用diamond如何增加配位键

具体步骤如下：

1、首先双击diamond快捷方式，进入主程序。

2、打开数据cif文件，程序将出现一系列对话框。

3、可一直点击“下一步”。

4、直到有“完成”出现，点击“完成”即可增加配位键。

1、打开diamond软件，并且找到我们要画的晶胞结构的cif文件。

2、打开cif文件，就是直接把物质的cif文件拖入到打开的diamond软件中，就会出现一个晶胞。

3、再打开一遍晶胞结构的cif文件，这样就能增加至两个晶胞了。

1. Diamond出图时怎么设置dpi数目 我在使用Diamond出图时分辨率并不算小，可是编辑说我的图只有96dpi，但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置？

答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap，然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以。如果是JPG格式，还是96dpi.

答: 呵呵，发现在tools下拉菜单的option里。

2. Diamond椭球图阴影画图 如图中所示，怎么画出每个椭球中的阴影部分？我用的是3.1d版本.

答:这个是在diamond中的'原子设置中'中选的，具体如下：picture-------atoms design-------style and colors-------style中选择octant即可。

3. 怎样建立氢键

我这儿有一个cif文件，一个tab文件和两个已经用diamond作好的图，但不知道这两个图是怎么画出来的，想知道作图过程，请diamond高手用word或pdf写出作图过程。

答：没什么技术含量的吧，堆积一下，删掉多余的原子，创建氢键就好。

4. 怎样建立单个分子

diamond一打开cif，就是堆积图，怎么才能显示一个分子。

答：好像最新的更新包已经改过这个bug了。但是因为没有对应的破解程序，所以俺还是用以前的3.0，经常遇到这个问题。如果你的分子间没有作用，即：没有乱七八糟的键连在一起，选中一个原子，然后，ctrol+M, 选中一个分子，然后，反选，即选中除该分子之外的所有分子，然后一键 delete, 就ok了。如果分子连成片，就删吧。

对于非中心分子，即含反离子的分子结构要小心，不要把反离子漏掉了。当然，如果不用画就没问题了。以上拙见，仅供参考。

答：diamond打开cif时选“建立单个分子”，然后点完成，不要点下一步。

5. 请教diamond画C60遇到的问题

（1）我这个C60在画多面体的时候，中间inset 的atom的半径 在每个面上都要自己一个一个去设定radium，有没有同类原子半径一起设置的？里面没有找到。

（2）当我把中间的 dummy原子（就是为了画多面体的时候新加入的）的半径设为0后，如果想改C60的每个面的颜色的画，这个怎么改的？

（3）最后问一下，我保存的图片中背景的 diamond demonstrator 如何去掉。

另献上我第一幅diamond图，如下。

答：1. 可以在atom设置里找到假原子直接设置2. 以假原子为中心画多面体3. 你用的应该是未破解版本。

6. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒

diamond中如何在螺旋链中插入一根棒，以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构，如何画出单，双螺旋结构？

答：插入几个哑原子，然后连键，进行一些设置就可以了。前段时间有人传了一些Diamond的说明，其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的。

找到了这个文件，感谢原作者Crystalsnet，我把它上传到纳米盘，你自己下载下来看看就知道怎么做了。

答：在孔道两侧虚拟两个原子，然后在这两个原子间成建，设置一下键参数就可以了！

答：具体说，选择两端的几个院子，再找这几个的中心位置，分别insert atoms , 再 连接心连接， insert bond, 在按你的意思edit the bond。

7. 如何去掉M-C,M-H连接

打开一个晶体数据后，在connectivity中把M-C,M-H去掉后。再点complete fragments后，这些M-C,M-H又连上了，求助高手。

答：点下connect now 再确定试试。

8. diamond里面如何定义元素化合价

怎么样定义元素的化合价，然后使半径比例随之改变？？默认设置好像都是原子半径。

答：问题解决了，在atomic parameter里面。

9. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了，是怎么回事

今天用diamond画配位环境时画到一定程度（配位环境没画完）原子就长不出来了，不知是怎么回事？请高手指点，谢谢！

答：试试在“Type of sphere”中把Rmax值设大一些。

答：或者试试用小太阳符号“Fill coordination directly"。

10. 修改Diamond的默认单胞数

我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为2了，也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元，在哪改回去吖？

答：菜单栏的picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾，下一步-->在fill cell range with项里选择需要的单胞数，按完成。

OK！每次用diamond打开cif文件时，在引导项中注意选择单胞数，就可以控制显示的单胞数了。

11. 在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢 如题.我怎么选connectivity,设上DMAX,按OK,不管用呢?

