国际著名的三大蛋白质数据库

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

1、UniProt数据库

蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

2、The Human Protein Atlas数据库

The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并提供免费查询。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术，检查每一种蛋白质在人类48种正常组织，20种肿瘤组织，47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达，其结果用至少576张免疫组化染色图表示，并经专业人员校对和标引，保证染色结果具有充分的代表性。

3、PhosphoSitePlus数据库

PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。

该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

性能及历史

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月，动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。

分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。

蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库，因此HPDB支持中文查询。

蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件，并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。

DDBJ:DNA Data Base of Japan 是日本人建立的核酸数据库；

NCBI中的Genbank是美国建立的核酸数据库；

EMBL是欧洲建里的核酸数据库；

这三个数据库是连通的，数据共享。

DDBJ是日本国家生命科学研究所(National Institute of Genetics)维护的一个重要的生物信息学数据库，其主要特点如下：

1 多样的数据类型：DDBJ收集并管理了多种类型的生物信息数据，包括DNA序列、RNA序列以及蛋白质序列等。

2 数据来源广泛：DDBJ不仅接受来自日本国内的数据提交，还与美国的GenBank和欧洲的EMBL共同组成了国际核酸序列数据库联盟(International Nucleotide Sequence Database Collaboration)，因此它也收纳了世界各地的生物信息数据。

3 数据质量高：DDBJ严格遵循国际标准，经过严格的审核以确保数据的质量和可靠性。

4 免费开放：DDBJ对所有用户免费开放，任何人都可以通过在线浏览器或者FTP等途径获取其数据。这使得许多科学家和研究机构都喜欢使用该数据库。

5 提供多功能工具：DDBJ提供了一些在线工具，如BLAST、FASTA、ClustalW等，可用于序列比对、注释和分析等。这为生命科学研究提供了便利

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