R语言提取TCGA数据库clinical.json中的临床信息

转自“ 医学统计园 ”微信公众号。

读入clinical.json文件

计算文件长度n，在这里n为348

初始化变量

利用一个for循环由json文件中提取信息

将提取的信息做成一个dataFrame

1、分析数据表：通过浏览“入库明细”表，我们可能看到入库明细表中，作为提取记录的条件零件号在A列。

需要提取的记录，入库日期在H列、入库单号在O列、最后生产批号在L列、入库前库存数在Q列。为DC000496ZL的记录有5条（截图中的4条是指上面有4条）。

2、列出提取条件及项目：在sheet1中，将A列放置提取条件（即零件号）。在B、C、D、E列分别写上提取项目名称：入库日期、入库单号、最后生产批号、入库前库存数。

3、写公式：在最后入库日期项目下B2中输入公式：=MAX((入库明细!$A$2:$A$26=$A2)*(入库明细!$H$2:$H$26))，这是一个数组公式，请用三键确认（ctrl+shift+enter)。

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R 对于基于 SQL 语言的关系型数据库有良好的支持，这些数据库既有商业数据库 Oracle、Microsoft SQL Server、IBM DB2 等，也包含在 GNUGeneral Public License (GPL) 下发布的 MySQL 等开源数据库。RMySQL 包中提供了到 MySQL 数据库的接口；RODBC 包提供了更为广泛数据库接口的解决方案 支持所有标准 ODBC 接口的数据库。通过这种方式，相同的 R 代码可以方便地应用于不同类型的数据库。library (RODBC)ch <- odbcConnect("stocksDSN",uid = "myuser",pwd = "mypassword")stocks <- sqlQuery(ch ,"select * from quotes")odbcClose(ch)经测试，Windows 平台上的 Microsoft SQL Server、Access、Oracle、MySQL、PostgreSQL，和

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