R ggplot和ggsignif箱线图添加显著性差异标识

有时候我们会看到如上图片，觉得挺好，但是如何实现呢？没有做的的时候，觉得挺难，但是真要做才发现没有那么困难？

其实做这样的图，目前R比较常用的包有两个，分别为：ggsignif和ggpubr，两者的用法大体差不多，有一些细微从差别，但是结果几乎一样。这里我用的是ggsignif，下面将介绍ggsignif的用法。

两种安装方式：

一般根据数据是否符合正态分布，选择合适的统计方法：

ggsignif包主要函数为：geom_signif()和stat_signif()，常用geom_signif()。

常用参数如下：

test数据集两列，一列是基因表达量，一列是分组。

神奇小工具丨ggplot绘图显著性添加工具---ggsignif

load("Type.Rdata")

首先外面是一个小提琴图，中间一个箱式图，然后两两之间做差异分析，而且排列要从低到高，并且要用*来表示p值的显著程度

step1.映射

x轴是类型，y轴是表达量，填充的颜色按照type来区分，所以直接引用ggviolin

柳叶刀配色

需要给它打上白色，覆盖下面的小提琴图配色

比如要看泛肿瘤里面各种肿瘤里面特定基因的表达量之间有没差异，就可以用这个小提琴图来进行展示，这时候order就可以排序了

三组两两对比 ：先定义一下三组之间的关系，再用一个对比函数，stat_compare_means设置两两比较

基础知识，多多学习

用到

函数

两种用法：

这个方法可以在组内进行比较

这个只能在组间进行比较，comparison的赋值必须是x轴上的值

“长度为2的向量列表。向量中的条目要么是x轴上2个值的名称，要么是对应于要比较的感兴趣组索引的2个整数。”

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