DDBJ:DNA Data Base of Japan 是日本人建立的核酸数据库;
NCBI中的Genbank是美国建立的核酸数据库;
EMBL是欧洲建里的核酸数据库;
这三个数据库是连通的,数据共享。
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国家基因组科学数据中心(NGDC)---组学原始数据如何上传GSA 原创
2022-04-25 14:44:31
sisichen �
码龄4年
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文章目录
前言
一、什么是NGDC?
二、NGDC的发展历程
三、什么是GSA?
四、为什么选择上传数据到GSA?
五、如何上传测序原始数据至GSA?(重点!!附详细步骤!!)
1 准备要上传的数据
2 计算MD5码
3进入NGDC主页,登入账户
4 填写数据信息
第一步:建立Bioproject。
第二步:建立BioSample。
第三步:创建GSA。
进入GSA数据库
新建GSA
填写信息
下载表格文件
5 数据上传:
(1) 通过FTP软件 上传(上传需要流量!!如果小数据可以用)
(2) 通过服务器上传(推荐!!):如果实验室有服务器的话,推荐服务器上传,步骤如下:(服务器上要先安装ftp )
(3)邮寄硬盘
6等待审核
总结
前言
在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库,并在文中提供accession number,实现数据的公开共享,这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国国立生物技术信息中心(NCBI)、欧洲生物信息学研究所(EBI)、日本核酸数据库(DDBJ),现在中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心 (CNCB-NGDC)—中国的 “NCBI” 已经建立并日渐完善。组学原始数据归档库(GSA)是组学原始数据汇交、存储、管理与共享系统,是国内首个被国际期刊认可的组学数据发布平台。GSA已获得多个国际期刊认可,并已被国际著名出版商Elsevier收录为指定的基因数据归档库,其权威性得到国内外100余家学术杂志的认可。GSA已通过FAIRsharing认证,获得Wiley出版集团认可,因此我们不用担心上传数据到GSA不被期刊认可,也不用再舍近求远上传数据到NCBI,作为中国人,我们一定要支持我们NGDC中的数据库。本文介绍了如何上传测序原始数据到GSA,附详细 *** 作步骤。
一、什么是NGDC?
国家基因组科学数据中心(>
NCBI是美国国家生物技术信息中心。
美国国家生物技术信息中心(英文全称:National Center of Biotechnology Information),简称:NCBI,位于马里兰州的贝塞斯达,建立于1988年, 是美国国家医学图书馆(NLM)的一部分。
NCBI有一个多学科的研究小组,包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生物化学家、实验物理学家和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。
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