运用KEGG数据库查询某个基因注释到哪些通路

运用KEGG数据库查询某个基因注释到哪些通路

最简单，但是未必最有效的办法，但是最快

抽个样本，把你的目标基因打上标记，然后建立一个模型，比如决策树等等

模型质量不错的情况下跑全库，然后找出分类结果为你目标分类的记录

kegg 中的通路怎么运用到基因

这个只是皮毛介绍一下KEGG，具体 *** 作还要自己摸索的，用文字不好描述，我还是会一点的，就是先将基因的序列下载下来，上传到KEGG，KEGG会将基因的信号通路网址信息发到你邮箱里，你就可以看到你的目的基因在那些信号通路里有，我有篇这方面的文章发在蚕业科学上，不过刚接受

最简单，但是未必最有效的办法，但是最快 抽个样本，把你的目标基因打上标记，然后建立一个模型，比如决策树等等 模型质量不错的情况下跑全库，然后找出分类结果为你目标分类的记录

如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路

代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网粻丁纲股蕺噶告拴梗茎络。

利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路：

先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。

然后合理地安排EC号。

最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。

按大小可以分为1公共数据库

2 从公共数据库中取数据做进一步处理的专业数据库，提供更多的分析工具

按功能分可以有

基因库GENEBANK，蛋白库UNIPROT, 结构库PDB, 功能分类 GO库，通路库 KEGG。

不用专注于4这个数字。随着科研的进步还会有更多的数据库出来。

基因组注释分析主要包括哪些内容

基因组注释包括以下方面的内容：

（1） 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。

（2） 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上，找出编码基因位置，预测编码基因结构。或者通过专业的外显子预测，预测编码基因的外显子结构。

（3） 小RNA基因的预测。通过比对已知的小RNA的数据库，或者通过生物信息(bioinformation)学预测，找出这些小RNA基因，并进行分类。

（4） 调控序列和假基因的预测。

基因功能的注释，使用的数据库包括NT/NR, SwissProt/TrEMbl, InterPro, KEGG, COG, Gene ontology等，使用比对的方法，如blast，找出同源相近的基因，并注释功能。

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