生物信息学数据库常用的三种序列格式

一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：

打开google 首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，View report。

二、结果：

输出序列长度918bp，

载体序列的区域456bp——854bp

克隆载体：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。

2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。

一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。

进入google首页，搜索RepeatMasker，进入RepeatMasker主页，进入RepeatMasking，复制序列，DNA source选择human，运行！点击超链接，在结果中选择

Annotation File ：RM2sequpload_1287631711outhtml

3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：

进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！

二、结果：

CpG岛的长度：385bp

区域：48——432；

GC数量：Sum C+G=297，百分数=7714

Obs/Exp：101

4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页，搜索Neural Network Promoter Prediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！

二、结果：

位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；

5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页，搜索Splice Site Prediction，进入主页，复制序列。Organism选择Human or other。其他默认，运行！

二、结果：

供体：

受体：

6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的

进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择all resources（A~Z），选择O，选择ORF finder。复制序列，默认，运行！

二、结果：ORF图

三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize， ，其他默认，运行！

四、结果：

G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。

一、步骤：进入google首页，google in English，搜索REBASE，进入主页， 分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！

在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。

二、结果：

ENSCAN图

8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃； 。

首先说明一下序列化的知识：java中的序列化()机制能够将一个实例对象的状态信息写入到一个字节流中，使其可以通过socket进行传输、或者持久化存储到数据库或文件系统中；然后在需要的时候，可以根据字节流中的信息来重构一个相同的对象

序列化机制在java中有着广泛的应用，EJB、RMI等技术都是以此为基础的

序列化机制是通过java

io

类和java

io

类来实现的

在序列化(serialize)一个对象的时候，会先实例化一个对象，然后调用其writeObject()方法；在反序列化(deserialize)的时候，则会实例化一个对象，然后调用其readObject()方法

上面您的错误，就是在于有一个或者几个没有"序列化"的数据，导致没有办法创建输出流，导致发生的java

io

之所以要序列化，我猜测是因为您的数据里面存在一个对象型的数据，但是该对象没有实现序列化

比如：您有一个字段为address，这个字段您是通过一个类Address来描述的，Address里面可能有province、city、street等等属性或者一些setter和getter，如果这个类，没有实现序列化，往往会出现这个问题

