如何获取目标基因的转录因子（上）

——Biomart下载基因和motif位置信息

科研过程中我们经常会使用Ensembl（>

IARS2-003指isoleucyl-tRNA synthetase 2基因003转录本。

ENST00000490891是IARS2-003的transcript ID，OTTHUMT00000090763是另一个数据库对同一转录本的编号（Havana transcript）。

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生物信息资源简介

生物信息（bioinformatics）中的“信息（-informatics）”指的是从海量的数据中进行挖掘，从而得到知识的过程，如下图所示。在这个过程中，会涉及到数据的管理，数据的运算，数据挖掘和建模仿真。其中，数据管理部分主要是数据库（database），数据的运算部分主要是指各种生物信息的软件（software tools）。这两部分是生物信息研究非常重要的资源，也是生信入门需要了解的基础知识。下面简要介绍一下这些资源。（本文根据北京大学生物信息学公开课程视频整理，来自视频截图）

根据不同的特点，可以把这些资源分成不同的类别。比如根据数据性质可以将database分为原始数据（Original data）数据库和二级数据（Secondary data）数据库。再比如根据软件是独立的工具还是网络服务器，可以将software tools分为standalone programs和web servers。

根据发布者的类别可以分为centralized resources和individual resources。比较大的centralized resources主要有NCBI（National Center for Biotechnology Information）， EBI（European Bioinformatics Institute）和UCSC（University of California Santa Cruz）Genome Browser。下面将分别介绍这三个最大的数据库以及其他的生物信息学数据资源。

1．NCBI简介

NCBI-Genome Database：

存储了目前绝大多数的被测序出来的基因组，目前有1000+基因组被测序出来。

NCBI-Nucleotide/protein (RefSeq):

将不同的版本作了整合之后的参考序列。其中NM_表示核酸序列，NP_表示蛋白序列。其中核酸给出了ID号，名称，物种，特征，编码区，序列等信息。蛋白还给出了功能区间信息。

NCBI-Gene：

以基因为单位，整合了pathway、variations、phenotype等信息。

对于Human genes而言，GeneCards比NCBI有更好的对人类基因、蛋白的注释（表达、相互作用、同源蛋白、功能、遗传变异等）。

NCBI-SRA

新一代测序技术的短序列database，每5个月数据就会翻倍。

NCBI-Taxonomy

把所有至少有一个基因被测序过的物种做的物种分类树，在所有被描述过的物种中有10%被测序过。

NCBI-PubMed

用于查阅文献。

NCBI-MeSH

（Medical Subject Heading）controlled vocabulary used for indexing articles for PubMed 结构化的词库。

NCBI-My NCBI

对于感兴趣的关键词，在NBCI设定之后，每周会推送相关文献，对于项目中跟踪文献非常有用。

NCBI-BLAST

NCBI最著名的工具，关于BLAST的两篇文章已经被引用了四万两千多次。不同版本的BLAST包括：

Online：NCBI-BLAST

Standalone：BLAST+

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