国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。
1、UniProt数据库
蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费蛋白质数据库。
2、The Human Protein Atlas数据库
The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息,并提供免费查询。
瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术,检查每一种蛋白质在人类48种正常组织,20种肿瘤组织,47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达,其结果用至少576张免疫组化染色图表示,并经专业人员校对和标引,保证染色结果具有充分的代表性。
3、PhosphoSitePlus数据库
PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库,总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点,包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等,并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。
该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用,同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。
性能及历史
蛋白质数据库(HPDB),建于2005年5月,动态展示生物大分子立体结构,鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离,可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。
分子结构特征描述采用汉语,同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者,我们提倡直接访问RCSB PDB,一来可以减少网络拥挤,二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。
蛋白质数据库(HPDB)对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译(最新加入数据库的分子除外),内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库,因此HPDB支持中文查询。
蛋白质数据库(HPDB)虽然翻译了“分子结构说明”部分,但为了保证数据的可靠性和准确性,HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动,数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件,并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。
有科学引文索引、社会科学引文索引、科技会议录索引、Engineering Village、EBSCO等。
1、科学引文索引
美国《科学引文索引》(Science Citation Index, 简称 SCI )于1957 年由美国科学信息研究所(Institute for Scientific Information, 简称 ISI)在美国费城创办,是由美国科学信息研究所(ISI)1961 年创办出版的引文数据库。
SCI从来源期刊数量划分为SCI和SCI-E。SCI指来源刊为3500多种的SCI印刷版和SCI光盘版(SCI Compact Disc Edition, 简称SCI CDE),SCI-E(SCI Expanded)是SCI的扩展库,收录了5600多种来源期刊,可通过国际联机或因特网进行检索。
SCI涵盖学科超过100个,主要涉及农业、生物及环境科学;工程技术及应用科学;医学与生命科学;物理及化学;行为科学。
2、社会科学引文索引
社会科学引文索引为SCI的姊妹篇,亦由美国科学信息研究所创建,是可以用来对不同国家和地区的社会科学论文的数量进行统计分析的大型检索工具。
1999年SSCI全文收录1809种世界最重要的社会科学期刊,内容覆盖包括人类学、法律、经济、历史、地理、心理学等55个领域。
收录文献类型包括:研究论文,书评,专题讨论,社论,人物自传,书信等。选择收录 (Selectively Covered)期刊为1300多种。
社会科学引文索引(Social Sciences Citation Index,简称SSCI)收录报道并标引了2684种(截止到2009年6月9日)社会科学期刊,同时也收录SCIE所收录的期刊当中涉及社会科学研究的论文。
3、科技会议录索引
《科技会议录索引》(Index to Scientific &Technical Proceedings,简称ISTP)创刊于1978年,由美国科学情报研究所编辑出版。
该索引收录生命科学、物理与化学科学、农业、生物和环境科学、工程技术和应用科学等学科的会议文献,包括一般性会议、座谈会、研究会、讨论会、发表会等。其中工程技术与应用科学类文献约占35%,其他涉及学科基本与SCI相同。
4、Engineering Village
Engineering Village是最权威的工程、应用科学领域文献检索平台。Engineering Village平台上的10多个数据库涵盖了工程、应用科学相关的最为广泛的领域,内容来源包括学术文献、商业出版物、发明专利、会议论文和技术报告等等;
其中的Compendex 就是美国工程索引Engineering Index数据库,是全世界最早的工程文摘来源。 现如今,Compendex 是科学和技术工程研究方面最为全面的文摘数据库,涉足190个工程学科,囊括了从1969年至今的1130多万份文摘记录。
5、EBSCO
EBSCO Publishing (缩写EP)是EBSCO Industries,Inc.的一个业务部,全面负责文献信息相关产品和服务。最早的业务是期刊代订服务。
正是凭借为美国军方机构提供期刊代订服务,Stephens夫妇创立的这家公司得以发展壮大。公司在图情业界俗称EBSCO,也是基于此。
在23个国家设有办公室,服务于全球200个国家和地区的客户。主要服务对象是研究型大学、科学院所、政府部门、大型医疗机构以及公司等。
参考资料来源:百度百科——科学引文索引
参考资料来源:百度百科——社会科学引文索引
参考资料来源:百度百科——ISTP
参考资料来源:百度百科——Engineering Village
参考资料来源:百度百科——EBSCO
三大国际生物资源数据库的重要性和意义NCBI (National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)于1988年11月4日建立,是NIH(美国国立卫生研究院)的NLM(国立医学图书馆)的一个分支。目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。 目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库
为储存和分析分子生物学、生物化学、遗传学知识创建自动化系统;
从事研究基于计算机的信息处理过程的高级方法,用于分析生物学上重要的分子和化合物的结构与功能;
促进生物学研究人员和医护人员应用数据库和软件;
努力协作以获取世界范围内的生物技术信息。
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