wig、bigWig（bw）和bedgraph（bdg）文件详解

前言

我们比对完fastq文件后，我们可以拿到bam文件，但是bam文件非常的大，处理起来很不方便。如果我们只是想知道这些read都比对到了基因组的什么区域，以及基因组上每个区域有多少read存在，此时用wig/bw/bdg则会更加方便。

如果没有这些工具，其实对我们的bam文件，用samtools软件也可以很容易得到基因组区域的覆盖度和测序深度，比如：

这其实就是wig文件的雏形，但是wig文件会更复杂一点！

它不需要第一列了，因为全部是重复字段，只需要在每个染色体的第一行定义好染色体即可。下面我们来说明这些不同的格式是怎么记录测序深度的。

wig文件全称叫Wiggle Track Format，用来绘制基因组上的图形轨迹的文件格式。wig格式是较老的格式，用来显示密集且连续的数据，比如GC含量，概率分数，转录组数据等。

wig数据有两种类型:

variableStep：基因组window大小不定

fixedStep：基因组window大小相同

声明行：

单词variableStep开头

染色体

window大小（span）：基因组上window大小，默认为1

数据行：两列，分别包含染色体和测序深度值。

举例说明：

1.2 fixedStep格式wig

声明行：

单词fixedStep开头

染色体

起始坐标

步长（step）：相邻window起点之间的距离

window大小（span）：基因组上window大小，默认为1

数据行：一列，包含测序深度值。

举例说明：

上述介绍了wig数据部分，其实wig还有一部分是设置展示图形的参数，这里不做过多解释。

UCSC提供了一个wig文件： http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/examples/wiggleExample.txt

bigwig格式文件就没什么好讲的了，它就是wig格式文件的二进制压缩版本，这样更加节省空间。

我们只需要用UCSC提供的工具把自己的wig文件转换一下即可。

wigToBigWig： http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/wigToBigWig

BedGraph格式文件，它是BED文件的扩展，是4列的BED格式（正常BED文件只有3列或者6列），但是需要添加UCSC的Genome Browser工具里面显示的属性，但是一般就定义有限的几个属性即可。

3.1 属性设置

和bed文件基本一致，只是多了：

最后第1行的设置信息

第4列的测序深度信息

4.1 bam文件转化为bigwig

将bam文件转为bw文件，有很多工具可以实现这个目标，但是我们这里只记录deeptools：

4.2 wig/bw/bedgraph相互转换工具

bedGraphToBigWig ：Convert a bedGraph file to bigWig format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig

bigWigToBedGraph ：Convert from bigWig to bedGraph format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToBedGraph

bigWigToWig ：Convert bigWig to wig. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToWig

bigWigSummary ：Extract summary information from a bigWig file. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigSummary

bigWigAverageOverBed ：Compute average score of big wig over each bed, which may have introns. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigAverageOverBed

bigWigInfo ：Print out information about bigWig file. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigInfo

分两步进行：将bigwig文件转为bdg文件，再将bdg文件转为bed文件

矢量图形文件格式有*.bw、*.ai(Illustrator)、*.cdr (CorelDraw)、*.col(Color Map File)、*.dwg、*.dxb(drawing interchange binary)等。

保存*.ai格式步骤

1、电脑打开AI软件。

2、打开AI后，编辑好图片。

3、编辑好图片后，按Ctrl+Shift+S保存快捷键，选择保存类型为AI格式，然后点击保存就可以了。

4、保存后，d出窗口，调整一下参数点击确定就可以了。

图形文件(graphics)

位图文件内部初探 14K BMP、JPG等六种常用图形文件的结构（中文）

AI ai30.pdf 260K Adobe公司 Adobe Illustrator 3.0文件格式的英文说明书，Acrobat文档

BMP Graphics File Formats 47K Windows的.BMP .CUR .ICO文件的格式，有范例

BMP Format 38K Wim Wouters Windows的.BMP文件格式

BW BW FILE FORMATS 3K 黑白图象.BW文件格式

COL COL Format 3K Max Maischein 调色板文件格式

DWG DWG file format

12K Frans F. J. Faase AutoCAD DWG 文件格式说明(BFF 格式)