答：我这么做也不管用，后来就在读入cif之后先不生成图，先在connectivity里设定要的健长范围就可以了。

答：那是没有设上，该了之后要再点一下需设原子才行。

答：管用的，应该是你 *** 作有问题。

12. 怎么取消透视图

我用的是3.0读完cif之后出现的直接是透视图，怎么取消啊？

答：应该是用Representation Settings。

答：用central projection命令！

13. 绘制黄色和蓝色矩形

请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画？通过原子建立平面时，所得的矩形太大，不知道如何调整到所要的大小。

答：好像Diamond里没法加这样的矩形框，这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的，或者不是用Diamond绘制的，比如，可以在Word里加矩形框，然后设置透明度或许可以。

答：在Diamond里加平面是很大，因为平面是无限延伸的，像这种有限的平面实际是些多面体，通过共面的点建立的，像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况，就是这么做出来的，你可以尝试一下。

答：不错，用加多面体的方法，借助哑原子可以做的。

14. Diamond结构图寻求完美的颜色对比

见识一下各位高手所作的MS或Diamond做晶体的结构图，主要想参照一下颜色搭配！

答：在polyhedra designs 和 atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀。

15. 如何去掉Diamond 中画的图Diamond 背景字样

求助Diamond 中画的图copy到word中总有Diamond 背景字样，如何去掉呀？

答：你用的那个版本没有破解。

16. 溶剂水没加氢如何画氢键

我最近想画个氢键堆积图，可是溶剂水没加氢，用diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢键显示不出来，求助高手我应该怎么办啊?

答：先加上氢了，或者你把所有的氢都删掉，直接把O-O之间用虚线连起来就可以了。

答：不加H直接连接O。。。O键容易被审稿人质疑的。最好还是想办法加加H。

答：给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的，然后再去固定住一般就可以的。

答：我都是参照文献的氢键数值，直接在Diamond里设定D...A距离然后连接。实在想做的完美，可以在解析结构时，使用envi X 2,找出原子X周围较为合理的H，然后将其固定，后者先在Diamond里找出形成氢键D...A的原子对，然后在解析结构时在这两个原子之间加入Dummy，并将Dummy定义为H，然后对H进行固定，这样可能就合适了。

答：具体的情况很复杂，加H的技巧很多，实在一言难尽。

17. diamond中怎么画堆积图

diamond中怎么画堆积图啊？有机配体要怎么删除啊？

答：啥样的堆积图？把原子半径改大一点不行吗？

答：估计是你填充单胞不够。

18. 原子坐标

图中的错误是怎么回事？怎样避免？谢谢。

答：你那个d出的错误提示正好把后面的挡住了，不能移开一点再贴上来吗？只能帮你猜谜了，估计是原子坐标没给，因为其它地方不会提示这个错误的。

答：他好像不是从文件读入的结构信息，而是自己手动输入的，一般绘图软件都可以手动输入的。

19. 如想构造多面体

请问如想构造多面体，中心原子有两个如CeVO4，中心原子为Ce和V 以配位原子为

O来构造两套多面体用什么办法？

答：先选中中心原子，然后在object里选polyhedra，然后选ligand做边,如此重复两次就能得到两个多面体。

答：一般XP都是画配位环境图，基本上所有的图都能用Diamond做。

答：CeVO4多面体骨架图：

20. 怎样美化diamond图

实在没办法，自己对照着说明第一次画图，是LiYF4晶体。

白钨矿型四方晶系，空间点群C6 4h-I4 1/a，晶胞参数a=5.167，c=10.794 我自己画得不知道是什么，求哪位帮帮忙啊。

答：原子比例不太合适，原子小些棍粗些会比较美观；还有坐标上的箭头最好去掉然后把abc字体改大点，不然这样的图放到文章上字会看不清楚。画拓扑重在选择节点，看你选择什么作为结构单元，如果是选某种原子那很方便，在diamond菜单中改变这种原子之间的默认键长；如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心，那就需要在shelx程序中添加原子（cent/x命令），然后再在diamond中改变默认键长。首先自己要了解清楚你的结构，然后选择合适的节点，有的时候从不同角度理解结构，可能会选择不同的节点。

答：画拓扑的话，做好用一下olex，可以自动简化节点。

21. diamond保存图片时可以设置分辨率吗

用diamond画图，保存图片选择tif格式直接保存后，像素很低，感觉不清楚。diamond里可以设置，像素，分辨率，再保存吗？

答：当然可以。在layout里设置一下，600最好。

答：一般300就可以了。

答：“当然可以。在layout里设置一下，600最好。”这个好象是对bmp起作用。

22. 关于diamond中氢键粗线设置问题

如题，在diamond中，由build-create h-bond产生的氢键为较细的虚线，如何把氢键设置得粗一点 我试了一下，如果在picture-bond design 设置粗细，则氢键也会变成实线，与其他的化学键分不开。麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式？

答：首先进入edit,选edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型，比如NO键，选中design，通过调节radius可以调节键的粗细，然后在fragmentation里输入大于1的数字线就成虚线了，我一般选4，你可以自己调节。

