PATH 和 .bashrc

生信初学者，之前一直被PATH 和 . bashrc所困扰，直到今天听完了课程才理解。

PATH是一个环境变量，可以使用$PATH 查看变量里面保存的内容。PATH中的内容以 ： 分隔， ： 之间的内容定义了所使用的命令和程序的查找目录。换句话就是说当你启动虚拟机后执行某个命令或程序时，若此命令或程序的位置存在PATH变量中就可以调用，反之则需要使用全路径进行调用。

. bashrc位于个人家目录下的一个 隐藏文件， 是一个存储了个人用户永久性变量的文件。也就是说只要虚拟机一启动，位于该文件中的变量就会被执行一次。

软件安装时，通常三步走（除conda安装方法外）：1wget、2解压、3添加到.bashrc中。如果没有将软件路径添加到.bashrc中，每次开启电脑后就需要使用全路径调用程序；若添加到.bashrc后，电脑开启后就会执行一次程序变量所在的路径，然后此路径就会进入到PATH中，最后就能使用程序名调用程序。

#.bashrcsetJAVA_HOME=/usr/j2sdkexportJAVA_HOMEsetPATH=$PATH:$JAVA/binexportPATHsetCLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jarexportCLASSPATH#Userspecificaliasesandfunctionsaliasrm='rm-i'aliascp='cp-i'aliasmv='mv-i'#Sourceglobaldefinitionsif[-f/etc/bashrc]then./etc/bashrcfi重启后echo$JAVA_HOME没有JAVA-version也不行,说明设置不行

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