PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件,每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号,即PDBID, 文件的扩展名为pdb。
PDB文件可以由各种3D结构显示软件打开,比如pymol,Swiss-PDB viewer,VMD等。PDB文件里面的信息是有严格的格式的。各行数据,如标识,原子名,原子序号,残基名称,残基序号等,不仅要按照严格的顺序书写,而且各项所占的空符串长度,及其所处的各行的位置都是严格规定。
信息(名词解释)
2020-05-02 5页 用App查看
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11、比较
比较也称对比,是通过观察、分析,找出研究对象的相同点和不同点,它是认识事物的一种逻辑思维方法。通过比较揭示对象之间的异同是人类认识客观事物最原始、最基本的方法。
根据不同的标准和角度,比较可以分为不同的类型,如时间上的比较和空间上的比较。时间上的比较是一种纵向比较,即将同一事物在不同时期的某些指标(如产品的质量、性能、成本、价格等)进行对比,以动态的认识和把握该事物的发展变化的历史、现状和走势。空间上的比较是一种横向的比较,即将某一时期不同国家、不同地区、不同部门的同一类事物进行对比,找出差距,判明优劣。可分为横向比较和纵向比较。横向比较是指同类事物的相同属性在某时刻呈现的异同;
使用比较法时应注意不同的比较对象之间要有可比性、根据比较目的的合理设计和选择比较指标、多使用数据和图表等。
12、分析
(分析与综合是揭示个别与一般、现象与本质的内在联系的逻辑思维方法,是科学抽象的主要手段,它主要解决部分与整体的问题。)
分析: 就是把客观事物整体分解为部分或要素,并根据事物之间或事物内部各要素之间的特定关系,通过推理、判断、达到认识事物目的的一种逻辑思维方法。一般有因果分析、表象和本质分析、相关分析等等。
分析的步骤: 明确分析的目的;将事物分解为若干个相对独立的要素;分别考察分析对象以及各个要素的特点;探明各个要素以及构成事物整体的各个要素之间的相互关系,并进而研究这些关系的性质、表现形式、在事物发展变化中的地位和作用。
13、德尔菲法
德尔菲法在我国亦称专家调查法(专家评估法)。是以专家作为索取信息的对象,依靠专家的知识和经验,由专家通过调查研究,对问题作出判断、评估、预测的一种方法。
具有:匿名性、反馈性、统计性等三个主要特点。
其步骤有:a、调查前的准备工作;b、第一轮调查、c、第二轮调查;d、第三轮调查;e、第四轮调查;
德尔菲法的优势与不足:
优势:a、迅速达成共识;b、参加人员不受地域限制;c、覆盖众多领域的专家;d、避免团队迷失;f、对于预测特定、单一维度的问题效果明显;
劣势:a、在初始问卷中问题的交叉影响被忽略;b、范式迁移的效果不明显;c、该方法的成效还取决于参与人员的质量水准;d、持有先人之见或卷入德尔菲团队自己的观点;e、不同意见被忽略或得不到重视;f、低估德尔菲法的应用条件和要求;
14、交叉影响分析法
交叉影响分析法又称交叉概论法或交叉影响矩阵法,正是用概论的形式说明一事件发生对与这个事件相关的其他事件发生可能性的影响以及影响程度;交叉影响分析法是德尔菲法的一种修正和补充。
15、布拉德福定律
布拉德福定律是由英国著名文献学家BCBradford于二十世纪30年代率先提出的描述文献分散规律的经验定律。其文字表述为:如果将科技期刊按其刊载某学科专业论文的数量多少,以递减顺序排列,那么可以把期刊分为专门面对这个学科的核心区、相关区和非相关区。各个区的文章数量相等,此时核心区、相关区,非相关区期刊数量成1:n:n2(n的平方)的关系。
布拉德福定律是文献计量学的重要定律之一,它和洛特卡定律、Zipf定律一起被并称为文献计量学的三大定律。
编辑本段国外研究现状
