哈茨木霉（T.harzianum）和盖姆斯木霉（T.gamsii）的基因组

本书作者团队利用鸟q法对两株生防木霉菌Tharzianum和Tgamsii的基因组进行了测序，并分析了有关基因结构。

其中，Tharzianum测序深度为132倍，共得到28336787个reads，利用velvet和bow-tie等软件将这些数据组装成1346个contig和99个scaffold，大小约为428Mb，GC含量为485%。采用RepeatScout软件对基因组进行分析，共从中发现101个重复单元，最小的为50 bp，最大的为859 bp。使用Genemark软件预测基因，共挑选出13781个基因，预测基因的GC含量为503%，平均长度为1474 bp。将13781个预测基因的编码蛋白，通过BLASTP，分别与NR、UNIPORT和KEGG 3个数据库进行比对，条件设为E value ＜1 e-3，分别有13407、10990和4451个蛋白能找到匹配信息。利用SignalP和TMHMM等软件，对所有编码蛋白进行亚细胞定位预测，结果表明，在基因组中共编码890个胞外蛋白、2648个跨膜蛋白和10243个胞内蛋白。

Tgamsii测序深度为132倍，共得到24570069个reads，利用velvet和bowtie等软件将这些数据组装成 949个 contig和1346个 scaffold，大小约为371Mb，GC 含量为497%。采用RepeatScout软件对基因组进行分析，共从中发现72个重复单元，最小为3336 bp，最大为859 bp。使用Genemark软件预测基因，共挑选出11025个基因，预测基因的GC 含量为557%，平均长度为1525 bp。将11025个预测基因的编码蛋白，通过BLASTP，分别与NR，UNIPORT和KEGG 这3个数据库进行比对，条件设为E value ＜1 e-3，分别有10755，7413和3263个蛋白能找到匹配信息。利用SignalP和TMHMM等软件，对所有编码蛋白进行亚细胞定位预测，结果表明，在基因组中共编码793个胞外蛋白、2034个跨膜蛋白和8198个胞内蛋白。

NR数据库中包含的序列来自不同的生物种类，因此在注释过程中可能会出现物种信息中包含种和属的情况。

在分类学中，生物学上的组织结构被分为七个级别，分别是：物种、属、科、目、纲、门和界。种是分类学中最小的分类单位，属则是位于物种级别以上的一个分类单位，通常族属分类。在注释NR数据库中的序列时，系统往往会根据已知的分类学信息来确定物种和属的信息，以便更好地组织序列数据。

但是，由于NR数据库是由不同来源的序列组成的，注释过程中可能会出现一些错误或缺失的物种信息，尤其是对于新发现的生物种类。因此在使用NR数据库进行分析时，需要对注释结果进行验证和修正。

一般来说所用的分析工具有在线跟下载的 下面简要列举一些常用在线软件的使用 1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：

打开google 首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，View report。

二、结果：

输出序列长度918bp，

载体序列的区域456bp——854bp

克隆载体：M13mp18 phage，pGEM-13Zf(+)，pBR322，pRKW2。

2、使用相应工具，分析下列未知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及Masked Sequence。

一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。

进入google首页，搜索RepeatMasker，进入RepeatMasker主页，进入RepeatMasking，复制序列，DNA source选择human，运行！点击超链接，在结果中选择

Annotation File ：RM2sequpload_1287631711outhtml

3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：

进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！

二、结果：

CpG岛的长度：385bp

区域：48——432；

GC数量：Sum C+G=297，百分数=7714

Obs/Exp：101

4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页，搜索Neural Network Promoter Prediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！

二、结果：

位置：711—761 ，1388—1438，1755—1805；

5、运用Splice Site Prediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页，搜索Splice Site Prediction，进入主页，复制序列。Organism选择Human or other。其他默认，运行！

二、结果：

供体：

受体：

6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predicted genes/exons 和 predicted peptide sequence(s) 两个部分)。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的

进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择all resources（A~Z），选择O，选择ORF finder。复制序列，默认，运行！

二、结果：ORF图

三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize， ，其他默认，运行！

四、结果：

G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的Recognition Sequence和Type。

一、步骤：进入google首页，google in English，搜索REBASE，进入主页， 分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！

在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。

二、结果：

ENSCAN图

8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（Forward Primer and Reverse Primer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechk input， sunmit， ； ；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃； 。

二、结果：

GC含量：

引物的位点：

Tm值：

产物长度：。

9、将下面的序列用NEBcutter 20工具分析，用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切，并用抓图提交胶图（view gel），要求14% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。

一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST，得知是linear。

进入google首页，搜索NEBcutter 20，进入主页，选择linear，运行！选择custom digest， ，把“1”改为“4”，选择平末端，后digest。View gel。选择14% agarose和Marker为100bp。

二、结果：

然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot 适用于检索的 compute pi/mw 求理论分子量 分子量 protparam物理化学性质 protscale亲水性疏水性 peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物

NCBI(（>

问题不是很明确，是想进行序列比对与结构比对吗？序列比对用ncbi网站中的blast就可以分别进行核酸与蛋白的比对，蛋白结构比对，如果没有晶体结构，就需要先同源建模，再进行结构拟合就可以了！希望能帮到你，有问题欢迎追问！

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