icgc数据库的数据需要log fpkm+1嘛

需要。

当我们使用TCGA表达数据，数据以gene-samplematrix形式整理好了，ICGC也是一个很大的癌症数据库，存放了几十种癌症的数据。我们需要将系数矩阵修改成gene-sample。

一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称，NCBI登录号，或者Ensembl基因ID，点击基因报告（Gene Report），就能在突变摘要（Mutation Summary）中找到已发现的突变和拷贝数变化，以及迄今为止，这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方，包括了点突变，少量缺失，以及插入突变等方面的数据。

TCGA与ICGC。

TCGA, 全称为The Cancer Genome Atlas（癌症基因组图谱）。通过其名称我们就知道这个数据库主要做的就是肿瘤相关的数据库。

ICGC，全称International Cancer Genome Consortium（国际癌症基因组联盟）。这个数据库和TCGA的关系，就是ICGC数据库包括了TCGA的数据。另外呢，ICGC也纳入了其他别的地区所做的队列的测序数据。所以如果使用ICGC进行检索的话，我们可以得到更多的数据。

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