David数据库下载kegg数据count是什么

David数据库下载kegg数据count是什么,第1张

count是用来统计某字段所包含元素数量的。

COUNT函数返回统计区域中的数字个数。语法形式为:COUNT(value1,value2,)参数value1,value2,为数值或单元格引用。

前几天一个小伙伴问:怎么查看一个基因和某一个通路之间的相关性。这里就简单的提供一个可能的解决办法,供有相同需求的小伙伴参考。

这里我们就假设我们想要查看ACE2和Cell Cycle信号通路之间有没有关系。对于这样的目的,我们第一步肯定是要查询两者在之前的研究当中是否有关系。

1 确定之前的研究结果

对于之前研究结果的确定的话,我们可以通过genecards来查询。genecards当中总结了这个基因应该参与哪些经典的通路。在genecards里面汇总了KEGG等多个通路数据库当中的信息。所以在这里,我们基本上能清楚这个基因主要是参与哪些基因。

经过查询,我们发现基于这个基因本身的功能,它和Cell Cycle信号通路是没有关系的。

2 确定基因和信号通路内的基因的关系

经过上面的查询,我们发现这个基因并不参与细胞周期信号通路的调控。那这个基因不参与这个通路并不能代表这个基因和通路内的基因没有关系。因此,我们查看查看这个基因和通路内的基因是否存在关系。那么首先第一步,就是需要知道通路内都有哪些基因。

21 查询通路内的基因

我们可以通过KEGG等通路数据库来查询某一个通路内的基因都有哪些。这里我们推荐另外一个通路查询数据库: PathCards(>

Cathepsin K是一种在骨骼系统中高度表达的蛋白酶,其主要功能是在骨重塑和溶解过程中参与骨质疏松症的发生。Cathepink是一种Cathepsin K抑制剂,可能对骨骼系统中的信号通路产生影响。以下是查询Cathepink可能激活哪些信号通路的方法:

1 首先,可以查询Cathepsin K的功能及其作用的信号通路。Cathepsin K已被证明可以通过多种信号通路参与骨重塑和溶解过程。这些信号通路包括RANK/RANKL、Wnt/β-catenin、TGF-β和NF-κB等。

2 其次,可以查询Cathepink对Cathepsin K及其相关信号通路的影响。研究表明,Cathepink可以有效地抑制Cathepsin K的活性,从而阻止其参与骨重塑和溶解过程。此外,Cathepink还可以抑制RANKL介导的信号通路和Wnt/β-catenin信号通路,并降低TGF-β和NF-κB的活性。

3 最后,可以查询Cathepink的其他生物学功能及其可能影响的信号通路。例如,Cathepink被发现可以抑制乳腺癌细胞的增殖和侵袭,并通过PI3K/Akt和ERK1/2信号通路影响细胞凋亡。

综上所述,Cathepink的作用机制涉及多个信号通路,包括Cathepsin K相关的信号通路、RANK/RANKL、Wnt/β-catenin、TGF-β和NF-κB等。此外,Cathepink还可能影响其他生物学过程和信号通路,如癌症细胞增殖和侵袭。

Gene-list Enrichment这里,我们这里选择的是Emsembl Gene ID,然后选择物种Homo sapiens,然后将gene list粘贴过去,下面只勾选KEGG Pathway,点击Run,这里会生成一个TaskID

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