2011年至2016年3月，该校在《科学》、《自然》、《细胞》及其子刊等国际高水平学术期刊上发表论文50余篇；获国家自然科学二等奖4项，获教育部自然科学一等奖1项、二等奖3项；1项成果入选“中国科学十大进展”，2项成果入选“中国高校十大科技进展”，1项成果获中国专利金奖。承担了国家社科基金项目174项（其中国家社科基金重大项目15项），教育部哲社研究重大课题攻关项目10项；32项成果获教育部第六届、第七届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学），其中一等奖3项；厦门大学在台湾研究、南洋研究、高教研究、经济研究、会计研究、南海研究等领域已经形成自身特色，实力居国内高校前列。2015年，学校科研经费近10.88亿元。
在2010年全球最著名的两大科技期刊之一的《Nature》发布的《自然出版指数2010中国》（Nature Publishing Index 2010 China）这份报告中，厦门大学科研实力位居国内所有科研机构第9名 。国际权威学术期刊英国《自然》杂志发布的《自然出版指数2011—中国》报告显示，厦门大学位列中国十大科研机构的第六位 。 截至2016年3月，学校设有200多个研究机构，其中国家级协同创新中心2个，国家重点实验室4个，国家工程实验室1个，国家工程技术研究中心1个，国家地方联合工程实验室3个，教育部重点实验室5个，教育部工程研究中心3个，教育部人文社科重点研究基地5个。厦门大学国家大学科技园是福建省内仅有的两个经科技部、教育部认定的国家级大学科技园之一。
学校还设有厦门大学国学研究院、厦门大学公共政策研究院、厦门大学知识产权研究院、厦门大学王亚南经济研究院、厦门大学财务管理与会计研究院、厦门国际法高等研究院、厦门大学教育研究院、厦门大学台湾研究院、厦门大学南洋研究院、厦门大学海峡两岸发展研究院、厦门大学南海研究院、萨本栋微米纳米科学技术研究院、厦门大学生物仿生及软物质研究院、海洋与海岸带发展研究院等14个研究院以及两岸关系和平发展协同创新中心、能源材料化学协同创新中心等科研平台 。 国家重点实验室 固体表面物理化学国家重点实验室、近海海洋环境科学国家重点实验室、细胞应激生物学国家重点实验室、分子疫苗学与分子诊断学国家重点实验室 国家工程研究中心 国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心 国家工程实验室 醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室 国家地方联合工程实验室 天然产物源靶向药物国家地方联合工程实验室、新能源汽车动力电源技术国家地方联合工程实验室 教育部重点实验室 谱学分析与仪器教育部重点实验室、水声通信与海洋信息技术教育部重点实验室、滨海湿地生态系统教育部重点实验室、高性能陶瓷纤维教育部重点实验室、计量经济学教育部重点实验室 教育部批准设立的研究机构 厦门大学历史研究所、厦门大学人类学研究所、厦门大学中国语言文学研究所、厦门大学海外华文教育研究所、厦门大学经济研究所、厦门大学宏观经济研究中心、厦门大学会计发展研究中心、东南亚研究中心、（中国）厦门大学马来西亚研究所、厦门大学高等教育科学研究所、厦门大学高等教育发展研究中心、厦门大学台湾研究中心、微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心、电化学技术教育部工程研究中心、教育部物理化学研究所、教育部寄生动物学研究室（厦门大学）、教育部细胞生物学研究室（厦门大学）、厦门大学亚热带海洋研究所、中国海关史研究中心、国家农村社会保险研究中心（劳动与社会保障部委托）、分子诊断教育部工程研究中心 福建省重点实验室 福建省等离子体与磁共振研究重点实验室、福建省半导体材料及应用重点实验室、福建省高校微纳米系统重点实验室、福建省高校化石能源化学与化工重点实验室、福建省化学生物学重点实验室、福建省高校无机化学与功能材料重点实验室、福建省高校特种陶瓷重点实验室、福建省特种先进材料重点实验室、福建省药物工程实验室、福建省高校生物医学工程重点实验室、福建省亚热带湿地生态学重点实验室、福建省资源微生物重点实验室、福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室、福建省眼科与视觉科学重点实验室、福建省海陆界面生态环境重点实验室、福建省防火阻燃材料重点实验室、福建省仿脑智能系统重点实验室、福建省器官与组织再生实验室、福建省材料基因工程实验室、福建省柔性功能材料实验室、福建省智慧城市感知与计算实验室、福建省药物新靶点研究实验室 