求教perl大神,如何编写程序把拟南芥数据库中水稻基因组中29个SBP转录因子基因的序列下载下来,谢谢啊

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首先拿到转录因子基因ID,你既然说是29个我想你已经拿到这29个SBP基因的名字了吧。

然后上 msu的Rice网站 以及 拟南芥的TAIR网站 的ftp下载全体蛋白的序列。

具体:

ftp://ftpplantbiologymsuedu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_70/alldir/allpep

ftp://ftpplantbiologymsuedu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_70/alldir/allpep

然后根据名字自己提取,这个随便什么编程语言都可以做的。

目前,已发现的参与植物脂肪酸代谢的转录因子只有WRI1。WRI1编码一个推测的AP2/EREB转录因子蛋白,它可能是植物体内由蔗糖向TAG转化的一个关键的调节因子(Cernac,A等,2004,Plant J 40,575-585)。

在植物的整个基因组中,编码转录因子的基因占了很大一部分,如拟南芥中编码转录因子的基因至少有1500个,占整个基因组的5%以上(Riechmann,JL等,2000,Science 290,2110)。这些转录因子大多属于大的基因家族,有的基因家族又包括许多亚族,而且有些转录因子家族是植物所特有的。

大量对转录因子的研究结果表明,一个转录因子可能对一类相关性状的很多基因实施调节控制,从而有效改变植物的相关特性。

参考资料:

>

自然科学的英文网站请进>

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