如何在Python中通过HTTP与UniProt交谈？

概述我试图从UniProt获得一些结果,这是一个蛋白质数据库(细节并不重要).我正在尝试使用一种从一种ID转换为另一种ID的脚本.我能够在浏览器上手动执行此 *** 作,但无法在Python中执行此 *** 作.在http://www.uniprot.org/faq/28中有一些示例脚本.我尝试了Perl,它似乎工作,所以问题是我的Python尝试. (工作)脚本是：## to

我试图从UniProt获得一些结果,这是一个蛋白质数据库(细节并不重要).我正在尝试使用一种从一种ID转换为另一种ID的脚本.我能够在浏览器上手动执行此 *** 作,但无法在Python中执行此 *** 作.

在http://www.uniprot.org/faq/28中有一些示例脚本.我尝试了Perl,它似乎工作,所以问题是我的Python尝试. (工作)脚本是：

## tool_example.pl ##use strict;use warnings;use LWP::UserAgent;my $base = 'http://www.uniprot.org';my $tool = 'mapPing';my $params = {  from => 'ACC',to => 'P_REFSEQ_AC',format => 'tab',query => 'P13368 P20806 Q9UM73 P97793 Q17192'};my $agent = LWP::UserAgent->new;push @{$agent->requests_redirectable},'POST';print STDERR "submitting...\n";my $response = $agent->post("$base/$tool/",$params);while (my $wait = $response->header('Retry-After')) {  print STDERR "Waiting ($wait)...\n";  sleep $wait;  print STDERR "Checking...\n";  $response = $agent->get($response->base);}$response->is_success ?  print $response->content :  dIE 'Failed,got ' . $response->status_line .     ' for ' . $response->request->uri . "\n";

我的问题是：

1)你会如何在Python中做到这一点？

2)我能够大规模“缩放”那个(即在查询字段中使用大量条目)吗？

最佳答案问题#1：

这可以使用python的urllibs完成：

import urllib,urllib2import timeimport sysquery = ' '.join(sys.argv)   # encode params as a List of 2-tuplesparams = ( ('from','ACC'),('to','P_REFSEQ_AC'),('format','tab'),('query',query))# url encode themdata = urllib.urlencode(params)    url = 'http://www.uniprot.org/mapPing/'# fetch the datatry:    foo = urllib2.urlopen(url,data)except urllib2.httpError,e:    if e.code == 503:        # blah blah get the value of the header...        wait_time = int(e.hdrs.get('Retry-after',0))        print 'SleePing %i seconds...' % (wait_time,)        time.sleep(wait_time)        foo = urllib2.urlopen(url,data)# foo is a file-like object,do with it what you will.foo.read()

总结

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