的3个选项:
(1) $ cat -n 文件
-n 表示显示行号。
(2) $ cat -b 文件
-b 表示显示行号,但是不包括空行。
(3) $ cat -A 文件
-A 表示显示出不可见的符号,如空格、tab键等。
more命令用于查看纯文本文件(较长的):
$ more [选项] 文件
more命令常用的一个参数是"- 数字",表示预先显示的行数,默认是一页:
$ more -10 文件
head命令用于查看纯文本文档的前N行:
$ head [选项] 文件
(1) $ head -n 10 文件
这个命令表示显示文件的前10行。
(2) $ head -n -10 文件
这个命令表示正常输出,但是不显示最后的10行。
tail命令用于查看纯文本文档的后N行:
$ tail [选项] [文件]
例如,显示文件/etc/passwd的后10行:
$ tail -n 10 /etc/passwd
wc命令用于统计指定文本的行数、字数、字节数:
$ wc [参数] 文本
(1) $ wc -l 文本
-l 参数表示只显示行数。
(2) $ wc -w 文本
-w 参数表示只显示单词数。
(3) $ wc -c 文本
-c 参数表示只显示字节数。
在Linux系统里常用于文本查看、 *** 作、统计的命令:
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 > 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用>(重定向)或是 >>(追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
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