如何在KEGG数据库中查找关注pathway

1．打开KEGG数据库首页，链接如下：http://www.genome.jp/kegg/，如下所示：

点击“KEGG PATHWAY”字样链接，可见如下界面：

一直往下看，会发现KEGG数据针对pathway做了分类，主要包含Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal Systems、Human Diseases、Drug Development七个方向，并针对每个方向还有更为细致的分类，例如Metabolism包含Carbohydratemetabolism、Energy metabolism、Lipid metabolism等，各位看官可以根据您的研究方向或感兴趣通路选择具体的pathway进行查看。

2．假如我们关注Carbohydrate metabolism下的Pentose phosphate pathway，点击后获得如下界面：

其中最上面的Reference pathway表示我们目前查看的通路是所有物种通用的pathway，下面的一段文字是对这个pathway的介绍，再下面网络图显示此pathway具体信息。

其中带有Pentosephosphate pathway字样的方框点击开可发现对这个通路的其他信息介绍，同时可看到这个通路的ID（map00030），这个用map开头+数字组成的ID表示所有物种通用的通路ID，如果是某一特定物种的ID，会以该物种的3个字母简写名字+数字组成，例如hsa00030。在网络图中方框表示的是参与反应的酶，例如1.1.1.47，这是酶的ECnumber，国际酶学委员会赋予的编号。

小圆圈表示化学反应中的化合物，例如beta-D-Glucose（C00221）。箭头代表的是反应方向，虚线表示此反应可以通过中间产物或其中途径发生联系。大椭圆表示与此通路相关的另一个pathway。如果您想要只关注human的Pentose phosphate pathway，就可以在Reference pathway处进行选择，之后点击Go即可。

这个时候您会发现在第一行显示与不选择物种时有一定区别，会标记为human信息，同时点击网络图中的带有Pentose phosphate pathway的方框，里面会有human的这个通路的信息，包含了human该通路的pathway ID（hsa00030）和介绍。

网络图本身也有变化，部分方框为浅绿色，其他不变。其中浅绿色方框为人类含有的酶，例如3.1.1.17，把鼠标放在上面会有相关信息显示。白色方框的酶在人类中不含有，把鼠标放在上面不会有任何信息显示。

浅绿色方框可以点击开查看详细信息，例如点击3.1.1.17，获得如下界面，Entry为该酶在KEGG数据库中的ID，Gene name为此酶的简化名，Difinition为此酶的通用名字EC number，KO是在KEGG数据库中该酶的同源序列号，Pathway中罗列出了该酶参与的通路，除此之外，还显示很多其他信息，例如编码该酶的三级结构（Structure）、基因序列（NT seq）和氨基酸序列（AA seq）等信息。

注意哦，上图的右上角，有一个Help字样，如果您对此页面中信息不清楚，可以点击Help，页面里对每项都有相应的详细介绍。

如果您知道自己关注通路的ID，可以直接在第一步的基础上直接搜索，也可以获得特定物种的通路信息，例如上面的human的Pentosephosphate pathway，ID为hsa00030，我们就可以直接用这个ID进行搜索，具体 *** 作为在步骤1的第二幅图中填入ID号，选择物种has，点击Go即可，页面如下：

在出现的页面中，点击hsa00030这个通路即可。

1、首先打开KEGG数据库，你会进入下面这个界面，点击KEGGPATHWAY。

2、红框标识的是PATHWAY的一级分类，蓝框框住的是二级分类。比如第一个Metabolismpathway的二级pathway已经列出来了。如果我想找细胞凋亡相关的通路，是有一个cellularprocess，很明显我们的通路应该在这里。

3、点击cellularprocess，页面迅速的跳到这部分的二级pathway了，这时你可以看到二级通路下面更细化的通路，且确实有我们想要找的信息。以上kegg如何查找乳酸菌通路。

代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。

利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路：

先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因。

然后合理地安排EC号。

最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来。

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