高通量测序数据公共数据库有哪些(高通量测序常规)

GenBank数据库结构

完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。

GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核苷酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。

GenBank序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。

序列条目的关键字包括LOCUS(代码)，DEFINITION(说明)，ACCESSION(编号)，NID符(核酸标识)，KEYWORDS(关键词)，SOURCE(数据来源)，REFERENCE(文献)，FEATURES(特性表)，BASECOUNT(碱基组成)及ORIGIN(碱基排列顺序)。先版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV(序列版本号)，用“编号版本号”表示，并取代关键词NID。

LOCUS(代码)：是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图41中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。

ACCESSION(编号)：具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时，应该以此编号为准。

KEYWORDS(关键词)字段：由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中环氧化酶-2(-2)，前列腺素合成酶(synthase)。

SOURCE(数据来源)字段：说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血(umbilicalvein)。次关键字ORGANISM(种属)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等(详见图41)。

REFERENCE(文献)字段：说明该序列中的相关文献，包括AUTHORS(作者)，TITLE(题目)及JOURNAL(杂志名)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。

FEATURES(特性表)：具有特定的格式，用来详细描述序列特性。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库，如本例中的分类数据库（taxon9606），以及蛋白质序列数据库（PID：g181254）。序列中各部分的位置都在表中标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3’非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸重复区域(3367-3374)，等等。翻译所得信号肽以及最终蛋白质产物也都有所说明。当然，这个例子只是特性表的部分注释信息，但已经足以说明其详细程度。

接下来是碱基含量字段，给出序列中的碱组成，如本例中1010个A，712个C，633个G，1032个T。ORIGIN行是序列的引导行，接下来便是碱基序列，以双斜杠行“//”结束。

·EMBL数据库结构

EMBL数据库的基本单位也是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成，每个字段由标识字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次标识字或特性表说明符开始，最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。

条目的关键字包括ID（序列名称），DE（序列简单说明），AC（序列编号），SV（序列版本号），KW（与序列相关的关键词），OS（序列来源的物种名），OC（序列来源的物种学名和分类学位置），RN（相关文献编号或递交序列的注册信息），RA（相关文献作者或递交序列的作者），RT（相关文献题目），RL（相关文献杂志名或递交序列的作者单位），RX（相关文献Mediline引文代码），RC（相关文献注释），RP（相关文献其他注释），CC（关于序列的注释信息），DR（相关数据库交叉引用号），FH（序列特征表起始），FT（序列特征表子项），SQ（碱基种类统计数）。

其它常用核酸序列数据库

·dbEST

dbEST数据库专门收集EST数据，该数据库有自己的格式，包括识别符、代码、序列数据以及dbEST的注释摘要，也按DNA的种类分成了若干子数据库。1998年5月8日版的dbEST共包括16_106条EST。其中有1百万条人的EST，30万条小鼠和大鼠的EST。

·GSDB

GSDB是基因组序列数据库（GenomeSequenceDataBase），由美国新墨西哥州SantaFe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息，以满足基因组测序中心需要。该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式，大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据，并在发送之前对数据进行检查，以确保数据的质量。

GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致，主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。

GSDB数据库可以通过万维网查询，也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法，熟悉数据库结构化查询语言SQL，对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。

·UniGene

人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定，整个基因组估计有30亿个碱基对，其中大约3%可以编码蛋白质，其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源。

UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因，而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行（TITLE）给出基因的名称和简单说明，表达部位行（EXPRESS）指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外，列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。

UniGene中部分条目包括已知基因序列，而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着，这些EST序列所对应的基因尚未搞清，可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中，UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。

UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问

选择数据库服务器的原则：

1、高性能原则：保证所选购的服务器，不仅能够满足运营系统的运行和业务处理的需要，而且能够满足一定时期业务量的增长。一般可以根据经验公式计算出所需的服务器TpmC值(Tpmc是衡量计算机系统的事务处理能力的程序)。

后比较各服务器厂商和TPC组织公布的TpmC值，选择相应的机型。同时，用服务器的市场价/报价除去计算出来的TpmC值得出单位TpmC值的价格，进而选择高性能价格比的服务器。

2、可靠性原则：可靠性原则是所有选择设备和系统中首要考虑的，尤其是在大型的、有大量处理要求的、需要长期运行的系统上。考虑服务器系统的可靠性，不仅要考虑服务器单个节点的可靠性或稳定性，而且要考虑服务器与相关辅助系统之间连接的整体可靠性。

