高通量测序数据公共数据库有哪些(高通量测序常规)

GenBank数据库结构

完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。

GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核苷酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。

GenBank序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。

序列条目的关键字包括LOCUS(代码)，DEFINITION(说明)，ACCESSION(编号)，NID符(核酸标识)，KEYWORDS(关键词)，SOURCE(数据来源)，REFERENCE(文献)，FEATURES(特性表)，BASECOUNT(碱基组成)及ORIGIN(碱基排列顺序)。先版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV(序列版本号)，用“编号版本号”表示，并取代关键词NID。

LOCUS(代码)：是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图41中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。

ACCESSION(编号)：具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时，应该以此编号为准。

KEYWORDS(关键词)字段：由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中环氧化酶-2(-2)，前列腺素合成酶(synthase)。

SOURCE(数据来源)字段：说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血(umbilicalvein)。次关键字ORGANISM(种属)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等(详见图41)。

REFERENCE(文献)字段：说明该序列中的相关文献，包括AUTHORS(作者)，TITLE(题目)及JOURNAL(杂志名)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。

FEATURES(特性表)：具有特定的格式，用来详细描述序列特性。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库，如本例中的分类数据库（taxon9606），以及蛋白质序列数据库（PID：g181254）。序列中各部分的位置都在表中标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3’非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸重复区域(3367-3374)，等等。翻译所得信号肽以及最终蛋白质产物也都有所说明。当然，这个例子只是特性表的部分注释信息，但已经足以说明其详细程度。

接下来是碱基含量字段，给出序列中的碱组成，如本例中1010个A，712个C，633个G，1032个T。ORIGIN行是序列的引导行，接下来便是碱基序列，以双斜杠行“//”结束。

·EMBL数据库结构

EMBL数据库的基本单位也是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成，每个字段由标识字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次标识字或特性表说明符开始，最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。

条目的关键字包括ID（序列名称），DE（序列简单说明），AC（序列编号），SV（序列版本号），KW（与序列相关的关键词），OS（序列来源的物种名），OC（序列来源的物种学名和分类学位置），RN（相关文献编号或递交序列的注册信息），RA（相关文献作者或递交序列的作者），RT（相关文献题目），RL（相关文献杂志名或递交序列的作者单位），RX（相关文献Mediline引文代码），RC（相关文献注释），RP（相关文献其他注释），CC（关于序列的注释信息），DR（相关数据库交叉引用号），FH（序列特征表起始），FT（序列特征表子项），SQ（碱基种类统计数）。

其它常用核酸序列数据库

·dbEST

dbEST数据库专门收集EST数据，该数据库有自己的格式，包括识别符、代码、序列数据以及dbEST的注释摘要，也按DNA的种类分成了若干子数据库。1998年5月8日版的dbEST共包括16_106条EST。其中有1百万条人的EST，30万条小鼠和大鼠的EST。

·GSDB

GSDB是基因组序列数据库（GenomeSequenceDataBase），由美国新墨西哥州SantaFe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息，以满足基因组测序中心需要。该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式，大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据，并在发送之前对数据进行检查，以确保数据的质量。

GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致，主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。

GSDB数据库可以通过万维网查询，也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法，熟悉数据库结构化查询语言SQL，对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。

·UniGene

人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定，整个基因组估计有30亿个碱基对，其中大约3%可以编码蛋白质，其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源。

UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因，而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行（TITLE）给出基因的名称和简单说明，表达部位行（EXPRESS）指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外，列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。

UniGene中部分条目包括已知基因序列，而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着，这些EST序列所对应的基因尚未搞清，可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中，UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。

UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问

前者不是返回实际内容，只是返回一个DataReader，通过它的read方法就可以读取行和数据，后者是你的SQL影响的行数，比如更新、删除（如果是select这种是无效的），这些是adonet的基础知识，建议查看相应的教程。

dr钻戒女生一生只能收一个，因为DR钻戒只能买一次，男士在购买DR钻戒时，需要根据身份z实名制验证信息，只有DR数据库中没有已购买的记录，男士才能正常购买，男士的购买记录会终身保留于DR数据库中，凡是已经购买过一枚DR钻戒的，都是不能购买的。

如果是在DR实体店购买，店内的服务人员会根据身份z信息核实购买记录;如果是在官网上购买，在提交订单之后会有验证身份z的步骤，需要输入身份z号码查询之前没有购买后才可以下单。

