国际著名的三大蛋白质数据库

国际著名的三大蛋白质数据库,第1张

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

1、UniProt数据库

蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

2、The Human Protein Atlas数据库

The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息,并提供免费查询。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术,检查每一种蛋白质在人类48种正常组织,20种肿瘤组织,47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达,其结果用至少576张免疫组化染色图表示,并经专业人员校对和标引,保证染色结果具有充分的代表性。

3、PhosphoSitePlus数据库

PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库,总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点,包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等,并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。

该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用,同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

性能及历史

蛋白质数据库(HPDB),建于2005年5月,动态展示生物大分子立体结构,鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离,可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。

分子结构特征描述采用汉语,同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者,我们提倡直接访问RCSB PDB,一来可以减少网络拥挤,二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。

蛋白质数据库(HPDB)对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译(最新加入数据库的分子除外),内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库,因此HPDB支持中文查询。

蛋白质数据库(HPDB)虽然翻译了“分子结构说明”部分,但为了保证数据的可靠性和准确性,HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动,数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件,并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。

pir是什么缩写:Polyisocyanurate Foam

全称Polyisocyanurate Foam,中文名为“聚异三聚氰酸酯”,亦称为“聚异氰脲酸酯”,又称为 “聚异三聚氰酸酯泡沫PIR”或者“三聚酯 PIR”。PIR是由异氰酸盐经触媒作用后与聚醚发生反应制成发泡材料,其物理与防火性比一般聚氨酯更为优异。

是一种理想的有机低温隔热材料,具有导热系数小、轻质防震、适应性强。广泛应用于炼油厂、化工厂、乙烯、化肥、冷库及建筑业保温隔热。PIR是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库,其目的是支持基因组/蛋白质组研究。

PIR与其他组织合作,共同构成了PIR-国际蛋白质序列数据库(PSD)——一个主要的已预测的蛋白质数据库,包括250,000个蛋白。

PIR是一种新型的有机高分子绝热材料,是由异氰酸脂(Isocyanate)于聚醚(Ployol)为主原料,再加上触媒、防火剂及环保型发泡剂,经专门配方和严格工艺条件下充分混合、反应、发泡生成的泡沫聚合体。

由于这种泡沫聚合体具有独立的密闭细胞结构和高闭孔率,发泡体细胞细微均匀、隔热性能良好、耐火焰阻燃性能极优,因而在隔热性能、耐水透湿性、接着性、抗压性、阻燃性和冷缩率等方面呈现出优良的品质。

这种高科技有机高分子材料,防火性能优,导热系数小,防水性好,化学性质稳定,抗老化性好,是用于深冷及普冷温度环境下绝热高分子材料的最佳选择。它的适用绝热温度范围为-196°C~+120°C。


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