Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件

概述#-*-coding:utf-8-*-\"\"\"CreatedonSatJun2019:36:342015@author:chaofn\"\"\"importos\"\"\"这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件（一共有215个文件）

# -*- Coding: utf-8 -*-"""Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015@author: chaofn"""import os"""这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件（一共有215个文件）批处理将pdb文件生成dssp文件"""#Listdir返回文件名的列表fileline=os.Listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')#遍历整个列表for i in range(len(fileline)-1):  #将字符串用变量表示  input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileline[i]  #先去掉文件名的后缀，然后形成后缀为dssp的文件名  out_file=fileline[i].split('.')[0]+'.dssp'  output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file  #注意：参数的传递（先是%s，然后是%变量名），多个变量的传入要用元组表示，在元组前用%  os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))

总结

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