扩展资料

注意事项：

1、购买DR钻戒，仅仅是第一次购买还不行，男士还必须要有另一半才能购买，因为下单验证身份z之后，还要填写一份真爱协议，协议上需要填写男士姓名和女士姓名。

2、已购买过DR求婚钻戒的男士凭姓名和身份z号码，即可在官网上查询定情信物和赠送的求婚对象信息。每位男士只能赠送给一个心仪的她，DR为每位追求真爱的恋人提供免费鉴证服务。

dr 这里就是OleDbDataReader的一个实例，用来根据 cmd 读取数据库信息。

drRead()是一个方法，如果dr读到了信息返回True；否则返回False。。。

你这段代码里 if(drRead()){}就是说如果dr根据cmd读到了数据库信息就执行里面的代码，否则跳出。。。

希望可以帮助你，已经说的很直白了。。。^^

看起来,应该是"select ip from test where 设备=" & ComboBox1Text & ""这里出错了

你试试:

"select ip from test where 设备='" & ComboBox1Text & "'"

这样应该不会提示这个错误了,但TextBox1当中可能不会显示任何内容

因为你的ComboBox1Text 的内容应该是空的

DR和BDR是自动选举产生的，没有默认吧，看看下面材料，希望对你有用：

ospf中关于DR和BDR的选举

DR：designated router 指定路由器。

BDR：backup designated router 备份指定路由器。

在一个OSPF的网络中，所有的路由器将被分为两类：指定路由器(DR/BDR)和非指定路由器(DROTHER)。所有的非指定路由器都要和指定路由器建立邻居关系，并且把自己的LAS发送给DR，而其他的OSPF路由器将不会相互之间建立邻居关系。也就是说，OSPF网络中，DR和BDR的LSDB(链路状态数据库)将会包含有整个网络的完整拓扑。|

DR从邻居处转发更新到另外一个邻居那里。DR的主要功能就是在一个LAN内的所有路由器拥有相同的数据库,而且把完整的数据库信息发送给新加入的路由器。路由器之间还会和LAN内的其他路由器(非DR/BDR,即DROTHERs)维持一种部分邻居关系(two-way adjacency)。OSPF的邻接一旦形成以后,会交换LSA来同步LSDB,LSA将进行可靠的洪泛。

当选举DR/BDR的时候要比较hello包中的优先级priority(设置命令route(config-if)#ip ospf cost {priority} 0~255),优先级最高的为DR，次高的为BDR。不作修改默认端口上的优先级都为1，在优先级相同的情况下比较Router ID，RID最高者为DR，次高者为BDR，当你把相应端口优先级设为0时，OSPF路由器将不能再成为DR/BDR，只能为DROTHER。

在使用默认优先级的OSPF的DR选举中，所有的路由器之间会交换自己的ROUTER-ID来确定DR。ROUTER-ID可以手工指定。如果没有手工指定ROUTER-ID的话，那么路由器会先看自己有没有环回接口(Loopback)，如果有环回接口，则使用环回接口上的IP地址作为自己的ROUTER-ID。如果没有环回接口的话，则会去比较自己所有物理接口上的IP地址，并从中选择最大的一个IP地址作为自己的ROUTER-ID来参与DR的选举。

那么，DR和BDR的选举就可以用以下的方式来决定：

1如果有手工指定的ROUTER-ID，则使用该ROUTER-ID参与选举；

2如果没有手工指定的ROUTER-ID，则看自己有没有Loopback接口，有则使用Loopback接口上的IP作为ROUTER-ID参与选举；

3如果没有Loopback接口，则比较所有的物理接口，并使用其中最大的IP作为ROUTER-ID参与选举；

4所有的OSPF路由器交换自己的ROUTER-ID，具有所有ROUTER-ID中最大一个的路由器将作为DR，具有次大ROUTER-ID的路由器则成为BDR。

DR 和BDR 的指导思想：

选举制：DR 是各路由器选出来的，而非人工指定的，虽然管理员可以通过配置priority 干预选举过程。

终身制：DR 一旦当选，除非路由器故障，否则不会更换，即使后来的路由器priority 更高

世袭制：DR 选出的同时也选出BDR 来，DR 故障后，由BDR 接替DR 成为新的DR。

DR 和BDR 的注意事项：

1、只有在广播和NBMA 的链路上才会选举DR，在PTP 和PTMP 的链路上不会选举DR。

2、DR 是针对一个网段内的设备选举的，对于一台路由器来说，可能它在某个接口上是DR

3、在其它接口上是BDR、DROther，或者因为是PTP 的链路而不参加DR 的选举。

4、在广播的网络上必须存在DR 才能够正常工作，但BDR 不是必需的。

5、一个网段中即使只有一台路由器，也要选举DR。

6、由于“终身制”的原因，网段中的DR 不一定是priority 最高的，但通常是“来的早”的路由

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