如何从NCBI导出GBFF和FASTA格式序列

进入NCBI主页，选择Nucleotide数据库

在Nucleotide数据库的检索框中输入甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因的基因名（GAPDH）或者基因的GenBank号：X026621。点击搜索。在右边Top Organisms中选择物种来源，点More可以显示更多隐藏选项

选择所需要的物种信息

GenBank会根据设定的检索条件得出相应结果，选择所需要的序列

点击相应序列打开详序列的细信息，默认为GBFF(GenBank Flat File)格式文件。主要包括以下三部分组成：第一部分：描述符，其中包含了关于整个记录的信息；第二部分：特征表，包含了注释这一记录的特性；第三部分：核酸序列本身；在最后一行以“// ”结尾

在这里也可以选择FASTA格式。

FASTA格式又称Pearson 格式

特点：最常用、最简单的序列注释格式

命名规则：

1、以大于号“>"起始

2、 标题行(a single-line description) 位于文件的第一行

3、 序列行随后，序列行中不允许有空间，每行文字不超 过80个字符

4、组成序列信息字符串的符号应为IUB/IUPAC（International Union Of Pure And Applied Chemistry）核苷酸或氨基酸的符号

5、核苷酸字符大小写均可，氨基酸字符应大写

6、"-"单个连字符表示一个空位 “gap”

7、序列中不允许有数字、不明确的核苷酸用N表示，氨基酸用X表示

8、 氨基酸序列中“”表示终止

导出序列时点击Send to

在d出的窗口选择文件单选按钮

在下拉框中选择你需要的文件格式

点击创建文件即可开始下载，下载后的文件可以通过任意文本编辑软件打开。由于NCBI上的文件采用的是Unix/Linux文本格式，而Unix系统里，每行结尾只有“<换行>”，即“\n”；但Windows系统里面，每行结尾是“<换行><回车>”，即“\n\r”，在用记事本等软件打开时每行结尾有一个黑方框，这里只需用兼容Unix/Linux文本格式的编辑器打开即可

数据库是从收录范围和整合程度来判断的。

爱思唯尔期刊全文数据库和NCBI这两个数据库收录的学科范围不同，关键看你想要检索的目的。

爱思唯尔期刊全文数据库收录的是爱思唯尔公司出版的约3000种期刊全文，学科范围为综合性的，包括科技、生物医药及社会科学等。

NCBI 是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的数据库，NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地结合在一起。NCBI还提供了其它数据库，包括在线人类孟德尔遗传（OMIM）、三维蛋白结构的分子模型数据库（MMDB）、人类基因序列集成（UniGene）、人类基因组基因图谱（GMHG）、生物门类（Taxonomy) 等数据库。

一) 按对信息收录的学科范围划分

1综合性数据库所收录信息覆盖学科范围广，涉及多门学科，检索范围广泛。如Web of

Science、中国知网(CNKI)、万方数据知识服务平台等。

2专业性数据库所收录信息仅展于某一学科领城，专业性强，用于检索特定专业文献。

如PubMed/MEDLINE、CA 和中国生物医学文献数据库Chinese BioMedial Literature Database,

以下简称CBM )等。

3专题性数据库收录信息仅限于某一特定对象或专题，适用于专题检索。如中国药物专利数据库、GenBank( 核酸序列数据库)等。

(二) 按收录信息内容的类型不同划分

1文献型数据库( literature database) 是指以各类型文献为内容的数据库，包括书目数据库( bibliographic database )和全文数据库(full-text database )。

书目数据库是指存储次文献信息的数据库，包括题录数据库、文摘数据库、目录数据库等，是信息检索最常用的数据库。为检索者提供文献出处，检索结果是文献的线索而非原文。

如中国生物医学文献数据库(CBM )、MEDLINE 等。

全文数据库是存储文献全文的数据库，包括图书全文数据库、期刊全文数据库、学位论文全文库等，是信息检索中最受欢迎的数据库。如书生之家数字图书馆、超数字图书馆CNKI、万方数据知识服务平台等都拥有不同类型文献的全文数据库。

2数值型数据库( numerical database ) 是存就有关科研数据、教们,包括各种统计教据、实验数据、临床检验数据等数值型信息的数据库。如美国国医学图书编制的化学物质毒性数据库RTECS,包含了10 万多种化学物质的急慢性毒理实验数据。

3事实型数据库( fact database ) 也称指南数据库( directory database )，主要存储某种具体事实、知识数据的非文献信息源的一般参考性、指示性资料信息，每个条目都是对一个事实确切、完整的描述。如人物数据库、机构名录数据库、产品或商品信息数据库以及指南库、术语数据库等。如美国医生数据咨询库PDQ( Physician Data Query )，为医生提供肿瘤诊断、治疗、预后、临床研究等详细资料，相当于一部有关肿瘤的百科全书。

4图像数据库( image database) 是指以图像、图面、图形等为信息主体数据集合。如美国国立医学图书馆( NLM )的可视人计划数据库( the visible human project)和哈佛大学医学院的全脑图谱数据库(the whole brain atlas )等。

5多媒体数据库( multimedia database) 是存储数值、文字、表格、图形、图像、声音等多种媒体信息的数据库，如NLM 的医学史数据库( history of medcine )。

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外文全文数据库有哪些解说如下

AmericanChemicalSociety(美国化学学会，ACS)成立于1876年，现已成为世界上最大的科技协会。ACS的期刊被ISI的JournalCitationReport(JCR)评为：化学领域中，被引用次数最多的期刊。ACS现有63种期刊（其中有19种期刊已停刊），分为25个主题组，总共大约有300万页信息。内容涵盖以下领域：生化研究方法、药物化学、有机化学、普通化学、环境科学、材料学、植物学、毒物学、食品科学、物理化学、环境工程学、工程化学、应用化学、分子生物化学、分析化学、无机与原子能化学、资料系统计算机科学、学科应用、科学训练、燃料与能源、药理与制药学、微生物应用生物科技、聚合物、农业学。最早可回溯至1879年。ACS电子期刊数据库的主要特色：除具有一般的检索、浏览等功能外，还可在第一时间内查阅到被作者授权发布、尚未正式出版的最新文章(ArticlesASAPsm)；用户也可定制E-mail通知服务，以了解最新的文章收录情况；ACS的ArticleReferences可直接链接到ChemicalAbstractsServices(CAS)的资料记录，也可与PubMed、Medline、GenBank、ProteinDataBank等数据库相链接；具有增强图形功能，含3D彩色分子结构图、动画、图表等；全文具有HTML和PDF格式可供选择。我馆已订购ACS41种期刊、ACS教育和参考内容订购包、ACSNews、EducationandReferencePackage。

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