信号通路都会在kegg查到吗

可以。

我们可以利用KEGG数据库中的KEGGMapper工具查询多个基因信号通路。根据基因表达差异列表，利用KEGGMapper进行转换。

首先，我们将需要查询的基因名称在Uniprot网址上进行ID转换（见前一篇文章），形成的Excel文件中Entry那一栏就是我们查询到的基因UniprotID了。

根据表达差异，将含UniprotID和Expression对应，值得注意的是部分基因查询不到对应的Uniprot，或者一个基因对应多个Uniprot，根据自己的内容选择对应的。可以设置颜色对表达上调或下调进行颜色区分，在Entry一栏旁设置一栏color，我们可以上调设置为“red”,下调设置为“blue”。（颜色必须用英文小写字母，大写不能识别）。然后将Entry 和color两栏复制，输入“Enterobjectsoneperlinefollowedbybgcolor,fgcolor”,点击“Exec”。

根据查询结果，选择你需要的结果。我们选择第一个，TGF-beta信号通路（human）。这样我们很清晰的看到我们查询的基因在TGF-Beta信号通路中位置和关联。并且通过颜色即可识别该基因上调还是下调。

1、属性不同

Go（又称Golang）是Google的RobertGriesemer，RobPike及KenThompson开发的一种静态强类型、编译型语言。功能：内存安全，GC（垃圾回收），结构形态及CSP-style并发计算。

KEGG是了解高级功能和生物系统（如细胞、生物和生态系统），从分子水平信息，尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源，是国际最常用的生物信息数据库之一，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。

2、性质不同

go是计算机编程语言。

KEGG基因组破译方面的数据库。

扩展资料：

Go的语法接近C语言，但对于变量的声明有所不同。Go支持垃圾回收功能。Go的并行模型是以东尼·霍尔的通信顺序进程（CSP）为基础，采取类似模型的其他语言包括Oam和Limbo。

但它也具有Pi运算的特征，比如通道传输。在18版本中开放插件（Plugin）的支持，这意味着现在能从Go中动态加载部分函数。

与C相比，Go并不包括如枚举、异常处理、继承、泛型、断言、虚函数等功能，但增加了切片(Slice)型、并发、管道、垃圾回收、接口（Interface）等特性的语言级支持。Go20版本将支持泛型，对于断言的存在，则持负面态度，同时也为自己不提供类型继承来辩护。

不同于Java，Go内嵌了关联数组（也称为哈希表（Hashes）或字典（）），就像字符串类型一样。

KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。

人工创建了一个知识库，这个知识库是基于使用一种可计算的形式捕捉和组织实验得到的知识而形成的系统功能知识库。它是一个生物系统的计算机模拟。

与其他数据库相比，KEGG的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以使研究者能够对其所要研究的代谢途径有一个直观全面的了解。

Gene-list Enrichment这里，我们这里选择的是Emsembl Gene ID,然后选择物种Homo sapiens,然后将gene list粘贴过去，下面只勾选KEGG Pathway,点击Run，这里会生成一个TaskID

基因功能定位这个很复杂，可以专门开一篇文章了，暂且到此。

假设我们现在有了基因序列及其功能，我们接下来也会知道该基因合成了哪些蛋白，参与了哪些化学反应。

代谢是细胞内各种化学反应的总称，一个代谢途径包括代谢的前提、产物和酶。

1．打KEGG数据库首页链接：所示：

点击KEGG PATHWAY字链接见界面：

直往看发现KEGG数据针pathway做类主要包含Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal Systems、Human Diseases、Drug Development七向并针每向更细致类例Metabolism包含Carbohydratemetabolism、Energy metabolism、Lipid metabolism等各位看官根据您研究向或兴趣通路选择具体pathway进行查看

2．假我关注Carbohydrate metabolismPentose phosphate pathway点击获界面：

其面Reference pathway表示我目前查看通路所物种通用pathway面段文字pathway介绍再面网络图显示pathway具体信息

其带Pentosephosphate pathway字框点击发现通路其信息介绍同看通路ID（map00030）用map+数字组ID表示所物种通用通路ID某特定物种ID该物种3字母简写名字+数字组例hsa00030网络图框表示参与反应酶例11147酶ECnumber际酶委员赋予编号

圆圈表示化反应化合物例beta-D-Glucose（C00221）箭代表反应向虚线表示反应通间产物或其途径发联系椭圆表示与通路相关另pathway您想要关注humanPentose phosphate pathwayReference pathway处进行选择点击Go即

候您发现第行显示与选择物种定区别标记human信息同点击网络图带Pentose phosphate pathway框面human通路信息包含human该通路pathway ID（hsa00030）介绍

网络图本身变化部框浅绿色其变其浅绿色框类含酶例31117鼠标放面相关信息显示白色框酶类含鼠标放面任何信息显示

浅绿色框详细信息例点击31117获界面Entry该酶KEGG数据库IDGene name酶简化名Difinition酶通用名字EC numberKOKEGG数据库该酶同源序列号Pathway罗列该酶参与通路除外显示其信息例编码该酶三级结构（Structure）、基序列（NT seq）氨基酸序列（AA seq）等信息

注意哦图右角Help字您页面信息清楚点击Help页面每项都相应详细介绍

您知道自关注通路ID直接第步基础直接搜索获特定物种通路信息例面humanPentosephosphate pathwayIDhsa00030我直接用ID进行搜索具体 *** 作步骤1第二幅图填入ID号选择物种has点击Go即页面：

现页面点击hsa00030通路即

GEO筛选差异，KOBAS注释分析。

GEO数据库来筛选差异表达基因，KOBAS进行KEGG注释分析

利用基因在不同物种之间的保守性，任何基因组的数据都可以映射到这些数据库中去。

有七个一级分类。

分类是：新陈代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、生物体系统、人类疾病和药物发展。

KEGGPATHWAY数据库，收录了人工手绘的通路图，重点呈现了分子间相互作用和分子间互作网络。

以上就是关于信号通路都会在kegg查到吗全部的内容，包括:信号通路都会在kegg查到吗、GO和KEGG的区别_go和kegg分析、Kobas数据库使用介绍等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！