三大核酸数据库的特点

三大核酸数据库的特点,第1张

三大核酸数据的特点分别是:

1、Genome收录的物种涉及所有的生物领域:细菌、古细菌、真核生物,以及许多病毒、噬菌体、类病毒、质粒以及含有遗传物质的细胞器。

2、Gene数据库收录全部已测序物种的基因注释信息,包括基因的名称、染色体定位、基因序列和编码产物(mRNA、蛋白质)情况、基因功能和相关文献信息等,并与GenBank、OMIM、遗传多态数据库(如dbSNP、dbVar)等NCBI子库,及KEGG、GeneOntology等外源性数据库进行交叉引用。

3、GenBank是NIH遗传序列数据库,集成了所有公开可获得的已注释DNA序列,其收录的核酸序列数据根据不同的研究属性,分属于Nucleotide、GSS和EST三个子库。

#What is 'dbVar'?

dbVar is the NCBI database of genomic structural variation. For information on how to navigate dbVar see the dbVar Help page.

#How does dbVar differ from the Database of Genomic Variants (DGV)?

DGV has been a useful resource for the human genetics community with respect to collecting and curating structural variation data for human. DGV are now working with DGVa to extend service and we are working with DGVa to exchange data. Additionally, DGV only contains data for healthy control human samples, while dbVar accepts data from all species and includes clinical data.

#What is ‘structural variation’?

Structural variation (SV) is generally defined as any region of DNA involved in inversions and balanced translocations or genomic imbalances (insertions and deletions), commonly referred to as copy number variants (CNVs). For more information see the Overview of Structural Variation page.

#What types of structural variation data does dbVar accept?

dbVar is a structural variation database designed to store data on variant DNA ≥ 1 bp in size. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) data should be submitted to dbSNP.

#什么是'dbVar'?

dbVar是基因组结构变异NCBI数据库。有关如何导航dbVar看到dbVar帮助页的信息。

#如何dbVar不同于基因组变异数据库(DGV)?

DGV就一直为社会人类遗传学有用的资源收集和策划人的结构变化的数据。 DGV正与DGVa延长服务,我们与DGVa合作,交换数据。此外,DGV只包含人类健康对照样本数据,而dbVar接受来自所有物种的数据,包括临床资料。

#什么是'结构变异'?

结构变异(SV)的一般定义为任何的DNA和平衡易位或倒位(插入和删除)基因不平衡有关区域,通常被称为拷贝数变异(CNVs中)。欲了解更多信息,请参阅结构变化网页概述。

#什么样的结构变化的数据类型有dbVar接受吗?

dbVar是一个结构性的变化存储在数据库设计的大小变异的DNA≥1基点数据。单核苷酸多态性(SNP)的数据应提交dbSNP。


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