有没有一个比对软件，可以把程序中改动前后的差异显示出来？

用这个软件吧，简单实用，又无需安装

软件名称：Compare It!

版权所有：Grig Software

软件开发商：Grig Software

开发商网址：http://www.grigsoft.com/

开发商 Email：sales@grigsoft.com

软件类型：文件比较

软件版本：3.5.3.1039

原版下载：需要

软件性质：共享软件

使用平台：Windows(R)9X/NT/2000/XP

汉化补丁：HB_wincmp351039_ljh.exe

汉化大小：169kb（不含捆绑时）

汉化作者：刘继华

汉化作者 E-mail: liujihua2003@yahoo.com.cn

软伍旁旅件简介：

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Compare It! 是一个充满特色的文件直观比较、修改、合并工具。可以比较任何两个文件的不同与相同处。其提供在同一窗口内开左腔凳右两个窗格，可使用鼠标,键盘等方便地进行对照，编辑，合并，删除，左右移动 …… *** 作，其中的不同颜色可以使您一眼就看出两个文件之间的差异来。3.5 的 Unicode 版本已经完美支持所有字体。特别感谢此程序的另一个官方文件汉化者 Jinhui Liang ，他对这启晌个软件比我熟悉，贡献也很大。对我的汉化提出了一些帮助。

补丁捆绑有《 3721 上网助手》。

该系列主要介绍了 MUMmer 软件下核苷酸序列比对程序 nucmer 的使用，计算 *** 作见前两篇推文；

序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）

序列比对软件 MUMmer 高级使用（二）

这一块主要解释一下比对的结果文件 <prefix>.delta 如何解读；

delta file 表示 NUCmer pipeline 下所有 alignment 的编码表示，该软件还设计了一系列程序，通过以 <prefix>.delta 文件作为输入，从而输出一些可读的结果。

delta file 主要包含每个 alignment 的坐标，并强调这些 alignments 中包含的 insertions 或 deletions 之间的距离；

以下图为示例，简单解释一下每一行的内容：

第一行：展示了 query 和 reference 基因组文件的位置，这里我隐去了；

第二行：指定了 alignment 数据类型，即 "NUCMER" 或 "PROMER"；

第三行：4 个词分别代表 ref 的 fastaID，qry 的 fastaID，ref 序列长度，qry 序列长度；

第四行：第一组 alignment 结果，指定两个对齐序列，后续每一组对齐都有这么一个 header，并描述对齐的坐轿纤消标和一些错误信息；如果起始坐标大于结束坐标，则表明对齐是在反链上；前 4 个值分别表示 reference 中的起点和终点，以及 query 中的起点和终点；后 3 个值分别表示错误数（non-identities + indels），相似错误（non-positive match scores），终止密码子（NUCMER为0）；

第五行始：每一个数字表示一个插入或确实，正值 query 相较于 reference 存在缺失，负值表示插入，0 表示该组 alignment 结束；数字坐标叠加表示，比如：上图中 query 第一个缺失的位置为 32，第二个缺失的位置为 32+27，第三个竖则缺失的位置为 32+27+1，以此类推；

但是，在实际应用闭知在，该结果需要进一步处理才能生成更加可读的结果，下一篇就介绍一下 delta-filter、mapview、mummerplot、show-aligns、show-coords、show-snps 等 *** 作。

序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）

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