DXF Drawing Interchange and File Formats 87K Autodesk AutoCAD DXF 10.0版文件格式说明

Drawing Interchange and File Formats Release 12 141K Autodesk AutoCAD DXF 12.0版文件格式说明

dxf13.zip 143K Autodesk AutoCAD DXF 13.0版文件格式说明

Dxf_r14.hlp 202K Autodesk AutoCAD DXF 14.0版文件格式说明 (Windows Help格式)

dxf14htm.zip 161K Autodesk AutoCAD DXF 14.0版文件格式说明

EMF emf.hlp 74K Microsoft公司 Windows 32位扩展图元文件格式（HELP文档）

GIF GIF Graphics Interchange Format 30K CompuServe 公司 GIF87图象文件.GIF的格式

LZW and GIF explained-- Steve Blackstock 18K Steve Blackstock 解释LZW 和GIF

gif89a.doc 84K CompuServe 公司 GIF89图象文件英文说明文档(写字板文档)

ICO Ico.zip 115K Microsoft公司 图标文件（.ICO）文件格式详解（ZIP文档）

JPG jpg.rtf 16K Eric Hamilton .JPG图象文件格式英文技术文档（RTF文档）

jpg.pdf 94K Gregory K. Wallace .JPG图象文件的压缩标准(Acrobat文档)

MOV QuickTim.pdf 646K Apple公司 QuickTime动画文件格式（Acrobat文档）

PNG draft-bo.rtf 241K T. Boutell et al 网络图形格式说明

PCD A brief description of the Kodak PCD-format

6K Alex Kwak Kodak PhotoCD 格式 (RTF文档)

PCX PCX File Format 24K Zsoft 公司 .PCX图象文件格式技术手册

PIC PIC Format 5K Max Maischein Autodesk动画文件PIC文件格式

PSD psd.pdf 369K Adobe 公司 Photoshop 4.0文件.PSD文件格式的英文说明书(Acrobat文档)

ps_plug.pdf 378K Adobe 公司 Adobe Photoshop 3 插件格式(Acrobat文档)

REL rle.pdf 32K Spencer W. Thomas RLE 格式说明 (Acrobat文档)

TGA TGA FORMAT

46K David McDuffee Targa 图像文件格式说明

tga2.zip 55K Truevision公司 TGA 文件格式说明第二版(Acrobat PDF格式)

TIF tif.pdf 366K Aldus 公司 .TIF文件6.0格式英文说明书(Acrobat文档)

LZW LZW compression 7K Bob Montgomery 一个.GIF文件的常用压缩算法

YUV YUV4:1:1 4K Angus Dorbie YUV4:1:1文件格式

WMF .WMF Metafile Format 14K Microsoft公司 Windows95的.WMF文件格式

文件格式索引

声音和影像文件(sound)

CD CD-ROM Technical Summary 27K Andy Poggio CD数据设计详解

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MID Standard MIDI File Format 17K Dustin Caldwell 标准的MIDI文件.MID文件格式

MIDI 1.0 Specification 8K Greg MIDI1.0格式文件英文说明书

General MIDI Level Spec 13K Jeff Mallory MIDI文件格式综述

MIDI SAMPLE DUMP STANDARD 11K MIDI取样转存标准格式

MPEG mpeg.zip 574K MPEG文件格式的说明和范例,有大量C语言程序代码(ZIP文档)

mpeg1.zip 66K Fraunhofer Institute MPEG-1文件格式的范例,C语言程序代码(ZIP文档)

WAV wav.rtf 31K Robert Shuler Windows声音文件.WAV文件格式(RTF文档)

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New WAVE Types 215K Microsoft公司 WAVE文件格式及压缩方法

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动画文件(animate)

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AVI avi.rtf 133K AVI动画文件格式（RTF文档）

aviwav.rtf 93K E. Fleischman AVI和WAV文件格式

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FLC flc.rtf 56K Animator Pro 文件格式说明(FLC, FLI, CEL, PIC, MSK, COL, PLY, TWO, OPT) （RTF文档）

FLI Flic Files Format description 11K Mike Haaland FLI 文件格式说明

FLT FLC, FLT Format 20K Max Maischein Autodesk Animator FLC/FLT 文件格式说明

GIF gif89a.doc 84K CompuServe 公司 GIF89动画图象文件说明文档(写字板文档)

MOV QuickTim.pdf 646K Apple公司 QuickTime动画文件格式（Acrobat文档）

MPEG MPEG Video 4K Wilson Woo MPEG Video文件部分信息

mpegfaq.rtf 94K Chad Fogg MPEG-2文件技术问答集

PIC PIC Format 5K Max Maischein Autodesk动画文件PIC文件格式

YUV YUV4:1:1 4K Angus Dorbie YUV4:1:1文件格式

文件格式索引

压缩算法(compress)

