怎么序列比对。。

看你要怎么比，和谁比了。

一般ncbi的blast是最常用。登录参考资料里面的网址，根据需要进入需要比对的序列类型，然后把序列放进去就好了。

nucleotide blast: Search a nucleotide database using a nucleotide query

protein blast: Search protein database using a protein query

blastx: Search protein database using a translated nucleotide query

tblastn: Search translated nucleotide database using a protein query

tblastx: Search translated nucleotide database using a translated nucleotide query

假设现在只知道序列而不知道质粒名

使用Alberta大学的在线程序PlasMapper，输入序列之后确保Feature Options里面Selectable Marker选中（其它选项不需要都可以去掉）。点击Graphic Map生成质粒图谱，如果出现标记kan2 marker就是卡那抗性。

另一种方法是去NCBI做BLAST使用nucleotide blast选择nucleotide collection数据库，找到最相近的载体名，然后去baidu/google相应的载体图

ncbi主页 进入 blast 进入 nucleotide blast 将序列粘入窗口中 选择nucleotide cllection（nr/nt）选项 进行比对就可以了 出来的序列相似性最高的就是你的目的序列

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