国家基因组科学数据中心怎么用

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国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA 原创

2022-04-25 14:44:31

sisichen �

码龄4年

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文章目录

前言

一、什么是NGDC？

二、NGDC的发展历程

三、什么是GSA？

四、为什么选择上传数据到GSA？

五、如何上传测序原始数据至GSA？（重点！！附详细步骤！！）

1 准备要上传的数据

2 计算MD5码

3进入NGDC主页，登入账户

4 填写数据信息

第一步：建立Bioproject。

第二步：建立BioSample。

第三步：创建GSA。

进入GSA数据库

新建GSA

填写信息

下载表格文件

5 数据上传：

(1) 通过FTP软件 上传（上传需要流量！！如果小数据可以用）

(2) 通过服务器上传（推荐！！）:如果实验室有服务器的话，推荐服务器上传，步骤如下：（服务器上要先安装ftp ）

（3）邮寄硬盘

6等待审核

总结

前言

在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国国立生物技术信息中心（NCBI）、欧洲生物信息学研究所（EBI）、日本核酸数据库(DDBJ)，现在中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心 (CNCB-NGDC)—中国的 “NCBI” 已经建立并日渐完善。组学原始数据归档库（GSA）是组学原始数据汇交、存储、管理与共享系统，是国内首个被国际期刊认可的组学数据发布平台。GSA已获得多个国际期刊认可，并已被国际著名出版商Elsevier收录为指定的基因数据归档库，其权威性得到国内外100余家学术杂志的认可。GSA已通过FAIRsharing认证，获得Wiley出版集团认可，因此我们不用担心上传数据到GSA不被期刊认可，也不用再舍近求远上传数据到NCBI，作为中国人，我们一定要支持我们NGDC中的数据库。本文介绍了如何上传测序原始数据到GSA，附详细 *** 作步骤。

一、什么是NGDC？

国家基因组科学数据中心（>

gisaid是流感数据库，你先得有一个账号才能下载。

注册账号需要填写相关的东西，完了过一段时间会给你注册的邮箱发邮件的，不一定能申请成功。原因我不说。

注册成功后登陆，进入一个这个界面。

点击选择病毒亚型之类的信息，输入关键词，点击右下角的search，之后勾选，下载就可以了。

NCBI NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列

PopSet包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。

Entrez 功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可在同一数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。当运用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行相似性检索时，则会涉及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接发生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接，或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool）是用于序列相似性检索的一个重要数据库，是区分基因和基因特征的工具。该软件能在15秒内完成整个DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相关度有明确的统计学解释，以便更容易地将相关记录与随机的数据库记录相区分。在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页。

BLAST 主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST20是一种新的BLAST检索工具，它在原有基础上作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped BLAST 和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped BLAST 允许在对准的序列中引入空位（碱基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味着在比较两个相关序列时不会出现中断（Break）现象。这些空位对准的记分系统更能反映相关序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific Iterated BALST，即特殊位置重复BLAST，它提供了自动、易用的概貌（Profile）检索，是查找序列同源的有效工具。

Dnastar 可以用于解决你踢完的后半个问题

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