如何在uniprot数据库中查找某个蛋白序列

NCBI

NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列PopSet

包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。

Entrez

功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可在同1数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时，则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接，或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic

Local

Alignment

Search

Tool）是用于序列类似性检索的1个重要数据库，是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释，以便更容易地将相干记录与随机的数据库记录像辨别。在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页。

BLAST

主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST20是1种新的BLAST检索工具，它在原有基础上作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped

BLAST

和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped

BLAST

允许在对准的序列中引入空位（碱基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味着在比较两个相干序列时不会出现中断（Break）现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific

Iterated

BALST，即特殊位置重复BLAST，它提供了自动、易用的概貌（Profile）检索，是查找序列同源的有效工具。Dnastar

可以用于解决你踢完的后半个问题

EMBL是欧洲生物信息学研究所

(European

Bioinformatics

Institute,

EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分，一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交，另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等,

1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系，他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息，每天都将新发现或更新过的数据相互交换。

DNA数据库的规模正在以指数方式增长，平均不到9个月就增加一倍。1998年1月，EMBL中收录的序列数已超过一百万，包括15,500个物种，其中模式生物的序列占50%以上，它们包括人类(Homo

sapiens),

线虫(Caenorhabditis

elegans)，啤酒酵母(Saccharomyces

cerevisiae)，小鼠(Mus

musculus)和拟南芥(Arabidopsis

thalania)。

可以利用序列查询系统

SRS(Sequence

Retrieval

System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等，1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序，可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。

如果找不到某个蛋白的nes序列，可以尝试使用一些蛋白序列数据库，例如UniProt数据库或NCBI蛋白数据库，来寻找对应的nes序列，或者使用一些在线分析工具，如iTasser或PSI-BLAST，来搜索对应蛋白的nes序列。

以上就是关于如何在uniprot数据库中查找某个蛋白序列全部的内容，包括:如何在uniprot数据库中查找某个蛋白序列、是哪位科学家首次在世界上建立了蛋白质数据库是哪位科学家首次在世界上建立了DNA序列数据库、找不到某个蛋白的nes序列怎么办等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！