文献引物blast对不上

在数据库中匹配不到序列的原因可能有：

1、BLAST参数设置不正确：在这种情况下，您可能需要调整BLAST参数，例如比对阈值，匹配长度等。

2、引物为含有同源臂的重组引物：这类引物包含有目的基因序列和载体序列的部分，使得在数据库中无法检索到这类复合的序列，可以逐步减少复制的序列长度进行BLAST。

3、NCBI数据库中没有目标基因的序列：这种可能性较小，您可搜索其他数据库或更新数据库中的序列。

PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建profile，然后用新的profile再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空位的BLAST搜索数据库，将获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法，能寻找蛋白质序列中的隐含模式，有研究表明这种方法可以有效的找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白，甚至可以与一些结构比对方法，如threading相媲美。PSI-BLAST服务可以在NCBI的BLAST主页上找到，还可以从NCBI的FTP服务器上PSI-BLAST的独立程序。

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