关于布拉德福定律在网络环境中的适用性,国外学者在1997 年Almind 提出网络计量学这一概念后就进行了相关的研究。Bar-Ilan 通过将学位论文及其发布新闻与期刊及其论文的分布进行比较分析,然后根据布氏定律确定了以“疯牛病”为主题的核心新闻组,发现布氏定律同样适合于网页环境,但此研究是针对某一主题且数据具有一定局限性,不具备广泛适用性。Cui 通过对美国排名前25 位的医学院网页进行链接分析,他发现了网址链接的集中离散分布现象且网址数之间的比值为78:452:1201,接近1:4:42,这一结果表明医学院网页链接符合布拉德福定律,由于数据选取的局限性,对于这一定律是否适用于所有的网络环境则有待进一步验证。Tsay MY,yang YH 对MEDLINE 数据库中关于RCT的文献作了文献计量分析,发现通过区域分析可知第四区的期刊数明显大于预测值,但是四个区的期刊数之比较接近于l:25:252(625):253(156),符合传统的布氏定律,但又有明显的不同,文中对布氏定律的验证方法具有单一性,不能从多方面证明这种适用性。Behrens H 和Luksch P 对无机晶体结构数据库中晶体学主题的文献进行分析,利用莱姆库勒函数对样本数据进行拟合分析,验证得知晶体学主题的文献符合布氏定律的分布,这一研究主要针对数据库数据且只对数据进行了单一方法的分析,并不能代表所有网络信息的分布 。Cristina Faba-Perez 通过对网络空间被链情况的图像分析发现,所得图像并不符合典型的布氏定律分布且通过区域分析可知各个分区的比例数也都不满足1:n:n2 的关系。
16、层次分析法
层次分析法,是将一个复杂的多目标决策问题作为一个系统,将目标分解为多个目标或准则,进而分解为多指标(或准则、约束)的若干层次,通过定性指标模糊量化方法算出层次单排列(权数)和总排序,以作为目标(多指标)、多方案优化决策的系统方法,称为层次分析法。(ahp)是对方案的多指标系统进行分析的一种层次化、结构化决策方法,它将决策者对复杂系统的决策思维过程模糊化、数量化。
17、数据挖掘
A、技术上定义:数据挖掘就是从大量的、不完全的、有噪声的、模糊的、随机的实际应用数据中,提取隐含在其中的、人们事先不知道的、但又是潜在有用的信息和知识的过程。
B、商业角度:数据挖掘是一种新的商业信息处理技术,其主要特点是对商业数据库中的大量业务数据进行抽取、转换、分析和其他模型化处理,从中提取辅助商业决策的关键性数据。简而言之,数据挖掘其实是一类深层次的数据分析方法。
18、信息源
信息源是人们在科研活动、生产经营活动和其他一切活动中所产生的成果和各种原始记录,以及对这些成果和原始记录加工整理得到的成品都是借以获得信息的源泉。信息源内涵丰富,它不仅包括各种信息载体,也包括各种信息机构;不仅包括传统印刷型文献资料,也包括现代电子图书报刊;不仅包括各种信息储存和信息传递机构,也包括各种信息生产机构。
信息源的类型
(1)按信息源产生的时间顺序来划分
先导信息源、即时信息源、滞后信息源。
先导信息源是指产生于社会活动之前的信息源。如天气预报。 即时信息源是指在社会活动中产生的,如工作纪录,实验报告等。 滞后信息源如报刊。
(2)按信息源传播形式来划分
口传信息源、文献信息源和实物信息源。口传信息源存在于人脑的记忆中,人们通过交流、讨论、报告会的方式交流传播 实物信息源存在于自然界和人工制品中,人们可通过实践、实验、采集、参观等方式交流传播 文献信息源存在于文献中,人们可以通过阅读、视听学习等方式交流传播。(包括印刷型信息源和电子信息源等)
(3)按信息的加工和集约程度分
一次信息源:直接来自作者的原创的,没有经过任何加工处理的信息 二次信息源:感知信息源 从一次信息源中加工处理提取的信息 三次信息源:再生信息源或工具书(百科全书,辞典,手册,年鉴) 四次信息源:图书馆、档案馆、数据库、博物馆。 联合国教科文组织1976年出版的《文献术语》一书将信息源定义为:个人为满足其信息需要而获得信息的来源,称信息源。一切产生、生产、存贮、加工、 传播信息的源泉都可以看作是信息源。
信息源是人们在科研活动、生产经营活动和其他一切活动中所产生的成果和各种原始记录,以及对这些成果和原始记录加工整理得到的成品都是借以获得信息的源泉。信息源内涵丰富,它不仅包括各种信息载体,也包括各种信息机构;不仅包括传统印刷型文献资料,也包括现代电子图书报刊;不仅包括各种信息储存和信息传递机构,也包括各种信息生产机构。
19、引文分析法
引文分析法,就是利用各种数学及统计学的方法进行比较、归纳、抽象、概括等的逻辑方法,对科学期刊、论文、著者等分析对象的引用和被引用现象进行分析,以揭示其数量特征和内在规律的一种信息计量研究方法。