福建省研究中心 福建经济研究中心（省校共建）、福建女性发展研究中心（省校共建）、福建省半导体照明工程技术研究中心、厦门大学集成电路设计工程技术研究中心、福建省医学分子病毒研究中心、福建省抗癌研究中心、福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心、福建省陶瓷纤维工程技术研究中心、福建省纳米制造工程技术研究中心、福建省核能工程技术研究中心、福建省数据挖掘研究中心、福建省立法研究中心、福建省财税金融法治研究中心 馆藏资源 截至2014年12月，厦门大学图书馆共有纸本馆藏为481.8万册，电子馆藏443.2万册，合计总馆藏量为925万册；另订购有在线电子期刊6万种，其中中文期刊2.8万种，外文期刊3.2万种。
图书馆文献收藏涉及各学科领域，尤以哲学、管理学、政治学、法学、经济学、语言学、历史学、数学、物理学、化学、生物学、海洋学、机械与电子工程、计算机科学等学科领域的文献更为系统，在东南亚研究和台湾研究的资料建设方面具有特色优势。馆内还拥有大量的古籍线装书、光盘、录音（像）带、缩微平片等资源，是国家重点古籍保护单位。
图书馆是中国高等教育文献保障系统中主要的成员馆之一，福建省文献信息服务中心，是中国人文社会科学文献中心学科中心之一，与15个国家和地区的200多家大学图书馆建立有馆际互借和出版物交换关系，教育部在本馆设有科技查新工作站 。 学术刊物 《厦门大学学报（自然科学版）》于1931年创刊，是由教育部主管，厦门大学主办，国内外公开发行的综合性学术期刊（双月刊），是中国自然科学核心期刊。主要刊载自然科学各学科的最新研究成果，包括自然科学基础理论研究、应用基础研究、高新技术方面的学术论文。1994年以来，被引频次及影响因子均居全国综合类高校前列，先后被国内外多家核心期刊和数据库收录为刊源，多次被评为全国、华东地区、福建省的优秀科技期刊。2001年入选国家新闻出版总署评定的“中国期刊方阵”；2003获国家新闻出版总署颁发的“第二届国家科技期刊百种重点期刊奖”；2006年、2008年蝉联国家教育部科技司颁发的“中国高校精品科技期刊”奖；2008年荣获“首届福建省十佳期刊”。2009年在全国高校科技期刊“三优”评比中被评为“编辑质量优秀期刊”。厦门大学学报（自然科学版）在2009年华东地区优秀期刊评选中获“第四届华东地区优秀期刊奖”。2010年荣获“第三届中国高校精品科技期刊奖”。2011年被评为“第2届中国精品科技期刊”。2011年在《中国学术期刊评价报告》（2011-2012）中 被评为“RCCSE中国权威学术期刊” 。
《厦门大学学报（哲学社会科学版）》是厦门大学主办、国家教育部主管的高层次的哲学社会科学综合性学术刊物，2003年底首批入选教育部“哲学社会科学名刊工程”。根据清华大学中国学术期刊（光盘版）电子杂志社发布的《中国学术期刊影响因子年报》（人文社会科学·2010年版）的数据，2009年该刊在“中国学术期刊综合评价数据库”总被引3122频次，复合影响因子1．692，位居全国综合性人文社会科学期刊的第7位。此外，根据陕西师范大学图书馆“高校文科学报论文统计与分析课题组”2001-2006年做的统计报告，该刊1998-2002年五年的平均摘转率，在全国文科学报中名列第一，2003-2005年三年的平均摘转率名列第四；其中2001年第二，2002年第一，2003年第二，2004年第五，2005年第三。先后被选为全国各种文科“核心期刊”和各种评估系统的来源期刊，如“中文核心期刊要目总览”（北京大学）、“中国人文社会科学核心期刊”（中国社会科学院）、“中文社会科学引文索引（CSSCI）选用期刊”（南京大学）等。在各类期刊评比中，也获得了相应的荣誉。在中国人文社会科学学报学会举办的四次全国文科学报评优中，都获得最高奖项；近年先后被评为“华东地区优秀期刊”、“首届福建省十佳期刊” 。
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