扩展资料：

优点：

1、编程量减少

数据库服务器提供了用于数据 *** 纵的标准接口API（Application Programming Interface，应用程序编程接 口）。

2、数据库安全高

数据库服务器提供监控性能、并发控制等工具。由DBA（Database Administrator，数据库管理员）统一负 责授权访问数据库及网络管理。

3、数据可靠性管理

数据库服务器提供统一的数据库备份/恢复、启动/停止数据库的管理工具。

4、计算机资源利用充分

数据库服务器把数据管理及处理工作从客户机上分离出来，使网络中各计算机资源能灵活分配、各尽其用。

参考资料来源：百度百科-数据库服务器

您好，这样的：

/

实现对Java配置文件Properties的读取、写入与更新 *** 作

/

package test;

import javaioBufferedInputStream;

import javaioFileInputStream;

import javaioFileNotFoundException;

import javaioFileOutputStream;

import javaioIOException;

import javaioInputStream;

import javaioOutputStream;

import javautilProperties;

/

@author

@version

/

public class SetSystemProperty {

//属性文件的路径

static String profilepath="mailproperties";

/

采用静态方法

/

private static Properties props = new Properties();

static {

try {

propsload(new FileInputStream(profilepath));

} catch (FileNotFoundException e) {

eprintStackTrace();

Systemexit(-1);

} catch (IOException e) {

Systemexit(-1);

}

}

/

读取属性文件中相应键的值

@param key

主键

@return String

/

public static String getKeyValue(String key) {

return propsgetProperty(key);

}

/

根据主键key读取主键的值value

@param filePath 属性文件路径

@param key 键名

/

public static String readValue(String filePath, String key) {

Properties props = new Properties();

try {

InputStream in = new BufferedInputStream(new FileInputStream(

filePath));

propsload(in);

String value = propsgetProperty(key);

Systemoutprintln(key +"键的值是："+ value);

return value;

} catch (Exception e) {

eprintStackTrace();

return null;

}

}

/

更新（或插入）一对properties信息(主键及其键值)

如果该主键已经存在，更新该主键的值；

如果该主键不存在，则插件一对键值。

@param keyname 键名

@param keyvalue 键值

/

public static void writeProperties(String keyname,String keyvalue) {

try {

// 调用 Hashtable 的方法 put，使用 getProperty 方法提供并行性。

// 强制要求为属性的键和值使用字符串。返回值是 Hashtable 调用 put 的结果。

OutputStream fos = new FileOutputStream(profilepath);

propssetProperty(keyname, keyvalue);

// 以适合使用 load 方法加载到 Properties 表中的格式，

// 将此 Properties 表中的属性列表（键和元素对）写入输出流

propsstore(fos, "Update '" + keyname + "' value");

} catch (IOException e) {

Systemerrprintln("属性文件更新错误");

}

}

/

更新properties文件的键值对

如果该主键已经存在，更新该主键的值；

如果该主键不存在，则插件一对键值。

@param keyname 键名

@param keyvalue 键值

/

public void updateProperties(String keyname,String keyvalue) {

try {

propsload(new FileInputStream(profilepath));

// 调用 Hashtable 的方法 put，使用 getProperty 方法提供并行性。

// 强制要求为属性的键和值使用字符串。返回值是 Hashtable 调用 put 的结果。

OutputStream fos = new FileOutputStream(profilepath);

propssetProperty(keyname, keyvalue);

// 以适合使用 load 方法加载到 Properties 表中的格式，

// 将此 Properties 表中的属性列表（键和元素对）写入输出流

propsstore(fos, "Update '" + keyname + "' value");

} catch (IOException e) {

Systemerrprintln("属性文件更新错误");

}

}

//测试代码

public static void main(String[] args) {

readValue("mailproperties", "MAIL_SERVER_PASSWORD");

writeProperties("MAIL_SERVER_INCOMING", "327@qqcom");

Systemoutprintln(" *** 作完成");

}

}

首先在configgroovy配置文件中添加如下配置，其含义是指定配置文件，该配置文件可以是项目初始化的applicationproperties，也可以自己创建的配置文件

grailsconfiglocations = [ "classpath:grails-app-configproperties"]

然后在datasourcegroovy文件中初始化类似如下的配置(经过测试，其实也可以不初始化，直接在配置文件中按照规范配置即可，但是还是建议进行初始化，这样方便后期维护)

environments {

production {

dataSource {

dbCreate = ""

driverClassName = ""

url = ""

username = ""

password = ""

}

}

}

然后在配置文件中按照规范书写对应的数据库配置项，进行配置重写即可，如下

dataSourcedbCreate=update

dataSourcedriverClassName=commysqljdbcDriver

dataSourceurl=jdbc:mysql://localhost:3306/myappdb

dataSourceusername=root

dataSourcepassword=secret

配置数据库连接参数如下：

string strCon = "Initial Catalog='数据库名称';

Server='远程IP地址,1433';

User ID='登录用户名';

Password='登录用户密码';

Persist Security Info=True";

数据库是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库，它产生于距今六十多年前，随着信息技术和市场的发展，特别是二十世纪九十年代以后，数据管理不再仅仅是存储和管理数据，而转变成用户所需要的各种数据管理的方式。数据库有很多种类型，从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。

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