序列比对的基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性从生物学的初衷来看,这一问题包含了以下几个意义:从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列在各种试验条件下从探测数据(probe data)中决定物理和基因图存贮,遍历和比较数据库中的DNA序列比较两个或多个序列的相似性在数据库中搜索相关序列和子序列寻找核苷酸(nucleotides)的连续产生模式找出蛋白质和DNA序列中的信息成分序列比对考虑了DNA序列的生物学特性,如序列局部发生的插入,删除(前两种简称为indel)和替代,序列的目标函数获得序列之间突变集最小距离加权和或最大相似性和,对齐的方法包括全局对齐,局部对齐,代沟惩罚等两个序列比对常采用动态规划算法,这种算法在序列长度较小时适用,然而对于海量基因序列(如人的DNA序列高达109bp),这一方法就不太适用,甚至采用算法复杂性为线性的也难以奏效因此,启发式方法的引入势在必然,著名的BALST和FASTA算法及相应的改进方法均是从此前提出发的
现在的医学研究,各个领域都能与基因关联。而要研究基因功能,首当其冲的就是要全方位了解基因信息,如基因与表型间的联系、基因互作蛋白分子、信号通路、临床意义等。而GeneCards数据库作为检索人类基因信息的最优解,整合了众多文献信息,覆盖了多个数据库对于基因的分析数据,囊括了基因相关的任何信息。 学会使用GeneCards,就掌握打开基因功能研究大门的第一把钥匙,可谓一理通,百理融。
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酵母基因组数据库SGD(Cherry et al,1998),是以方式工作的一种在线资源,包括了啤酒酵母的分子生物学及遗传学信息。通过因特网可以访问该数据库的全部基因组,包括基因及其产物,一些突变的表形还有各种数据的相关文字信息。酵母基因组的重要性在于,1998年它成为第一个完整测序的真核生物基因组。SGD通过若干功能的集成,为研究人员提供同源性查询,使用网络上的基因序列分析资源,注册酵母基因名称,查看基因组的各类图谱及三维结构信息,设计能够有效克隆酵母基因的引物序列等等。数据库通过一系列友好,生动的图形界面为用户展示各种物理、遗传、和序列特性图谱。
常见的奶牛疾病基因数据库包括:
1奶牛癌症基因数据库(NCGDB):这是一个正在不断更新的全球性癌症数据库,它涵盖了从发病机制到疾病管理的所有内容。它包括了癌症患者的基因组学信息,可以帮助医生和研究人员了解癌症患者的细胞表型,提高癌症治疗的效率。
2奶牛疾病蛋白质数据库(BPDB):这是一个专门用于研究奶牛疾病的蛋白质数据库。它收集了关于奶牛疾病的蛋白质组学信息,包括了结构、功能、表达水平等信息。它可以帮助研究人员了解奶牛疾病的病理机制,从而更好地治疗和预防。
3奶牛疾病基因组数据库(BPGDB):这是一个专门用于研究奶牛疾病的基因组数据库。它收集了关于奶牛疾病的基因组学信息,包括了基因结构、功能和表达水平等信息。它可以帮助研究人员了解奶牛疾病的机制,从而更好地治疗和预防。
4奶牛疾病RNA组学数据库(BPRDB):这是一个专门用于研究奶牛疾病的RNA组学数据库。它收集了关于奶牛疾病的RNA组学信息,包括了基因表达水平、转录调控机制等信息。它可以帮助研究人员了解奶牛疾病的病理机制,从而更好地治疗和预防。
总之,主要奶牛疾病基因数据库包括:NCGDB、BPDB、BPGDB和BPRDB。它们提供了丰富的基因组学信息,可以帮助研究人员了解奶牛疾病的机制,从而更好地治疗和预防。
截至2020年,已有5400万份档案,也就是5400万人。
根据2020年公布的信息说明,中国基因数据库已有5400万份基因数据档案,覆盖人数广泛。
DNA资料库是DNA谱的数据库。DNA资料库可用于遗传疾病的分析,用于犯罪学的遗传指纹分析或遗传系谱学。分为法医DNA资料库、遗传系谱资料库以及医学DNA资料库。
欧洲生物信息学研究所(European
Bioinformatics
Institute,
EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分,一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交,另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等,
1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系,他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息,每天都将新发现或更新过的数据相互交换。
DNA数据库的规模正在以指数方式增长,平均不到9个月就增加一倍。1998年1月,EMBL中收录的序列数已超过一百万,包括15,500个物种,其中模式生物的序列占50%以上,它们包括人类(Homo
sapiens),
线虫(Caenorhabditis
elegans),啤酒酵母(Saccharomyces
cerevisiae),小鼠(Mus
musculus)和拟南芥(Arabidopsis
thalania)。
可以利用序列查询系统
SRS(Sequence
Retrieval
System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等,1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序,可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。
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