linux常用的批处理

for i in

do；

done

1、处理文件夹下的所有文件：

for i in $(ls /public/home/fengting/demo/pan69/sort_bam)

2、简单的for循环：

for ((i=1i<=33i++))

do  ngmlr -t 10 -r /public/home/fengting/database/reference/rice/IRGSP-1.0_genome.fasta -q /public/home/fengting/data/hhz/H7L$i.arrow.polish.fasta -o /public/home/fengting/data/rihhz/H7L$i.sam

新建一个文件，名字为test(自己定义的名字)

nano test.sh

在里面编写脚本

          程序必须以下面的行开始（必须方在文件的第一行）：

          #!/bin/sh

符号#!用来告诉系统它后面的参数是用来执行该文件的程序。在这个例子中使用/bin/sh来执行程序。

(能写一些shell普通命令，命令用分号隔开)

例子：

#! /bin/bash

# shutdown pc

sudo

shutdown +1

执行方法

(1)在控制台输入命令执行：

   sh

test.sh

(2)先给脚本可执行权限，双击执行：

右键此文件，选择属性－>权限，最下方会有一个“允许以程序执行文件”，将这一项勾选，就可以了。

或在命令行下附予权限：

      chmod 777

test.sh 或： chmod +x test.sh