北京林业大学办学历史可追溯至1902年的京师大学堂农业科林学目。 1952年,全国高校院系调整,北京农业大学森林系与河北农学院森林系合并,正式成立北京林学院,临时过渡院址设在西山大觉寺。
1956年,北京农业大学造园系和清华大学建筑系部分并入北京林学院。
1960年,被列为中国63所重点高等院校之一。 1964年,园林专业因“园林教育革命”影响受到批判。
1965年,北京林学院园林专业宣布停办,园林系被撤销。
1969年,文化大革命期间,林彪发出战备疏散的“一号命令”,北京林学院开始迁往云南。学院北京原址分别被中国科学院、中国农业科学院、北京大学、清华大学、中国科技大学研究生院等(现中国科学院研究生院)单位占用。北京林学院虽名为搬迁,但实为解散,后经国务院过问北京林业大学免于撤销,全校于1970年集中丽江,更名为“丽江林学院”,后转迁至下关市,并再次更名为“云南林业学院”。
1973年,搬迁至昆明市安宁县楸木园,同时,云南农业大学林学系并入云南林业学院。
文化大革命结束后,学院在多方努力后于1979年返京复校,复名“北京林学院”。并收回部分原有土地,但总面积减少了40.5%,校内科研基地植物园被毁(现为中国科学院半导体研究所)。
1977年,园林系恢复。 1984年,邓小平为学校题写校名。
1985年,经中华人民共和国林业部批准,北京林学院更名为北京林业大学。
1996年,北京林业大学被列为“211工程”首批建设的41所高校之一。
2001年,教育部、国家林业局协商决定,与北京林业大学实行共建。
2005年,北京林业大学被列为42所具有本科自主选拔录取资格的高校之一。
2009年,进入“985”创新平台建设行列 。
2010年,获中华人民共和国教育部和中华人民共和国国家林业局共建支持。
2012年,牵头成立中国第一个林业协同创新中心——林木资源高效培育与利用协同创新中心。
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