GEO数据库是一个储存芯片、二代测序以及其他高通量测序数据的一个数据库。利用这个数据库,我们可以检索到其他一些人上传的一些实验测序数据。
由于GEO数据库和我们之前介绍的gene数据库a以及我们常用来搜索文献的pubmed都是一个机构的。使用这个数据库,我们需要做的就是就是就是提供检索式。检索式可以是简单的几个关键词,也可以是制定特殊的检索式。我们一般可以用到的进一步筛选的过程就是:在样本类型当中寻找自己想要的物种。由于GEO包括了很多不同组学的数据,如果我们有特定的检索目的的话,我们可以在aStudyaType当中来选择合适的数据类型。默认的检索结果的排序是基于检索相关性来排序的。而我们再找目标数据的时候。有时候需要看样本量,一般来说样本量越大其实也就越好的。所以我们可以改变一下检索结果的排序。
geo数据库筛选数据方法是:
1、首先,打开NCBI,选择GEODatasets,输入GDS5656,点击Search。
2、点击样品分类号,我们可以看到该研究的详情,包括文章研究内容、实验方案设计、样本详情等。
3、点击AnalyzewithGEO2R,利用在线工具进行数据分析。将4个样本分成了两组,分组完毕后,点击saveallresults,获取两组之间的差异表达基因。
4、得到如下所示的文本内容,将其粘贴到记事本(例如,保存为resulttxt),然后导入到excel中(数据→自文本,选择resulttxt文件导入),准备进行筛选。
5、下一步,我们需要对差异表达基因的数据进行进一步的筛选。
6、最后我们可以在EXCEL左下角的状态栏看到,一共筛选出来738个条目。
免费且只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。
GEO数据库是一个储存芯片、二代测序以及其他高通量测序数据的一个数据库。利用这个数据库,我们可以检索到其他一些人上传的一些实验测序数据。
不涉及任何检测原理的角度来说的话,所谓的高通量检测,其实就是一次性检测很多指标变化的技术。例如我们说的表达谱数据,就是来检测基因表达水平。比如我们要对一个人来进行高通量检测的话,就能知道这个人上万个基因的表达水平了。
由于GEO数据库和我们之前介绍的gene数据库 [数据库推荐]gene:基因相关信息查询 以及我们常用来搜索文献的pubmed都是一个机构的。使用这个数据库,我们需要做的就是就是就是提供检索式。检索式可以是简单的几个关键词,也可以是制定特殊的检索式。
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