ARC ARC PAK Format 5K Max Maischein ARC/PAK 文件格式说明

ARJ ARJ TECHNICAL INFORMATION 9K Robert Jung ARJ压缩文件英文技术文档

CAB cab.zip 44K Microsoft公司 .CAB文件格式及C语言源代码(ZIP文档）

TAR TAR Format 13K Max Maischein TAR Archive 文件格式说明

LZH

LZH Format 2K Max Maischein LZH Archive 文件格式说明

RAR RAR.rtf 15K Eugene Roshal RAR2.0版压缩文件格式

ZIP General Format of a ZIP file 47K PKWARE ZIP文件格式

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二进制格式(binary)

AOUT Architecture Dependent File Format 70K HP公司 Unix环境下的a.out文件格式

BGI bgi.rtf 71K Gene Lee BGI驱动程序C源代码 (不全)

BFF A grammar for Binary File Formats 8K 有关二进制文件格式的解说

COM COM Format 2K Max Maischein COM 文件格式说明

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EXE Format

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Executable File Format 27K Microsoft公司 Windows环境下的.EXE文件格式

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HPJ Hpj.doc 72K Microsoft公司 帮助的工程文件（.HPJ）文件格式（.DOC文档）

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3K Robert Rapp Windows95的.INF文件格式

LIB

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REG The .REG file format 13K Jeroen Mostert Windows注册表文件（.REG）格式

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Windows格式(Windows)

ANI Windows95 Animated Cursor File Format 4K R. James Houghtaling Windows95的动画鼠标文件格式

BMP BMP Format 38K Wim Wouters BMP文件格式

CAB cab.zip 44K Microsoft公司 .CAB文件格式及C语言源代码(ZIP文档）

CAL .CAL Calendar File Format 7K Microsoft公司 Windows31日历文件格式

CLP .CLP Clipboard File Format 3K Microsoft公司 Windows31剪贴板文件格式

CRD Cardfile File Format Microsoft公司 Windows31卡片文件格式

FIND Windows 95 Find File Format Edward Blake Windows95查找文件格式

GRP Group File Format Microsoft公司 Windows程序组文件格式

HLP Windows Help File Format 61K M. Winterhoff Windows帮助文件（.HLP）文件格式

HPJ Hpj.doc 72K Microsoft公司 帮助的工程文件（.HPJ）文件格式（.DOC文档）

ICO

Icons in Win32 35K Microsoft公司 Win32中的图标文件

Ico.zip 115K Microsoft公司 图标文件（.ICO）文件格式详解（ZIP文档）

INF Windows95 INF files Format

3K Robert Rapp Windows95的.INF文件格式

LNK .LNK file format 7K Donald Murray Windows95的.LNK文件格式

REG The .REG file format 13K Jeroen Mostert Windows注册表文件（.REG）格式

Windows Registry Files 24K Windows注册信息文件user.dat、system.dat 、CONFIG.POL文件格式

RES Win32 Resource File Format 18K Marco Cocco Win32的资源文件格式

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RTF RTF文件结构分析及其应用

9K 邱立铭 王键 Windows的一种文本格式（中文）

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文本及字体文件(Text&Font)

Acorn Font File Format 10K Acorn字体格式介绍

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adobe_EPSF2_0.pdf 43K Adobe 公司 Encapsulated Postscript Version 2.0 (Acrobat)

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FONT Font-File Format 20K Microsoft公司 Windows31字体文件格式

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Wordper-

fect Wordperfect File Format 4K Max Maischein Wordperfect文件格式部分叙述

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MS Word 97 Binary File Format 464K Microsoft公司 WORD 97(8.0)文件格式

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Internet文件(Internet)

BBS bbs.htm 14K F.W. van Wensveen Hudson message base 文件原代码(C语言代码)

VRML VRML2.hlp 182K VRML2.0说明书(Help文档）

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DBF FILE STRUCTURE 4K Peter Mikalajunas .DBF文件格式,适用于 dBASE III/dBASE IV/Foxbase/Foxpro

NTX NTX file format 13K Cesar A. Gil Clipper NTX 文件格式说明

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文件格式索引

其他格式(Other)

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