怎么在ECHA上查询NOAEL数据

怎么在ECHA上查询NOAEL数据,第1张

NONCODE DB是一款综合性的数据库,该数据库是一个比较全面的ncRNA相关注释的数据库,尤其是lncRNA信息,不仅支持常用lncRNA的name、NONCODE ID(例如:NONHSAG000001)搜索,部分lncRNA支持其他数据库名字进行搜索。

该数据库目前收入了16个物种,主要是动物方面的,包括人、小鼠、大鼠、奶牛、鸡、果蝇、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、复鼠、鸭嘴兽、猩猩。

数据库包含信息丰富,包括表达、功能、与疾病关系、染色体位置、序列保守性等,并可进行序列Blast搜索,同时支持数据下载。目前最新更新为2017年4月6日更新的版本。

数据库的使用

基于这个数据库我们可以浏览所涉及物种的全部lncRNA信息,搜索感兴趣的lncRNA,功能查看,比对,下载等。

1)已知某lncRNA 的序列信息,想知道该lncRNA基因组上位置信息,功能如何?

只需要将序列信息粘贴到blast模块,(参数默认)

2)对于刚刚搜索的比较感兴趣的lncRNA进行功能的注释如下:

只需将lncRNA 的基因ID 输入到Function模块即可。

3)lncRNA的保守性分析:

在concervation模块中输入基因ID即可得到保守性分析树,

胆汁酸变化与肠道炎症和菌群变化密切相关,综合筛选得到三种潜在关键胆汁酸CA、UDCA和TCDCA用于后续试验探究。 2关键胆汁酸对小鼠肠道炎症的调控作用 21关键胆汁酸对小鼠肠道炎症和屏障功能的影响。C57BL/6J雄性小鼠分为5组:CON+CON、CON+DSS、CA+DSS、UDCA+DSS和TCDCA+DSS。关键胆汁酸中只有CA极显著缓解DSS诱导的小鼠体重降低和结肠长度变短。CA和TCDCA对DSS诱导的血清甘油三酯增高有缓解趋势,UDCA则无明显作用;CA和TCDCA对DSS诱导的血清总胆汁酸水平升高有缓解趋势,UDCA则无显著作用。三种关键胆汁酸均在一定程度上降低了DSS诱导的血清和肠道中促炎因子释放,缓解小鼠肠道绒毛-隐窝结构受损和肠上皮细胞间紧密连接结构破坏及微绒毛排列杂乱,从而缓解小鼠炎症反应,保护肠屏障功能,其中CA显示出较强的保护作用。 22关键胆汁酸对小鼠胆汁酸受体表达的影响。胆汁酸有效缓解DSS诱导的法尼醇X受体(FXR)和G蛋白偶联胆汁酸受体5(TGR5)蛋白和基因表达下调,其中UDCA对TGR5的表达影响更大,CA对FXR的表达影响更大,而TCDCA对两种胆汁酸受体的表达均无显著作用。上述结果提示,关键胆汁酸显著缓解DSS诱导的胆汁酸受体表达下调。 3关键胆汁酸CA调控小鼠肠道炎症的微生物机制 31移植CA组小鼠粪菌对小鼠肠道炎症和屏障功能的影响。C57BL/6J雄性小鼠分为3组:PBS+DSS、Trans-CON+DSS(移植CON组小鼠粪菌)和Trans-CA+DSS(移植CA组小鼠粪菌)。移植粪菌显著缓解DSS诱导的小鼠体重降低、结肠缩短、脾脏指数增加、脂质代谢紊乱和血清总胆汁酸水平升高,其中移植CA组小鼠粪菌效果强于移植CON组小鼠粪菌。移植粪菌显著降低血清和肠道中促炎细胞因子含量,缓解小鼠肠道绒毛-隐窝结构受损和肠上皮细胞间紧密连接结构破坏和微绒毛排列杂乱,从而缓解小鼠炎症反应,保护肠屏障功能,其中移植CA组小鼠粪菌效果强于移植CON组小鼠粪菌。 32移植CA组小鼠粪菌对小鼠胆汁酸受体表达的影响。移植CA组小鼠粪菌显著提高FXR和TGR5的蛋白和基因表达,而移植CON组小鼠粪菌对FXR的蛋白和基因表达有上调趋势,对TGR5的蛋白和基因表达无显著影响。上述结果提示,关键胆汁酸CA依赖肠道菌群缓解小鼠胆汁酸受体表达紊乱。 33移植CA组小鼠粪菌对小鼠肠道菌群稳态的影响。移植CA组小鼠粪菌显著缓解DSS诱导的小鼠肠道微生物群落多样性降低,但对物种丰度降低无显著影响;β多样性结果表明移植CA组小鼠粪菌完全改变了小鼠原有的肠道菌群结构。差异物种判别结果表明移植CON组小鼠粪菌提高致病性尼泊尔葡萄球菌,益生性Faecalibaculumrodentium和毛螺旋菌GAM79的比例,而移植CA组小鼠粪菌显著提高鼠乳杆菌、Faecalibaculumrodentium、假双歧杆菌PV8-2和罗伊氏乳杆菌等益生菌比例,降低有害菌丰度。功能预测分析表明,移植CA组小鼠粪菌显著降低pathwaylevel1中6大功能的Metabolism相对丰度,显著提高GeneticInformationProcessing和EnvironmentalInformationProcessing的相对丰度;数据库分析发现移植CA组小鼠粪菌显著降低DSS诱导的BSH活性过度升高。 4肠道菌群相关胆汁酸调控肠道炎症反应的分子机制 41肠道菌群相关胆汁酸对DSS处理巨噬细胞的调节作用。试验分组如下:CON,DSS,CA+DSS,UDCA+DSS和TCDCA+DSS。三种胆汁酸均显著缓解DSS诱导的促炎细胞因子基因表达上调和释放量增加,其中CA作用效果最为显著;但仅CA显著缓解DSS诱导的FXR和TGR5表达下调。 42肠道菌群相关胆汁酸对DSS处理巨噬细胞调节作用的机制探究。转录组测序结果表明,与CON组相比,DSS组有2987个基因的表达水平显著升高,主要富集到免疫相关通路“Autophagy”和“PPARsignalingpathway”;与DSS组相比,CA+DSS组有992个基因的表达水平显著降低,主要富集到免疫相关通路“NF-kappaBsignalingpathway”和“Non-alcoholicfattyliverdisease”。蛋白结果表明胆汁酸均极显著抑制NF-κB信号通路活化,而对上游IKKs蛋白表达无显著影响,但显著降低MAPKs的磷酸化水平。上述结果提示,胆汁酸通过抑制MAPKs/NF-κB信号通路活化缓解DSS诱导的巨噬细胞炎症反应。 综上所述,本试验在DSS诱导的小鼠肠道炎症模型下筛选得到三种关键胆汁酸CA、UDCA和TCDCA,并证实其有效缓解DSS诱导的小鼠肠道炎症;利用粪菌移植技术证实CA依赖肠道菌群调控小鼠炎症的作用机制;同时体外利用巨噬细胞证实胆汁酸依赖MAPKs/NF-κB信号通路抑制细胞炎症,为揭示肠道炎症性疾病的内在机制和寻求抵御肠道炎症反应的代谢分子或营养素提供了理论基础。

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