引文分析方法的数学基础是概率论与数理统计。在进行分析比较时,已将其作用排除在测度结果之外了。
从不同的角度和标准来划分,引文分析方法有着不同的类型。如果从获取引文数据的方式来看,有直接法和间接法之分。前者是直接从来源期刊中统计原始论文所附的被引文献,从而取得数据并进行引文分析的方法;后者则是通过“科学引文索引”(SCI)、“期刊引用报告”(JCR)等引文分析工具,查得引文数据再进行分析的一种方法。若从文献引证的相关程度来看,则有自引分析、双引分析、三引分析等类型。如果从分析的出发点和内容来看,引文分析大致有三种基本类型:
1引文数量分析:主要用于评价期刊和论文;研究文献情报流的规律等。
2引文网状分析:主要用于揭示科学结构、学科相关程度和进行文献检索等。
3引文链状分析:科技论文间存在着一种“引文链”,如文献A被文献B引,B被文献C引,C又被文献D引,等等。对这种引文的链状结构进行研究可以揭示科学的发展过程并展望未来的前景。
20、时间序列预测法
时间序列预测法是一种历史资料延伸预测,也称历史引伸预测法。是以时间数列所能反映的社会经济现象的发展过程和规律性,进行引伸外推,预测其发展趋势的方法。
时间序列,也叫时间数列、历史复数或动态数列。它是将某种统计指标的数值,按时间先后顺序排到所形成的数列。时间序列预测法就是通过编制和分析时间序列,根据时间序列 简单序时平均数法 举例
所反映出来的发展过程、方向和趋势,进行类推或延伸,借以预测下一段时间或以后若干年内可能达到的水平。其内容包括:收集与整理某种社会现象的历史资料;对这些资料进行检查鉴别,排成数列;分析时间数列,从中寻找该社会现象随时间变化而变化的规律,得出一定的模式;以此模式去预测该社会现象将来的情况。
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在材料科学中的应用
晶体学是材料科学家常常使用的研究工具。若所要研究物质为单晶体,则其原子排布结构直接决定了晶体的外形。另外,结晶材料的许多物理性质都极大地受到晶体内部缺陷(如杂质原子、位错等等)的影响,而研究这些缺陷又必须以研究晶体结构作为基础。在多数情况下,研究的材料都是多晶体,因此粉末衍射在确定材料的微观结构中起着极其重要的作用。
除晶体结构因素外,晶体学还能确定其他一些影响材料物理性质的因素。譬如:粘土中含有大量细小的鳞片状矿物颗粒。这些颗粒容易在自身平面方向作相对滑动,但在垂直自身平面的方向则极难发生相对运动。这些机制可以利用晶体学中的织构测量进行研究。
物相分析
晶体学在材料科学中的另一个应用是物相分析。材料中不同化学成分或同一种化学成分常常以不同物相的形式出现,每一相的原子结构和物理性质都不相同,因此要确定或涉及材料的性质,相分析工作十分重要。譬如,纯铁在加热到912℃时,晶体结构会发生从体心立方(body-centered cubic,简称bcc)到面心立方(face-centered cubic,简称fcc)的相转变,称为奥氏体转变。由于面心立方结构是一种密堆垛结构,而体心立方则较松散,这解释了铁在加热过912℃后体积减小的现象。典型的相分析也是通过分析材料的X射线衍射结果来进行的。
晶体学理论涉及各种空间点阵对称关系的枚举,因此常需借助数学中的群论进行研究。参见对称群。
在生物学中的应用
X射线晶体学是确定生物大分子,尤其是蛋白质和核酸(如DNA、RNA)构象的主要方法。DNA分子的双螺旋结构就是通过晶体学实验数据发现的。1958年,科学家(Kendrew, JC et al)首次通过研究生物大分子的晶体结构,利用X射线分析方法得到了肌红蛋白分子的空间模型(Nature 181, 662–666)。 如今,研究人员已建立起了蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB),将已测明的蛋白质和其他生物大分子的结构供人们免费查询。利用蛋白质三维结构分析软件RasMol,还可对数据进行可视化。
电子晶体学应用在某些蛋白质,如膜蛋白(membrane protein)和病毒壳体蛋白(viral capsid)结构的研究中。
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