答：你可以全选键然后加粗，点应用、不点确定。

23. 控制晶体的层状结构数目

Diamond画单晶的结构图，把CIF文件导入后，用grow命令的话，晶体的层状结构会一下长很多层，用什么命令才能实现我让它长两层就长两层？我想让它长三层就长三层？

答：用对称 *** 作一个一个加，对称 *** 作码在platon里面。

答structure/fill/cell range里面可以控制大小。

24. 使用diamond生成氢键

在使用diamond 画图时，craete H-bonds 总是不成功，没有氢键产生；实际上存在氢键，有哪位虫友也遇到过类似问题，帮小弟一把！

答：你设置供体和受体之间的距离了吗？先设置好氢键的距离。

答：必须有氢，否则无法craete H-bonds。

25. Diamond里面如何选择一个分子

请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子？（除了destroy的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外） 就像xp里面的uniq命令那样，谢谢。

答：右键有一个“select molecule”。

26. 如何用diamond画C-H……pai 和pai……pai堆积

如何用diamond画C-H……pai 和pai……pai堆积，请多指教。

答：用假原子，可以完成。

答：用picture中的bond designs，出现复选框，在Atom groups中选择对象，在style and colors中有一个fragmetation选项，在它的旁边有一个可供选择的小箭头，按向上的箭头，选择你想要的虚线度，数字越大，虚线的长度越小。先选定原子，在Diamond（一般是左下角）的picture工具栏里有一个图标，中间是个棕黄色的小圆球，外面有一圈虚线，按一下那个图标试试看，应该可以。

或者在build中的fix spere 即可。或者click built---fill----Rectangular---Area。

27. 怎么插入假原子

请教DIAMOND里，怎么在两原子中心插入一个假原子。谢谢!

答：选定两个原子 insert就好啦，呵呵。

28. 如何看两个原子间的距离

请问用DIAMOND画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点.

答：在build功能里，连及INSERT--bond两个原子，右键点击即可察看。

答：tool -----measure distance，然后在分别点击你所测的两个原子，将鼠标放到一个原子上就会出现距离。

29. 怎样在diamond里测面与面之间的距离

想通过测面面之间的距离来说明π-π堆积，可是在diamond里面怎样测啊？

答：Diamond的帮助文件里都有详细说明，自己查一下。平行平面之间的距离实际上就是点到面的距离。Diamond可以非常方便的测出，用Tools/Measure Planes etc命令。

答：先选中一个平面中所需原子, Objects->planes->creat plane from atoms；同样建立第二个平面.；tools->calculate->distance from planes.

30. Diamond里面原子符号的上标怎么弄 想标原子名称，而且有对称符号，如i, ii, iii之类的，请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊？谢谢！

答：可object--->text 然后打i, 加入后移动到某原子那, 比如Cd1i (i为上标). 答：要标某原子, 点到那原子, right click, add--->label。

答：画完图后在photoshop中处理就行。

答：点右键add: atom label；点右键edit atom label 中content的下拉菜单，找到（individual type）；然后在下面ndividual 对话中输入你要表达的内容，点OK就行了。

答：我一般在微软的画图工具中进行标记。

31. 如何用diamond画纳米空心管 最近看到了一篇关于纳米管的文献，很好奇里面的空心管是如何画出来的，我用diamond画出了那种圆柱管，但不知道怎样把它弄成空心的，因此在这里请教一下高手了。

答：可以参考，photoshop画空心圆

用椭圆选择工具画圆，然后“描边”，选择好描边的宽度、颜色、位置就可以了。其中，描边的位置有居内、居中、局外三种，我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三种位置有什么区别。但是描边的宽度大到一定像素（比如30）就不圆了。这时候的方法是，新建图层上做圆形选区，填充一个颜色，然后变换选区，删掉多余的。

具体做法：Alt+Delete填充前景色——右键“变换选区”——Shift+Alt＋鼠标拖动角部控制块，以中心为固定点等比缩小合适大小——按下Enter键确定——按下Delete键删除移动后的选区内容。变换选区也可以通过按键“Alt+s+t”（Alt+s是键盘打开“选择”菜单的方式，T是选择菜单下的“变换选区”）实现。

如果使用快捷键“Ctrl+T”，这是“自由变换”快捷键。它是对被选中的对象进行变换，不针对选区自身。如果使用“Ctrl+Alt+T” ，则是对选中对象的复制并进行自由变换。这个当它出现和变换选区一样的手柄框时，可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了，而且是对复制的对象进行变换，也不是对该选区进行变换。

32. 怎样去掉不合理的键 有些键是不合理的键连，怎样才能去掉这些键？

答：build--->connectivity 可以改吧.

答：如果你要删除的是一类键，可以在右侧下拉框找到table of bond group，上面会有键的列表，找到你要删的一类键，右键select by group，发现图片上所有的这类键的会被选中。然后再图片上对准选中的其中一个键，右键选删除便可。

答：在buil——connectivity里，上面是键的类型，下面的框是键长，在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉，下面的键长可以输入你认为合适的范围。

---