怎么利用TCGA数据库查某个基因的表达量

怎么利用TCGA数据库查某个基因的表达量,第1张

一个良好的开端就是分析感兴趣基因突变和其它异常,ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称,NCBI登录号,或者Ensembl基因ID,点击基因报告(Gene Report),就能在突变摘要(Mutation Summary)中找到已发现的突变和拷贝数变化,以及迄今为止,这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方,包括了点突变,少量缺失,以及插入突变等方面的数据。

有很多,你要是做生物信息学需要三个方面的资源

1,数据,网上现在的数据库很多,最常用的是NCBI,TCGA,千人基因组等,要是想找特定的数据,有tRNA数据库,PDB,NDB等,每个数据库的侧重点都不相同,但是以NCBI最全面,最准确。

2,算法,也可以说是分析方法,网上也有很多的在线分析软件以及能下载的软件,建议你看看《生物信息学分析与实践》这本书,绿色封皮的,书名大概是这个,我的这本书没找到。里面有各种网上软件的寻找和使用方法。

3,文献,当你了解了生物信息的基础知识之后,就可以看论文了,看论文的时候,尽量看近几年的高质量论文,比如bioinformatics等杂志的论文就很不错,建议看看。

我没有给你附上网站的地址,一是因为资料太多,根本说不完,二是尽量自己寻找,以后就知道怎么做了,如果你不知道怎么找的话,就去小木虫上搜一下生物信息学,会有很多相关的较好的方法和建议。

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