毕竟没有看到程序，是我的一个猜测，请检查一下程序或者发出来进行进一步讨论

1第一步打开电脑上的PLSQL工具。

2第二步打开数据库连接,选择Sequence。

3第三步选择要修改的序列,鼠标右键点击编辑。

4第四步在编辑处的开始于设置初始值(默认从0开始)。

序列是Oracle i提供的用于按照设定的规则自动产生数据的方案对象 在某些数据表的结构中 有些字段需要这种特性 比如 对于某个学生数据表的学号关键字段 用户可以希望在录入数据时 能够自动在上一个记录的学号字段上自动加 等 由于Oracle i提供的 种基本数据类型并没有这样的功能 可以通过序列方案对象来实现 序列的创建 下面介绍在企业管理器中如何创建序列 （ ）在企业管理器中选择myoracle mynet/方案/序列选项 单击鼠标右键 在出现的快捷菜单里选择创建选项 如图 所示 （ ）出现如图 所示的创建序列的一般信息选项卡 在名称文本框里输入待定义的序列的名称 TEMPSEQUENCE 在方案下拉列表框里选择序列所属的用户名 SCOTT 序列类型参数有两个选项 若选择升序单选钮 则表示将创建从初始值向最大值递增的序列 这是创建序列时的默认设置 若选择降序单选钮 则表示将创建从初始值向最小值递减的序列 对值可以进行设置的参数如下 在最小值文本框里设置序列允许的最小值 创建序列时该字段最初为空 如果单击创建按钮时该字段为空 则对升序序列使用默认值 而对降序序列使用默认值 在最大值文本框里设置序列允许的最大值 创建序列时该字段最初为空 如果单击创建按钮后该字段为空 则将对升序序列使用默认值 而对降序序列使用默认值 在时间间隔文本框里设置递增序列递增的间隔数值（升序序列）或递减序列递减的间隔数值（降序序列） 创建序列时该字段最初为空 如果单击创建按钮后该字段为空 将使用默认值 该字段只能为正整数 在初始值文本框里设置序列的起始值 如果单击创建按钮后该字段为空 对升序序列将使用该序列默认的最小值 对降序序列将使用该序列默认的最大值 对选项可以设置的参数如下 若选择循环值复选框 则表示指定在达到序列最小值或最大值之后 序列应继续生成值 对升序序列来说 在达到最大值后将生成最小值 对降序序列来说 在达到最小值后将生成最大值 如果未选择该复选框 序列将在达到最小值或最大值后停止生成任何值 默认情况下是未选择状态 若选择排序值复选框 则指定序列号要按请求次序生成 默认情况下是未选择状态 在高速缓存中设置由数据库预分配并存储的值的数目参数 若选择默认值单选钮 则表示将设置默认值为 默认情况下选择此选项 若选择无高速缓存单选钮 则表示指定不预分配序列值 若选择大小单选钮 则表示在文本框里输入可接受的值 最小值为 对循环序列来说 该值必须小于循环中值的个数 如果序列能够生成的值数的上限小于高速缓存大小 则高速缓存大小将自动改换为该上限数 完成设置后单击创建按钮 （ ）成功创建序列后 出现如图 所示界面 单击 确定 按钮 （ ）读者也可以在SQLPlus Worksheet中执行下列SQL程序创建序列 ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――CREATE SEQUENCE SCOTT TEMPSEQUENCE INCREMENT BY START WITH MAXVALUE E MINVALUE NOCYCLE CACHE NOORDER―――――――――――――――――――――――――――――――――――――配套程序位置 第 章\ createsequence sql 序列的使用 下面介绍在向数据表中插入数据时如何使用序列 （ ）首先为实例建立一个数据表 SCOTT SEQUENCE_TABLE 为简化起见 该数据表仅包含一个类型为 NUMBER 的数据列 NO 在如图 所示的创建表的一般信息选项卡中进行如下设置 在名称文本框中输入 SEQUENCE_TABLE 在方案下拉列表框中选择 SCOTT 在表空间下拉列表框中选择 USERS 在名称单元格中输入 NO 在数据类型下拉列表框单元格中选择 NUMBER 完成设置后单击创建按钮 （ ）读者也可以在SQLPlus Worksheet中执行下列SQL代码创建数据表 SCOTT SEQUENCE_TABLE ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――CREATE TABLE SCOTT SEQUENCE_TABLE ( NO NUMBER( ) NOT NULL)TABLESPACE USERS ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――配套程序位置 第 章\ createsequencetable sql （ ）在插入新的记录时 使用刚创建的 TEMPSEQUENCE 序列来自动产生 NO 数据列的值 在SQLPlus Worksheet里执行下面的SQL代码 执行的结果如图 所示 ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――INSERT INTO SCOTT SEQUENCE_TABLE(NO)VALUES(SCOTT TEMPSEQUENCE NEXTVAL);―――――――――――――――――――――――――――――――――――――配套程序位置 第 章\ insertsequencetable sql SCOTT TEMPSEQUENCE NEXTVAL 表分配下一个惟一的 可用的序列号 执行 SCOTT TEMPSEQUENCE NEXTVAL 后 可以使用 SCOTT TEMPSEQUENCE CURRVAL 来标识上一个已经存储的序列值 （ ）在SQLPlus Worksheet中可以执行查询数据表 SCOTT SEQUENCE_TABLE 数据的语句 执行结果如图 所示 表明序列 SCOTT SEQUENCE 产生的值已经成功录入数据表中 ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――select from scott sequence_table;―――――――――――――――――――――――――――――――――――――配套程序位置 第 章\ selectsequencetable sql 序列的删除 下面介绍在企业管理器中如何删除序列 （ ）在创建好的序列 SEQUENCE 上用单击鼠标右键 在出现的快捷菜单里选择移去选项 如图 所示 （ ）出现如图 所示的删除序列确认界面 单击是按钮 lishixinzhi/Article/program/Oracle/201311/17301

要下载植物叶绿体基因组，你首先需要访问NCBI基因组数据库（>

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