TCGA数据库介绍

肿瘤基因组图谱 (TCGA) 计划由美国 National Cancer Institute(NCI) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI）于 2006 年联合启动的项目，目前共计研究 36 种癌症类型。

TCGA 利用大规模测序为主的基因组分析技术，通过广泛的合作，理解癌症的分子机制。提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力。 最终完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的「图谱」。

TCGA临床数据有两种：

数据文件有 (HTSeq count/ FPKM/ FPKM-UQ)3种

介绍链接

生成raw read counts数据记录==在mirnasquantificationtxt==文件中。多比对用cross-mapped列标注。文件中包括associates miRNA IDs with read count and a normalized count in reads-per-million-miRNA-mapped。

RPM counts记录在 ==isoforms==quantificationtxt文件中。文件中包括miRNA表达量定量分析中的所有列，除此之外还增加了isoforms的基因组坐标信息以及miRNA信息（前体或成熟&accession）

使用Affymetrix SNP 60芯片，基于TCGA level 2 数据，最终生成txt文件，包含5列（片段名称，染色体，基因组位置，结合到芯片上的探针数量，seqment_mean)

包括以下几个平台：

文件包括以下这些列：

典型矿床数据库是实物地质资料数据库的一个重要组成部分，主要用于管理收集到国家实物库内的典型矿床实物地质资料，为用户和政府管理部门提供动态、准确、可靠的实物资料信息。

典型矿床数据库主要实现矿种、矿床、岩心、标本等属性数据录入、查询以及图层（像）信息采集入库和可视化浏览。典型矿床实物地质资料数据信息按统一的属性标准确定所需收集各项属性指标并编录入库，进行统一管理，为用户提供方便、快捷的查询界面。该库包含了大量的实物地质资料数据信息，如：矿床规模、矿床成因、成矿时代、矿体形状等反映矿床特征的数据信息。

典型矿床数据库采用SQL-SERVER-2000、ACCESS-97数据库软件开发属性数据库，空间数据库采用ARC/INFO8x软件开发，用户界面采用Visual-Basic-60语言和Map Objects控件开发。

一、属性数据

典型矿床数据库的属性数据由10个数据表组成，矿种表主要描述矿种的信息，ID号表示矿种的序列号，与矿床表、岩矿心表等其他数据表的ID号一一对应。岩心表主要描述岩心的产生情况和属性参数。数据库基表如表1所示。

表1 典型矿床数据库基本参数

续表

岩矿心、标本以矿床（点）或勘探区的单个钻孔、标本采集点为基本单元，其副样、光薄片与之对应。

属性表之间的关系如图1所示。

图1 典型矿床属性表关系

二、空间数据

空间数据主要由中国政区图、地理地图、典型矿床的图层、图像组成。利用ARC/INFO软件，根据典型矿床属性表中的位置属性项建立典型矿床空间数据的专题图层。

典型矿床数据的图层包括（图2）：矿床种类图层、岩矿心图层、岩石标本图层；根据不同的矿床种类，建立各种矿床的图层（40～50个）；同种矿床的点图元，构成同种矿床的图层（如铜、铁、金等）；每种矿床的岩矿心图斑（点图元组成），构成同种矿床的岩矿心图层；每种矿床的岩石标本图斑，构成同种矿床的岩石标本图层。

图像：岩矿心柱状图、岩矿心荧光图、岩矿心自然光图、岩石标本图、光薄片图。

空间数据与属性数据采用ARC/INFO软件格式建立拓扑关系。

图2 典型矿床数据结构图

三、用户界面

用户界面采用VB的多文档（MDI）界面样式［1］。主窗体界面采用下拉式菜单显示典型矿床数据库属性表的信息。典型矿床属性数据、空间数据的录入、修改、查询，采用卡片式的界面。典型矿床实物地质资料数据库的主窗体界面和卡片式录入界面如图3、图4所示。

图3 典型矿床实物地质资料数据库主窗体界面

图4 卡片式录入界面

数据库概念图图是让你或者其他开发人员更直观的了解数据库中各个表的关系。

可以从数据库概念图生产数据库物理图。当然生成的物理图还需要设计补充各种详细的字段信息。数据库物理图是可以直接生成数据库的（如果你是用的数据库受到当前PowerDesigner支持的话）。

E-R也应该给出，那个是说明系统中各个实体之间关系的，虽然某种一定程度上会跟数据库概念图重复，不过这是描述系统的不同角度。

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