请利用网上数据库查找一种人源性蛋白的一级结构序列，并与小鼠的该同源蛋白序列进行比较。

人胰岛素的一级结构序列如下;

MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGG

GPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

鼠胰岛素的一级结构序列如下;

MALWMRFLPLLALLFLWESHPTQAFVKQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPMSRREVEDPQVAQLELGG

GPGAGDLQTLALEVAQQKRGIVDQCCTSICSLYQLENYCN

比较如下;

放大以及加下划线的是人与小鼠相同的一级结构序列。不同的一级结构序列是字体比较小的那部分。

从两者的比较中，我们可以知道，人与小鼠的胰岛素一级结构序列基本相同，只有一些个别部分不同。

说明了：一级结构不同，生物学功能各异

一级结构中关键部位相同，其功能相同;关键部位改变，生物活性也改变

首先打开官网，在搜索框前的单选框选择“Gene”然后在后面的搜索框输入“CD47”点击search

在跳出的新页面中就能看到搜索的结果了。这边我们可以看到各个物种的相关基因的链接，这边我们选择点击CD47 molecule [Homo sapiens(human)]；

一直往下拉可以看到其他的信息如：基因信息、在染色体上的位置、表达分布、相互作用以及蛋白和mRNA的序列等。

肽段指多肽或蛋白质经酶消化后得到的较短的肽链。肽指的是由两个至五十个氨基酸脱水缩合形成的较短肽链。根据组成肽的氨基酸的多少，肽还可以分为寡肽和多肽。我们常说的蛋白质则是由多个多肽组合形成的生物大分子。在质谱分析多肽或蛋白质时，一般需要先将多肽或蛋白质消化成较短的肽段后再进入质谱进行分析，因此不管是多肽样品还是蛋白质样品，质谱分析的实际上都是肽段。"

下面是关于数据库索引的相关知识：

简单来说，数据库索引就是数据库的数据结构！进一步说则是该数据结构中存储了一张表中某一列的所有值，也就是说索引是基于数据表中的某一列创建的。总而言之：一个索引是由表中某一列上的数据组成，并且这些数据存储在某个数据结构中。

2索引的作用。举个例子，假设有一张数据表Emplyee，该表有三列：

表中有几万条记录。现在要执行下面这条查询语句，查找出所有名字叫“Jesus”的员工的详细信息

3如果没有数据库索引功能，数据库系统会逐行的遍历整张表，对于每一行都要检查其Employee_Name字段是否等于“Jesus”。因为我们要查找所有名字为“Jesus”的员工，所以当我们发现了一条名字是“Jesus”的记录后，并不能停止继续查找，因为可能有其他员工也叫“Jesus”。这就意味着，对于表中的几万条记录，数据库每一条都要检查。这就是所谓的“全表扫描”（ full table scan）

4而数据库索引功能索引的最大作用就是加快查询速度，它能从根本上减少需要扫表的记录/行的数量。

5如何创建数据库索引。可以基于Employee表的两列创建索引即可：

：

索引是对数据库表中一列或多列的值进行排序的一种结构，使用索引可快速访问数据库表中的特定信息。如果想按特定职员的姓来查找他或她，则与在表中搜索所有的行相比，索引有助于更快地获取信息。

2索引的一个主要目的就是加快检索表中数据的方法，亦即能协助信息搜索者尽快的找到符合限制条件的记录ID的辅助数据结构。

3索引是对数据库表中一个或多个列（例如，employee 表的姓名 (name) 列）的值进行排序的结构。

4例如这样一个查询：select from table1 where id=10000。如果没有索引，必须遍历整个表，直到ID等于10000的这一行被找到为止；有了索引之后(必须是在ID这一列上建立的索引)，即可在索引中查找。由于索引是经过某种算法优化过的，因而查找次数要少的多。可见，索引是用来定位的。

5从数据搜索实现的角度来看，索引也是另外一类文件/记录，它包含着可以指示出相关数据记录的各种记录。其中，每一索引都有一个相对应的搜索码，字符段的任意一个子集都能够形成一个搜索码。这样，索引就相当于所有数据目录项的一个集合，它能为既定的搜索码值的所有数据目录项提供定位所需的各种有效支持

参考资料：

sisichen �

关注

国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA 原创

2022-04-25 14:44:31

sisichen �

码龄4年

关注

文章目录

前言

一、什么是NGDC？

二、NGDC的发展历程

三、什么是GSA？

四、为什么选择上传数据到GSA？

五、如何上传测序原始数据至GSA？（重点！！附详细步骤！！）

1 准备要上传的数据

2 计算MD5码

3进入NGDC主页，登入账户

4 填写数据信息

第一步：建立Bioproject。

第二步：建立BioSample。

第三步：创建GSA。

进入GSA数据库

新建GSA

填写信息

下载表格文件

5 数据上传：

(1) 通过FTP软件 上传（上传需要流量！！如果小数据可以用）

(2) 通过服务器上传（推荐！！）:如果实验室有服务器的话，推荐服务器上传，步骤如下：（服务器上要先安装ftp ）

（3）邮寄硬盘

6等待审核

总结

前言

在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国国立生物技术信息中心（NCBI）、欧洲生物信息学研究所（EBI）、日本核酸数据库(DDBJ)，现在中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心 (CNCB-NGDC)—中国的 “NCBI” 已经建立并日渐完善。组学原始数据归档库（GSA）是组学原始数据汇交、存储、管理与共享系统，是国内首个被国际期刊认可的组学数据发布平台。GSA已获得多个国际期刊认可，并已被国际著名出版商Elsevier收录为指定的基因数据归档库，其权威性得到国内外100余家学术杂志的认可。GSA已通过FAIRsharing认证，获得Wiley出版集团认可，因此我们不用担心上传数据到GSA不被期刊认可，也不用再舍近求远上传数据到NCBI，作为中国人，我们一定要支持我们NGDC中的数据库。本文介绍了如何上传测序原始数据到GSA，附详细 *** 作步骤。

一、什么是NGDC？

国家基因组科学数据中心（>

举实例：

原来，我写的程序，只连接1个数据库，数据库名字:humanDatabase，配置文件（图11）这样写：

图11

后来，我写得程序需要连接2个数据库，除了上面这个数据库，第2个数据名字：animalDatabase，配置文件（图12）这样写：

图12

以上就是关于请利用网上数据库查找一种人源性蛋白的一级结构序列，并与小鼠的该同源蛋白序列进行比较。全部的内容，包括:请利用网上数据库查找一种人源性蛋白的一级结构序列，并与小鼠的该同源蛋白序列进行比较。、如何使用数据库找相似肽段、数据库索引是什么，有什么用，怎么用等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！